PDB-9erc: Hydrogenase-2 Ni-Li state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9erc

タイトル

Hydrogenase-2 Ni-Li state

要素

(Hydrogenase-2 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.308 Å

データ登録者

Wong, K.L. / Carr, S.B. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.L. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9erc.cif.gz	381 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9erc.ent.gz	289.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9erc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9erc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9erc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqiC 9eqlC 9er5C 9er6C 9er7C 9er9C 9eraC 9erbC 9erpC 9errC 9ersC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-2 small chain

L: Hydrogenase-2 large chain

T: Hydrogenase-2 small chain

M: Hydrogenase-2 large chain

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.877, 99.974, 168.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	S
2	1	T
3	2	L
4	2	M

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	S	A	10 - 275	9 - 274
2	1	1	T	C	10 - 275	9 - 274
3	2	2	L	B	3 - 551	3 - 551
4	2	2	M	D	3 - 551	3 - 551

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
Hydrogenase-2 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P69741, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-2 large chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 62557.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybC, b2994, JW2962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P0ACE0, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P69741, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-2 large chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 62557.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybC, b2994, JW2962 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P0ACE0, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 7種, 1377分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM BisTris 200 mM MgCl2 20% PEG 3350 Temp details: Ambient temperature inside an anaerobic glovebox

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.308→100 Å / Num. obs: 402048 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.215 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 3.78 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 19627 / CC_1/2: 0.313 / R_pim(I) all: 1.04 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.308→86.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.797 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	1979	0.505 %
R_work	0.1739	390097	-
all	0.174	-	-
obs	-	392076	97.452 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.019 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.643 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.663 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.308→86.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12639	0	160	1344	14143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	13339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.652	18223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.531	1.573	28460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.249	5	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.76	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.399	10	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.746	10	585
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	12474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	6652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	6916
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.275	1.624	6651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.274	1.624	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.751	2.915	8341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.751	2.915	8342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.58	1.877	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.58	1.877	6689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.988	3.316	9813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.988	3.316	9814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.072	17.161	15786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.072	17.113	15782
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	8684
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.053	0.05	19343

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06022	0.0501
1	2	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06022	0.0501
2	3	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05314	0.0501
2	4	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05314	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.308-1.342	0.351	120	0.401	21351	0.401	29514	0.886	0.868	72.7485	0.398
1.342-1.379	0.383	136	0.386	26592	0.386	28804	0.89	0.878	92.7927	0.384
1.379-1.419	0.367	161	0.372	27762	0.372	28048	0.895	0.89	99.5543	0.371
1.419-1.463	0.296	126	0.351	27098	0.351	27229	0.921	0.902	99.9816	0.352
1.463-1.511	0.325	119	0.319	26326	0.319	26446	0.925	0.919	99.9962	0.322
1.511-1.564	0.269	149	0.283	25407	0.283	25557	0.949	0.936	99.9961	0.285
1.564-1.623	0.251	115	0.251	24496	0.251	24611	0.954	0.953	100	0.248
1.623-1.689	0.219	125	0.216	23645	0.216	23770	0.965	0.966	100	0.207
1.689-1.764	0.218	102	0.196	22685	0.196	22787	0.971	0.974	100	0.18
1.764-1.85	0.193	131	0.172	21730	0.172	21861	0.975	0.98	100	0.153
1.85-1.95	0.198	105	0.161	20638	0.161	20743	0.975	0.983	100	0.143
1.95-2.068	0.181	94	0.154	19598	0.155	19692	0.983	0.986	100	0.138
2.068-2.211	0.178	86	0.143	18426	0.143	18512	0.982	0.989	100	0.127
2.211-2.388	0.173	72	0.134	17213	0.134	17285	0.983	0.99	100	0.117
2.388-2.616	0.133	80	0.123	15841	0.123	15921	0.988	0.991	100	0.105
2.616-2.924	0.179	78	0.122	14353	0.123	14431	0.981	0.991	100	0.104
2.924-3.376	0.137	64	0.122	12743	0.122	12807	0.989	0.991	100	0.106
3.376-4.133	0.135	53	0.113	10823	0.113	10876	0.989	0.992	100	0.102
4.133-5.838	0.158	49	0.13	8485	0.13	8534	0.99	0.993	100	0.122
5.838-86.07	0.145	14	0.184	4886	0.184	4900	0.988	0.976	100	0.179

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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