[日本語] English
万見
- PDB-9eni: L-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eni
タイトルL-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindrosporum in complex with L-glutamine
要素L-amino acid oxidase 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-AMINO ACID OXIDASE / FAD / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine oxidase / L-glutamate oxidase / 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / L-lysine oxidase / L-amino-acid oxidase / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLUTAMINE / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / L-amino-acid oxidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Hebeloma cylindrosporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gilzer, D. / Koopmeiners, S. / Fischer von Mollard, G. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure and enzyme engineering of the broad substrate spectrum l-amino acid oxidase 4 from the fungus Hebeloma cylindrosporum.
著者: Koopmeiners, S. / Gilzer, D. / Widmann, C. / Berelsmann, N. / Spross, J. / Niemann, H.H. / Fischer von Mollard, G.
履歴
登録2024年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-amino acid oxidase 4
B: L-amino acid oxidase 4
C: L-amino acid oxidase 4
D: L-amino acid oxidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,76269
ポリマ－248,7914
非ポリマー8,97165
水20,3391129
1
A: L-amino acid oxidase 4
B: L-amino acid oxidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,17738
ポリマ－124,3952
非ポリマー4,78236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: L-amino acid oxidase 4
D: L-amino acid oxidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,58431
ポリマ－124,3952
非ポリマー4,18929
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.710, 131.740, 107.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.949, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 65 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLULEULEUAA65 - 8312 - 30
d_12SERSERGLYGLYAA85 - 14432 - 91
d_13LEULEUVALVALAA146 - 20593 - 152
d_14ASPASPPROPROAA207 - 249154 - 196
d_15PROPROSERSERAA251 - 257198 - 204
d_16HISHISLYSLYSAA259 - 322206 - 269
d_17ALAALAALAALAAA327 - 332274 - 279
d_18VALVALLYSLYSAA334 - 357281 - 304
d_19LYSLYSALAALAAA359 - 475306 - 422
d_110TYRTYRGLUGLUAA477 - 478424 - 425
d_111GLNGLNLEULEUAA480 - 486427 - 433
d_112ASNASNVALVALAA488 - 505435 - 452
d_113VALVALASNASNAA507 - 513454 - 460
d_114ASNASNPHEPHEAA515 - 530462 - 477
d_115ASPASPGLUGLUAA532 - 598479 - 545
d_117GLNGLNGLNGLNAF702
d_21GLUGLULEULEUBB65 - 8312 - 30
d_22SERSERGLYGLYBB85 - 14432 - 91
d_23LEULEUVALVALBB146 - 20593 - 152
d_24ASPASPPROPROBB207 - 249154 - 196
d_25PROPROSERSERBB251 - 257198 - 204
d_26HISHISGLUGLUBB259 - 294206 - 241
d_27GLYGLYLYSLYSBB298 - 322245 - 269
d_28ALAALAALAALABB327 - 332274 - 279
d_29VALVALLYSLYSBB334 - 357281 - 304
d_210LYSLYSALAALABB359 - 475306 - 422
d_211TYRTYRGLUGLUBB477 - 478424 - 425
d_212GLNGLNLEULEUBB480 - 486427 - 433
d_213ASNASNVALVALBB488 - 505435 - 452
d_214VALVALASNASNBB507 - 513454 - 460
d_215ASNASNPHEPHEBB515 - 530462 - 477
d_216ASPASPGLUGLUBB532 - 598479 - 545
d_218GLNGLNGLNGLNBZ702
d_31GLUGLULEULEUCC65 - 8312 - 30
d_32SERSERGLYGLYCC85 - 14432 - 91
d_33LEULEUVALVALCC146 - 20593 - 152
d_34ASPASPPROPROCC207 - 249154 - 196
d_35PROPROSERSERCC251 - 257198 - 204
d_36HISHISGLUGLUCC259 - 294206 - 241
d_37GLYGLYALAALACC298 - 332245 - 279
d_38VALVALLYSLYSCC334 - 357281 - 304
d_39LYSLYSALAALACC359 - 475306 - 422
d_310TYRTYRGLUGLUCC477 - 478424 - 425
d_311GLNGLNLEULEUCC480 - 486427 - 433
d_312ASNASNVALVALCC488 - 505435 - 452
d_313VALVALASNASNCC507 - 513454 - 460
d_314ASNASNPHEPHECC515 - 530462 - 477
d_315ASPASPGLUGLUCC532 - 598479 - 545
d_317GLNGLNGLNGLNCPA702
d_41GLUGLULEULEUDD65 - 8312 - 30
d_42SERSERGLYGLYDD85 - 14432 - 91
d_43LEULEUVALVALDD146 - 20593 - 152
d_44ASPASPPROPRODD207 - 249154 - 196
d_45PROPROSERSERDD251 - 257198 - 204
d_46HISHISGLUGLUDD259 - 294206 - 241
d_47GLYGLYLYSLYSDD298 - 322245 - 269
d_48ALAALAALAALADD327 - 332274 - 279
d_49VALVALLYSLYSDD334 - 357281 - 304
d_410LYSLYSALAALADD359 - 475306 - 422
d_411TYRTYRGLUGLUDD477 - 478424 - 425
d_412GLNGLNLEULEUDD480 - 486427 - 433
d_413ASNASNVALVALDD488 - 505435 - 452
d_414VALVALASNASNDD507 - 513454 - 460
d_415ASNASNPHEPHEDD515 - 530462 - 477
d_416ASPASPGLUGLUDD532 - 598479 - 545
d_418GLNGLNGLNGLNDEB702

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999960874687, 0.00535644536848, -0.00703971509605), (-0.00586253606241, -0.997244350946, 0.0739549536982), (-0.00662418044259, 0.0739933307711, 0.997236735803)40.3676616632, -9.95376814549, 0.502108430777
2given(0.418710724577, -0.908092077663, -0.00707867296078), (0.90809073525, 0.418746885392, -0.00471831833878), (0.00724883975837, -0.00445246684313, 0.999963814276)-1.25097208239, -21.0762120913, 51.7187897591
3given(-0.41615293445, 0.905599583975, -0.0818909558696), (-0.909227353147, -0.415526733471, 0.0253604822449), (-0.011061439223, 0.0850113361573, 0.996318582225)24.8763593901, 11.1010865211, 52.5566569815

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-amino acid oxidase 4


分子量: 62197.676 Da / 分子数: 4 / 変異: K474A, K475A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 54 - 615 obtained by limited proteolysis; surface entropy reduction mutations K474A and K475A
由来: (組換発現) Hebeloma cylindrosporum (菌類) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: S4S6Z0, L-amino-acid oxidase

-
非ポリマー , 6種, 1194分子

#2: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: protein: 10 mg/ml; reservoir solution: 2.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate, pH 7.1; drop with 1000 nl protein + 500 nl reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 127166 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 7.57 % / Biso Wilson estimate: 40.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.86
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 9532 / CC1/2: 0.636 / Rrim(I) all: 1.629 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
XSCALEVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.13 Å / SU ML: 0.2874 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.3479
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 6353 5 %
Rwork0.1715 120752 -
obs0.173 127105 93.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16798 0 537 1129 18464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002817949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.562424491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04132562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00443117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.41886437
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.397949992132
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.399988623579
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.439944682797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.4212160.39714107X-RAY DIFFRACTION95.18
2.12-2.150.34082140.33344055X-RAY DIFFRACTION94.72
2.15-2.180.36052140.28864094X-RAY DIFFRACTION94.93
2.18-2.20.27332140.25694053X-RAY DIFFRACTION94.82
2.2-2.230.29812160.24344115X-RAY DIFFRACTION94.4
2.23-2.260.2682100.2523991X-RAY DIFFRACTION94.75
2.26-2.290.30862140.26994088X-RAY DIFFRACTION94.34
2.29-2.330.31982130.26564029X-RAY DIFFRACTION94.06
2.33-2.370.29062140.25084067X-RAY DIFFRACTION94.59
2.37-2.40.26352130.22274055X-RAY DIFFRACTION94.11
2.4-2.450.24162130.1964044X-RAY DIFFRACTION93.7
2.45-2.490.22912130.18594047X-RAY DIFFRACTION93.52
2.49-2.540.24312090.17733970X-RAY DIFFRACTION93.41
2.54-2.590.22112110.17844003X-RAY DIFFRACTION93.11
2.59-2.650.23072110.18154023X-RAY DIFFRACTION92.57
2.65-2.710.23682060.17863916X-RAY DIFFRACTION91.97
2.71-2.770.21192060.18853917X-RAY DIFFRACTION90.94
2.77-2.850.23942050.19583908X-RAY DIFFRACTION90.1
2.85-2.930.23762000.18863800X-RAY DIFFRACTION88.13
2.93-3.030.24591940.19153681X-RAY DIFFRACTION85.31
3.03-3.140.21541690.18373219X-RAY DIFFRACTION74.27
3.14-3.260.20421730.18083279X-RAY DIFFRACTION76.3
3.26-3.410.21092220.17414218X-RAY DIFFRACTION97.52
3.41-3.590.18682220.15654226X-RAY DIFFRACTION98.63
3.59-3.820.16592270.14844309X-RAY DIFFRACTION99.13
3.82-4.110.14562240.12254259X-RAY DIFFRACTION98.98
4.11-4.520.14632260.1234295X-RAY DIFFRACTION99.1
4.52-5.180.14612260.11864295X-RAY DIFFRACTION99.28
5.18-6.520.17532290.15014354X-RAY DIFFRACTION99.35
6.52-42.130.17442290.17014335X-RAY DIFFRACTION98.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6775361071120.0291447262434-0.1664522204960.6096069297530.03752054424010.6535841260.0325023463383-0.0224594466378-0.0564075225191-0.0604330161676-0.0473897721375-0.07730098547650.0182403963330.162447128685.31548988827E-70.3736969656070.02354854253130.00180257524330.4591951651340.02346755717880.40357350715239.4936803836-4.9807372207932.3752967194
20.220175600991-0.1485312726480.2113156150230.103904263999-0.1528495566840.3649672607560.127178776869-0.0645507596022-0.160028061780.00237353701702-0.089005576983-0.05080253361560.1325764171910.0809766578341-2.59661057696E-60.4076264982850.00703582373925-0.007701827770480.4673239619970.01565021068890.46202125738338.3391737088-6.4463294274531.3995953276
30.5399523537440.044404594688-0.2419411109130.330774851750.3354127561950.6091472851880.141213818849-0.1498225852970.2662571770970.0448168713818-0.118940433213-0.095237846075-0.1908251459030.138852085169-1.92209495063E-60.443002928668-0.1026133294280.02227777287630.491176945847-0.03301080510430.49456054781338.869472381418.88518377548.4390430029
40.8300102688030.102589851525-0.1656437274980.774135048694-0.04510487362760.5835034668910.0437094640951-0.116175347925-0.006803599343370.0186562633703-0.0536487308314-0.0554633856914-0.03623861701120.1102199705293.15502290257E-70.368334835546-0.0137161280602-0.01907312352630.4465514187050.006804477110030.38702889399834.0073429232-0.79879772289641.6648547951
50.5269438417580.0898823145605-0.1305695629760.664335232597-0.1196338170760.6444435916510.05021848637930.09882830811610.0465594392601-0.0530896022883-0.0558765593840.0823926515364-0.0248348368022-0.168524579804-6.10732804218E-50.3713800770210.0208509016654-0.03757274637340.470233175173-0.01858640070390.4235089062010.716725941387-2.139363580232.1037867565
60.302983595358-0.0892042530523-0.3114991116990.08247535191940.01538035636330.4139416949320.08376090681390.1537237745160.222010985961-0.0715585800853-0.03917536232990.085667080894-0.0916280670494-0.3101019912853.51433977507E-50.402087054720.00110657066952-0.0243941893130.49848128074-0.01807661624510.4604976804581.02162554226-1.5597031201130.4099531067
70.164327698683-0.1839438623220.2067022056970.617509470054-0.2962229961460.738963804172-0.0953835313351-0.263553420425-0.3318952999840.3625470064450.03641513287190.1026678043030.3231646133210.0451826937103-0.000749788223410.396850341892-0.07594180295410.007466756032560.41615530455-0.009274476331470.4935634470131.78170915386-25.50934319849.6890950785
80.5514168866550.215338213701-0.2093543178160.6880921502860.09558796474620.7102678524150.0319892128618-0.0554242459012-0.0131133569264-0.00293133629903-0.01740108255130.0499432112475-0.00524007675277-0.05675276908847.36807843915E-60.371558072267-0.00901423512649-0.03056103762630.42457951133-0.01166245521890.4070409300236.14697190916-6.2486829506841.7442484189
90.683965016566-0.2688905552920.03404690957031.33245738505-0.05917745670240.971220587276-0.07478703266280.162120166980.112553749116-0.0668285727795-0.0166808879028-0.250557320713-0.2222271162020.1903486739113.98600129895E-50.458853716295-0.04794704355410.007875181056360.5065122221590.06213523467430.45783612472920.172307203412.103688474784.3591537027
100.173511544347-0.006290660239980.0705215305710.1893584853190.244157097750.348642133217-0.0753360492420.236369888719-0.03315119919470.01754961329760.0640799167105-0.20858278565-0.122853899550.3373008750087.71819304646E-50.46226600148-0.0398245159428-0.03366059663050.4977749934830.06154384074890.46942520722820.741601314711.628594057782.7501036732
110.411077006574-0.159399743454-0.4896158240740.2975829364240.08870544334010.625313406755-0.218816260896-0.05469016344520.2316783047530.3299687933470.1023539967810.197366006901-0.325135306677-0.159935295603-3.09400093745E-50.5772594439220.115783428501-0.02421164927810.4268961299130.03596679195960.510528118289-2.9223925444520.865795277799.8269782113
120.28728191121-0.06639555168610.0428516950980.311992991659-0.1677850488990.271442167184-0.05385565953480.1073566861420.04674453154440.128845065191-0.0479786044970.390445480551-0.0549208551604-0.218151889308-2.58195563704E-50.4579354359370.09704501909050.04194585470740.4985071937320.00932405878380.496237436639-8.0479316411111.416624437792.8746794068
130.889066791757-0.2203179737040.08848360753621.24549244356-0.1088458287810.933669149247-0.0541101056342-0.008155632004240.04306713088270.175891771829-0.0181011787262-0.234472660427-0.08320675483660.139261566611-0.0001371351336520.439582083565-0.00065024406641-0.02958358371320.4430756148050.02281995425110.41882922279321.38437829563.9904207062696.18247671
140.209884207839-0.114656786450.2066589019740.271957460494-0.1483205723970.25979952569-0.1248190955870.1735479588770.179808293829-0.01477409561550.02101204327590.126541635974-0.110315577359-0.012481689296-0.0001431695205810.5671271756120.053859375758-0.03645077673870.4952866676040.05540928212940.502786497883.0618621272228.607450755983.5741192585
150.699697312959-0.3292912974680.1144585945491.09889277407-0.01451362360221.04320157659-0.03354661885430.0577316154072-0.1690737779450.02289073503040.006365259381940.2263758869910.229467933814-0.1112913601293.13287244443E-50.410052988324-0.04146246052570.04661194016030.437352343979-0.0508988891920.4736847823810.756717531689-21.576754071583.8629592117
160.402366049629-0.247239279572-0.0932118143180.26269917101-0.1299377438770.332518296742-0.02750485656940.049739165226-0.145040368782-0.107592981594-0.05271326198590.4492020926140.203316582428-0.2220044140424.6592581935E-50.535384569086-0.0126598690376-0.004362800648980.517613113831-0.05049762269880.5464434452930.22705792083-21.083293595782.2075614985
170.401035115074-0.1632332744510.406089677280.373696380094-0.069592988250.479511741851-0.15165477027-0.175172164594-0.5490947109980.378235710980.0550959454062-0.1689090653630.3215752308630.212339140289-1.35206526911E-50.5974483513990.1226315956410.05461877535830.474396927146-0.003976608496710.57393056866121.795684063-30.8231078507101.986810508
180.844577537982-0.6683860173350.004516285898991.6885231233-0.01846383737460.886023285172-0.067105394410.0181926213731-0.1175918141950.1661813074280.02769725808430.1958864424460.114558590015-0.0450428131106-6.83659949702E-50.4376714564880.01062092679860.05346013022170.433011638464-0.01144063591040.428914414036.72101589768-18.412197103593.6914188592
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 60 through 272 )AA60 - 2721 - 213
22chain 'A' and (resid 273 through 308 )AA273 - 308214 - 246
33chain 'A' and (resid 309 through 348 )AA309 - 348247 - 286
44chain 'A' and (resid 349 through 599 )AA349 - 599287 - 537
55chain 'B' and (resid 65 through 272 )BD65 - 2721 - 208
66chain 'B' and (resid 273 through 308 )BD273 - 308209 - 244
77chain 'B' and (resid 309 through 348 )BD309 - 348245 - 281
88chain 'B' and (resid 349 through 598 )BD349 - 598282 - 531
99chain 'C' and (resid 64 through 272 )CG64 - 2721 - 209
1010chain 'C' and (resid 273 through 308 )CG273 - 308210 - 245
1111chain 'C' and (resid 309 through 348 )CG309 - 348246 - 281
1212chain 'C' and (resid 349 through 392 )CG349 - 392282 - 325
1313chain 'C' and (resid 393 through 559 )CG393 - 559326 - 492
1414chain 'C' and (resid 560 through 599 )CG560 - 599493 - 532
1515chain 'D' and (resid 64 through 272 )DJ64 - 2721 - 209
1616chain 'D' and (resid 273 through 308 )DJ273 - 308210 - 245
1717chain 'D' and (resid 309 through 348 )DJ309 - 348246 - 285
1818chain 'D' and (resid 349 through 598 )DJ349 - 598286 - 535

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る