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万見
- PDB-9en2: Crystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9en2
タイトルCrystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 complexed with nanobodies VHH-H4 and VHH-I5
要素
  • Procollagen C-endopeptidase enhancer 1
  • VHH-H4
  • VHH-I5
キーワードCELL ADHESION / COLLAGEN / STRUCTURAL PROTEIN / EXTRACELLULAR MATRIX / FIBROSIS / NANOBODIES
機能・相同性
機能・相同性情報


Crosslinking of collagen fibrils / collagen biosynthetic process / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / peptidase activator activity / collagen binding / heparin binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Procollagen C-endopeptidase enhancer, NTR domain / : / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Procollagen C-endopeptidase enhancer, NTR domain / : / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Procollagen C-endopeptidase enhancer 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lagoutte, P. / Gueguen-Chaignon, V. / Bourhis, J.-M. / Vadon-Le Goff, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE14-0033 フランス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Mono- and Bi-specific Nanobodies Targeting the CUB Domains of PCPE-1 Reduce the Proteolytic Processing of Fibrillar Procollagens.
著者: Lagoutte, P. / Bourhis, J.M. / Mariano, N. / Gueguen-Chaignon, V. / Vandroux, D. / Moali, C. / Vadon-Le Goff, S.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procollagen C-endopeptidase enhancer 1
B: VHH-H4
C: VHH-I5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9397
ポリマ－64,6753
非ポリマー2644
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.830, 95.945, 110.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Procollagen C-endopeptidase enhancer 1 / Procollagen COOH-terminal proteinase enhancer 1 / PCPE-1 / Procollagen C-proteinase enhancer 1 / ...Procollagen COOH-terminal proteinase enhancer 1 / PCPE-1 / Procollagen C-proteinase enhancer 1 / Type 1 procollagen C-proteinase enhancer protein / Type I procollagen COOH-terminal proteinase enhancer


分子量: 32437.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCOLCE, PCPE1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293-F / 参照: UniProt: Q15113

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 VHH-H4


分子量: 16608.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 VHH-I5


分子量: 15628.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 369分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 8000, 50 mM L-argininamide dihydrochloride, 50 mM spermine, 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 50 mM potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.977794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49 Å / Num. obs: 30184 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 1.033 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 28630 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDS20210322データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24216 --
Rwork0.2083 --
obs-28630 99.82 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 14 365 4023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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