PDB-9enk: L-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9enk

タイトル

L-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindrosporum in complex with L-phenylalanine

要素

L-amino acid oxidase 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-AMINO ACID OXIDASE / FAD / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine oxidase / L-glutamate oxidase / 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / L-lysine oxidase / L-amino-acid oxidase / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hebeloma cylindrosporum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gilzer, D. / Koopmeiners, S. / Fischer von Mollard, G. / Niemann, H.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure and enzyme engineering of the broad substrate spectrum l-amino acid oxidase 4 from the fungus Hebeloma cylindrosporum.
著者: Koopmeiners, S. / Gilzer, D. / Widmann, C. / Berelsmann, N. / Spross, J. / Niemann, H.H. / Fischer von Mollard, G.

履歴

登録	2024年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	9enhC 9eniC 9enjC 9ennC 9enl PDB 未公開エントリ 9enm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1562905491 / データの種類: diffraction image data
実験データセット #2	データ参照: 10.15785/SBGRID/1092 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (4) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-amino acid oxidase 4

B: L-amino acid oxidase 4

C: L-amino acid oxidase 4

D: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

257 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-amino acid oxidase 4

B: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-amino acid oxidase 4

D: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
129 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.700, 131.730, 107.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 65 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	65 - 83	12 - 30
d_1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	85 - 144	32 - 91
d_1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	146 - 205	93 - 152
d_1	4	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	207 - 216	154 - 163
d_1	5	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	218 - 249	165 - 196
d_1	6	PRO	PRO	SER	SER	A	A	251 - 257	198 - 204
d_1	7	HIS	HIS	LYS	LYS	A	A	259 - 322	206 - 269
d_1	8	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	327 - 332	274 - 279
d_1	9	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	334 - 418	281 - 365
d_1	10	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	420 - 475	367 - 422
d_1	11	TYR	TYR	TYR	TYR	A	A	477	424
d_1	12	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	480 - 505	427 - 452
d_1	13	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	507 - 513	454 - 460
d_1	14	ASN	ASN	PHE	PHE	A	A	515 - 530	462 - 477
d_1	15	ASP	ASP	TYR	TYR	A	A	532 - 572	479 - 519
d_1	16	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	574 - 598	521 - 545
d_1	18	PHE	PHE	PHE	PHE	A	F	702
d_2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	65 - 83	12 - 30
d_2	2	SER	SER	GLY	GLY	B	B	85 - 144	32 - 91
d_2	3	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	146 - 205	93 - 152
d_2	4	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	207 - 216	154 - 163
d_2	5	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	218 - 249	165 - 196
d_2	6	PRO	PRO	SER	SER	B	B	251 - 257	198 - 204
d_2	7	HIS	HIS	LYS	LYS	B	B	259 - 322	206 - 269
d_2	8	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	327 - 332	274 - 279
d_2	9	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	334 - 418	281 - 365
d_2	10	LYS	LYS	ALA	ALA	B	B	420 - 475	367 - 422
d_2	11	TYR	TYR	TYR	TYR	B	B	477	424
d_2	12	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	480 - 505	427 - 452
d_2	13	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	507 - 513	454 - 460
d_2	14	ASN	ASN	PHE	PHE	B	B	515 - 530	462 - 477
d_2	15	ASP	ASP	TYR	TYR	B	B	532 - 572	479 - 519
d_2	16	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	574 - 598	521 - 545
d_2	18	PHE	PHE	PHE	PHE	B	R	702
d_3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	65 - 83	12 - 30
d_3	2	SER	SER	GLY	GLY	C	C	85 - 144	32 - 91
d_3	3	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	146 - 205	93 - 152
d_3	4	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	207 - 216	154 - 163
d_3	5	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	218 - 249	165 - 196
d_3	6	PRO	PRO	SER	SER	C	C	251 - 257	198 - 204
d_3	7	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	259 - 322	206 - 269
d_3	8	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	327 - 332	274 - 279
d_3	9	VAL	VAL	GLY	GLY	C	C	334 - 418	281 - 365
d_3	10	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	420 - 475	367 - 422
d_3	11	TYR	TYR	TYR	TYR	C	C	477	424
d_3	12	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	480 - 505	427 - 452
d_3	13	VAL	VAL	ASN	ASN	C	C	507 - 513	454 - 460
d_3	14	ASN	ASN	PHE	PHE	C	C	515 - 530	462 - 477
d_3	15	ASP	ASP	TYR	TYR	C	C	532 - 572	479 - 519
d_3	16	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	574 - 598	521 - 545
d_3	18	PHE	PHE	PHE	PHE	C	IA	702
d_4	1	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	65 - 83	12 - 30
d_4	2	SER	SER	GLY	GLY	D	D	85 - 144	32 - 91
d_4	3	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	146 - 205	93 - 152
d_4	4	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	207 - 216	154 - 163
d_4	5	ASP	ASP	PRO	PRO	D	D	218 - 249	165 - 196
d_4	6	PRO	PRO	SER	SER	D	D	251 - 257	198 - 204
d_4	7	HIS	HIS	VAL	VAL	D	D	259 - 295	206 - 242
d_4	8	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	299 - 322	246 - 269
d_4	9	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	327 - 332	274 - 279
d_4	10	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	334 - 418	281 - 365
d_4	11	LYS	LYS	ALA	ALA	D	D	420 - 475	367 - 422
d_4	12	TYR	TYR	TYR	TYR	D	D	477	424
d_4	13	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	480 - 505	427 - 452
d_4	14	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	507 - 513	454 - 460
d_4	15	ASN	ASN	PHE	PHE	D	D	515 - 530	462 - 477
d_4	16	ASP	ASP	TYR	TYR	D	D	532 - 572	479 - 519
d_4	17	TYR	TYR	GLU	GLU	D	D	574 - 598	521 - 545
d_4	19	PHE	PHE	PHE	PHE	D	VA	702

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999953773498, 0.00486332801301, -0.00829451066741), (-0.00547132482879, -0.997173966011, 0.0749276058291), (-0.00790667257396, 0.0749695241502, 0.997154478994)	40.2221716614, -10.0382189623, 0.560314451143
2	given	(0.41765708623, -0.908529150142, -0.011719285959), (0.908558219819, 0.417731471318, -0.00473065207127), (0.00919344987239, -0.00867186322843, 0.999920136445)	-1.15650034516, -20.9827898866, 51.794593634
3	given	(-0.415115472393, 0.90551237194, -0.0879004484853), (-0.909654946041, -0.41464973141, 0.0243614323159), (-0.0143883189951, 0.0900718852079, 0.995831326968)	24.9579350489, 11.0458423998, 52.7726720615

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-amino acid oxidase 4 分子量: 62197.676 Da / 分子数: 4 / 変異: K474A, K475A / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 54 - 615 obtained by limited proteolysis; surface entropy reduction mutations K474A and K475A 由来: (組換発現) Hebeloma cylindrosporum (菌類) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: S4S6Z0, L-amino-acid oxidase

#1: タンパク質

L-amino acid oxidase 4

分子量: 62197.676 Da / 分子数: 4 / 変異: K474A, K475A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 54 - 615 obtained by limited proteolysis; surface entropy reduction mutations K474A and K475A
由来: (組換発現)

Hebeloma cylindrosporum (菌類) / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: S4S6Z0, L-amino-acid oxidase

-
非ポリマー , 5種, 1038分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: protein: 10 mg/ml; reservoir solution: 2.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate, pH 6.4; drop with 500 nl protein + 500 nl reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 117122 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.15 % / B_iso Wilson estimate: 42.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 19.43
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.34 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 8699 / CC_1/2: 0.725 / R_rim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.2→40.67 Å / SU ML: 0.2883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	5857	5 %
R_work	0.1702	111241	-
obs	0.1718	117098	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16765	0	510	980	18255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	17943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5951	24494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	2566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3118
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6407	6451

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.462005735163
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.435228082849
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.505728348115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3998	198	0.3546	3761	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.23-2.25	0.3668	194	0.3013	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.25-2.28	0.2982	197	0.2625	3737	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.28-2.31	0.2498	197	0.2362	3752	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.31-2.34	0.2769	194	0.2319	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.34-2.37	0.2941	197	0.2362	3735	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.37-2.4	0.2871	197	0.2472	3738	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.4-2.44	0.3178	197	0.2534	3742	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.44-2.48	0.2499	196	0.2329	3707	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.48-2.52	0.2681	194	0.2068	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.52-2.56	0.2447	199	0.1855	3767	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.56-2.61	0.2213	195	0.179	3718	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.61-2.66	0.2427	196	0.1739	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.66-2.71	0.2096	196	0.1718	3729	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.71-2.77	0.2184	195	0.1782	3694	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.77-2.84	0.243	194	0.1945	3724	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.84-2.91	0.2362	196	0.2078	3723	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.91-2.99	0.2261	195	0.1947	3663	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.99-3.07	0.2216	193	0.1873	3680	X-RAY DIFFRACTION	97.38
3.07-3.17	0.1968	168	0.1813	3209	X-RAY DIFFRACTION	85.95
3.17-3.29	0.2127	176	0.1809	3359	X-RAY DIFFRACTION	88.93
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 60 through 272 )	A	A	60 - 272	1 - 213
2	2	chain 'A' and (resid 273 through 308 )	A	A	273 - 308	214 - 246
3	3	chain 'A' and (resid 309 through 348 )	A	A	309 - 348	247 - 286
4	4	chain 'A' and (resid 349 through 599 )	A	A	349 - 599	287 - 537
5	5	chain 'B' and (resid 65 through 158 )	B	D	65 - 158	1 - 94
6	6	chain 'B' and (resid 159 through 291 )	B	D	159 - 291	95 - 227
7	7	chain 'B' and (resid 292 through 322 )	B	D	292 - 322	228 - 255
8	8	chain 'B' and (resid 323 through 360 )	B	D	323 - 360	256 - 290
9	9	chain 'B' and (resid 361 through 392 )	B	D	361 - 392	291 - 322
10	10	chain 'B' and (resid 393 through 598 )	B	D	393 - 598	323 - 528
11	11	chain 'C' and (resid 64 through 272 )	C	G	64 - 272	1 - 209
12	12	chain 'C' and (resid 273 through 308 )	C	G	273 - 308	210 - 242
13	13	chain 'C' and (resid 309 through 348 )	C	G	309 - 348	243 - 279
14	14	chain 'C' and (resid 349 through 392 )	C	G	349 - 392	280 - 323
15	15	chain 'C' and (resid 393 through 559 )	C	G	393 - 559	324 - 490
16	16	chain 'C' and (resid 560 through 599 )	C	G	560 - 599	491 - 530
17	17	chain 'D' and (resid 64 through 272 )	D	J	64 - 272	1 - 209
18	18	chain 'D' and (resid 273 through 308 )	D	J	273 - 308	210 - 243
19	19	chain 'D' and (resid 309 through 348 )	D	J	309 - 348	244 - 283
20	20	chain 'D' and (resid 349 through 598 )	D	J	349 - 598	284 - 533

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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