PDB-9ek5: TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ek5

タイトル

TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

キーワード

IMMUNE SYSTEM / TRIM21 / ubiquitin / ubiquitin ligase / small molecule / protein degradation / innate immunity / cancer / therapeutics

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression of viral release by host / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of protein deubiquitination / regulation of type I interferon production / negative regulation of viral transcription / protein K6-linked ubiquitination / STING mediated induction of host immune responses / cellular response to chemical stress / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hinshaw, S.M. / Corsello, S.M. / Yuan, L. / Lu, J. / Martinez, M. / Gray, N.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog
著者: Hinshaw, S.M. / Corsello, S.M. / Yuan, L. / Lu, J. / Martinez, M. / Gray, N.S.

履歴

登録	2024年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ek5.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ek5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ek5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ek5_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ek5_full_validation.pdf.gz	770.3 KB	表示
XML形式データ	9ek5_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	9ek5_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/9ek5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/9ek5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.317, 99.317, 50.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / 52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) ...52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome type A antigen / SS-A / Tripartite motif-containing protein 21 分子量: 20505.984 Da / 分子数: 1 / 断片: PrySpry domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM21, RNF81, RO52, SSA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19474, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-A1BLD / (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one 分子量: 416.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂ClFN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.2 M Sodium Formate; 100 mM Tris-HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K Ambient temp details: the upper/lower limit were set to 120K/80K Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→99.32 Å / Num. obs: 22542 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 1015 / CC_1/2: 0.344 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→70.326 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 15.247 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	731	5.067 %
R_work	0.1953	13697	-
all	0.199	-	-
obs	-	14428	94.753 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.012 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.012 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→70.326 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1449	0	29	71	1549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.795	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	1.747	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.491	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.912	6	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.508	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.88	10	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.449	6.347	723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.385	6.35	723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.067	11.404	902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.066	11.407	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.374	6.78	807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.371	6.777	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.98	12.151	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.976	12.146	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.934	76.647	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.933	76.641	6257

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.484	22	0.49	505	0.49	1078	0.575	0.568	48.8868	0.481
2.154-2.213	0.54	40	0.454	794	0.458	1078	0.697	0.688	77.3655	0.448
2.213-2.278	0.421	48	0.449	999	0.448	1049	0.788	0.737	99.8093	0.443
2.278-2.348	0.39	54	0.411	948	0.41	1002	0.849	0.793	100	0.401
2.348-2.425	0.358	47	0.397	956	0.395	1003	0.812	0.797	100	0.384
2.425-2.509	0.401	52	0.387	895	0.388	947	0.791	0.804	100	0.367
2.509-2.604	0.373	53	0.365	866	0.366	920	0.861	0.82	99.8913	0.347
2.604-2.71	0.444	30	0.312	873	0.317	903	0.758	0.878	100	0.277
2.71-2.831	0.322	43	0.274	814	0.277	857	0.917	0.918	100	0.234
2.831-2.969	0.286	45	0.228	781	0.232	826	0.941	0.952	100	0.184
2.969-3.129	0.257	49	0.206	733	0.21	782	0.954	0.964	100	0.178
3.129-3.318	0.344	45	0.186	704	0.195	749	0.917	0.975	100	0.159
3.318-3.547	0.295	37	0.18	664	0.186	701	0.955	0.976	100	0.152
3.547-3.83	0.226	33	0.155	635	0.159	668	0.966	0.983	100	0.133
3.83-4.194	0.248	33	0.144	572	0.15	605	0.962	0.986	100	0.12
4.194-4.687	0.188	25	0.111	535	0.115	560	0.979	0.991	100	0.094
4.687-5.409	0.153	27	0.106	471	0.109	498	0.984	0.992	100	0.089
5.409-6.614	0.236	24	0.126	407	0.131	431	0.966	0.991	100	0.104
6.614-9.313	0.166	15	0.132	333	0.134	348	0.984	0.989	100	0.115
9.313-70.326	0.257	9	0.188	210	0.191	219	0.95	0.977	100	0.175

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関連情報:EMDBヘッダ

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