PDB-9emg: SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9emg

タイトル

SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with guanosine-5'-monophosphate as a product of c-di-GMP cleavage

要素

S1/P1 nuclease

キーワード

HYDROLASE / Nuclease

機能・相同性

GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.148 Å

データ登録者

Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J.

資金援助

チェコ, European Union, 4件

組織	認可番号	国
Czech Science Foundation	23-06295S	チェコ
Czech Academy of Sciences	86652036	チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic	LM2023042	チェコ
European Regional Development Fund	CZ.02.1.01/0.0/18_046/0015974	European Union

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Substrate preference, RNA binding and active site versatility of Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study.
著者: Adamkova, K. / Trundova, M. / Koval, T. / Hustakova, B. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Dohnalek, J.

履歴

登録	2024年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9emg.cif.gz	243.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9emg.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9emg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9emg_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9emg_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	9emg_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	9emg_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qjlC 8qjmC 8qjnC 8qjoC 8qjpC 8qjqC 8gjm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S1/P1 nuclease

B: S1/P1 nuclease

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S1/P1 nuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: S1/P1 nuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.340, 72.637, 82.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.098, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	S1/P1 nuclease 分子量: 28354.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 株: SanG_2012 / 遺伝子: FEO86_17535, HKK60_04680, I5U85_21415 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C8X1V5

#1: タンパク質

S1/P1 nuclease

分子量: 28354.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437
由来: (組換発現)

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
株: SanG_2012 / 遺伝子: FEO86_17535, HKK60_04680, I5U85_21415 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C8X1V5

-
非ポリマー , 6種, 765分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol 5000. Protein concentration 7.5 mg/ml. Cryo-protection by glycerol 25 % v/v. Temp details: controlled

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.148→43.393 Å / Num. obs: 165597 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.148→1.182 Å / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 8280 / CC_1/2: 0.824 / R_rim(I) all: 0.701

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.148→43.393 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / SU B: 0.842 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The last refinement cycle was performed against all reflections.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1311	7969	5 %
R_work	0.1107	165597	-
all	0.113	-	-
obs	0.1129	165597	90.609 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.218 Å²	0 Å²	0.075 Å²
2-	-	-0.319 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.063 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.148→43.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3872	0	90	747	4709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.015	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.606	1.646	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.579	1.592	9432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.984	20.986	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.027	15	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	15.08	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.464	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.051	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.242	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.107	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.44	1.227	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.426	259.016	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.799	1.853	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.799	23.176	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.228	1.576	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.218	8.247	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.679	2.254	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.654	2.228	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.589	9999.999	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.768	9999.999	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.237	3	4346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.148-1.178	0.212	7305	X-RAY DIFFRACTION	54.2236
1.178-1.211	0.175	9239	X-RAY DIFFRACTION	70.4299
1.211-1.246	0.184	10046	X-RAY DIFFRACTION	78.7613
1.246-1.284	0.186	10435	X-RAY DIFFRACTION	84.2347
1.284-1.326	0.169	10806	X-RAY DIFFRACTION	89.6615
1.326-1.373	0.149	11254	X-RAY DIFFRACTION	96.5594
1.373-1.424	0.133	11168	X-RAY DIFFRACTION	99.3241
1.424-1.483	0.126	10784	X-RAY DIFFRACTION	99.5201
1.483-1.548	0.106	10232	X-RAY DIFFRACTION	98.6597
1.548-1.624	0.083	9869	X-RAY DIFFRACTION	99.9392
1.624-1.712	0.071	9421	X-RAY DIFFRACTION	99.6088
1.712-1.816	0.069	8891	X-RAY DIFFRACTION	99.5967
1.816-1.941	0.081	8278	X-RAY DIFFRACTION	98.5593
1.941-2.096	0.08	7766	X-RAY DIFFRACTION	99.5386
2.096-2.296	0.08	7216	X-RAY DIFFRACTION	99.6823
2.296-2.567	0.083	6470	X-RAY DIFFRACTION	99.2636
2.567-2.964	0.096	5689	X-RAY DIFFRACTION	98.4426
2.964-3.629	0.109	4865	X-RAY DIFFRACTION	99.6518
3.629-5.126	0.12	3752	X-RAY DIFFRACTION	98.9712
5.126-43.393	0.215	2111	X-RAY DIFFRACTION	98.3691

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0242	0.0027	-0.0072	0.0105	0.0044	0.011	0.0001	-0.0002	-0.0015	0.0003	-0.0007	-0.0007	0.0011	0.0005	0.0006	0.0056	0.0002	-0	0.0071	-0.0001	0.0063	18.0837	4.4726	39.6643
2	0.0185	-0.0083	-0.036	0.0859	-0.018	0.0918	0.0036	0.0002	0.0015	-0.0314	-0.0011	-0.0105	0.0024	-0.0006	-0.0026	0.0181	-0.0004	0.0049	0.0072	-0.0006	0.0112	-0.263	-4.8505	5.1849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	{ A\|27-277 }	A	27 - 277
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	{ B\|27-271 }	B	27 - 271

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関連情報:EMDBヘッダ

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