PDB-9eql: Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +300mV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eql

タイトル

Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +300mV

要素

(Hydrogenase-1 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eql.cif.gz	386.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eql.ent.gz	295.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eql_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eql_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	9eql_validation.xml.gz	81.2 KB	表示
CIF形式データ	9eql_validation.cif.gz	113.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqiC 9er5C 9er6C 9er7C 9er9C 9eraC 9erbC 9ercC 9erpC 9errC 9ersC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-1 small chain

L: Hydrogenase-1 large chain

T: Hydrogenase-1 small chain

M: Hydrogenase-1 large chain

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.372, 97.036, 183.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated protein with transmembrane helix deleted / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated protein with transmembrane helix deleted / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 9種, 1288分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER 分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 % / 解説: Thin rods
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM tris pH 8, 200 mM LiSO4, 150 mM NaCl, 19-21 % PEG 3350 Temp details: Ambient temperature in anaerobic glove box

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→67.3 Å / Num. obs: 259794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.27 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 25.1 % / R_merge(I) obs: 4.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 12585 / CC_1/2: 0.378 / R_pim(I) all: 0.937 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0419	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→67.282 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.375 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1873	13088	5.049 %
R_work	0.1638	246140	-
all	0.165	-	-
obs	-	259228	99.692 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.392 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.917 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→67.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13150	0	71	1271	14492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	13847
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	12735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.659	18859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	1.582	29347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.505	5	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.66	5	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.852	10	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	38.923	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.039	10	641
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	11875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	6778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.403	2.069	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.403	2.069	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.887	3.723	8543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.887	3.723	8544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.407	2.296	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.408	2.297	7012
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.631	4.123	10239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.632	4.123	10234
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.703	21.979	16029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.568	20.776	15720

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.378	880	0.377	17438	0.377	19087	0.872	0.876	95.9711	0.378
1.549-1.592	0.348	926	0.348	17633	0.348	18579	0.895	0.896	99.8924	0.351
1.592-1.638	0.311	930	0.319	17158	0.318	18090	0.909	0.905	99.9889	0.319
1.638-1.688	0.316	792	0.288	16723	0.289	17518	0.909	0.927	99.9829	0.285
1.688-1.743	0.272	827	0.256	16260	0.257	17088	0.939	0.946	99.9941	0.248
1.743-1.804	0.237	817	0.224	15667	0.225	16485	0.959	0.961	99.9939	0.209
1.804-1.873	0.225	798	0.199	15167	0.2	15965	0.964	0.97	100	0.178
1.873-1.949	0.197	787	0.182	14551	0.183	15338	0.973	0.977	100	0.157
1.949-2.036	0.207	738	0.169	13992	0.171	14731	0.972	0.981	99.9932	0.144
2.036-2.135	0.18	730	0.152	13343	0.153	14073	0.98	0.985	100	0.127
2.135-2.25	0.167	690	0.14	12729	0.141	13419	0.983	0.988	100	0.116
2.25-2.386	0.165	694	0.131	12024	0.133	12718	0.983	0.989	100	0.106
2.386-2.551	0.161	597	0.128	11357	0.13	11954	0.984	0.99	100	0.103
2.551-2.755	0.163	565	0.128	10606	0.129	11171	0.984	0.99	100	0.103
2.755-3.018	0.155	540	0.13	9785	0.131	10325	0.985	0.99	100	0.109
3.018-3.373	0.175	525	0.139	8817	0.141	9342	0.981	0.989	100	0.122
3.373-3.893	0.165	420	0.134	7877	0.136	8297	0.986	0.99	100	0.122
3.893-4.764	0.126	353	0.11	6700	0.111	7053	0.991	0.993	100	0.102
4.764-6.72	0.158	332	0.14	5237	0.141	5569	0.988	0.991	100	0.13
6.72-67.282	0.177	147	0.157	3075	0.158	3222	0.971	0.981	100	0.155

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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