PDB-9en6: Crystal structure of RNA G2C4 repeats - native model pH 6.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9en6

タイトル

Crystal structure of RNA G2C4 repeats - native model pH 6.5

要素

RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

キーワード

RNA (リボ核酸) / G2C4 repeats /

ALS (筋萎縮性側索硬化症) / FTD / hexanucleotide repeats

機能・相同性

リボ核酸

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.918 Å

データ登録者

Mateja-Pluta, M. / Kiliszek, A.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Antisense RNA C9orf72 hexanucleotide repeat associated with amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia forms a triplex-like structure and binds small synthetic ligand.
著者: Blaszczyk, L. / Ryczek, M. / Das, B. / Mateja-Pluta, M. / Bejger, M. / Sliwiak, J. / Nakatani, K. / Kiliszek, A.

履歴

登録	2024年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9en6.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9en6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9en6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9en6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9en6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qmhC 8qmiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/FRXAN8 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

BBB: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

CCC: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

DDD: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

7.54 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.656, 45.840, 51.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-101- MG

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPCPCPCPC)-3') 分子量: 1866.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.27 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.08M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% v/w Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.72932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.918→25.75 Å / Num. obs: 34769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 0.92→0.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 5565 / CC_1/2: 0.73 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.918→25.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / WR_factor R_free: 0.128 / WR_factor R_work: 0.116 / Average fsc free: 0.9567 / Average fsc work: 0.9589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1294	1726	4.965 %
R_work	0.1184	33040	-
all	0.119	-	-
obs	-	34766	99.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.918→25.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	492	3	128	623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.011	677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.749	1.281	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.446	3	724
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.035	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.032	0.02	180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.423	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.252	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.246	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.325	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.695	1.182	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.693	1.182	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.154	1.786	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.154	1.786	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.976	12.516	888
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.876	11.711	853
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.598	3	978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.918-0.942	0.36	130	0.336	2422	X-RAY DIFFRACTION	99.6486
0.942-0.967	0.247	104	0.256	2374	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
0.967-0.995	0.236	132	0.198	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.9584
0.995-1.026	0.149	102	0.15	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.026-1.06	0.13	100	0.119	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.06-1.097	0.123	112	0.089	2101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.097-1.138	0.114	115	0.085	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.138-1.185	0.106	122	0.085	1934	X-RAY DIFFRACTION	99.9514
1.185-1.237	0.104	109	0.085	1862	X-RAY DIFFRACTION	99.8986
1.237-1.297	0.106	88	0.093	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.9469
1.297-1.367	0.121	83	0.096	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.367-1.45	0.122	73	0.093	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.55	0.11	88	0.084	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.674	0.097	75	0.087	1407	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.833	0.114	70	0.092	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.833-2.049	0.112	57	0.109	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.364	0.12	59	0.13	1062	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
2.364-2.891	0.134	49	0.148	907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.891-4.071	0.127	32	0.129	721	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
4.071-25.75	0.2	26	0.163	428	X-RAY DIFFRACTION	99.1266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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