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- PDB-9ehy: X-ray crystal structure of ADC-33 beta-lactamase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ehy
タイトルX-ray crystal structure of ADC-33 beta-lactamase in complex with ceftazidime in acyl and product forms
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / lactamase / complex / cephalosporin / ceftazidime
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACYLATED CEFTAZIDIME / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Powers, R.A. / Wallar, B.J. / Jarvis, H.R. / Ziegler, Z.X. / June, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI072219 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Resistance to oxyimino-cephalosporins conferred by an alternative mechanism of hydrolysis by the Acinetobacter -derived cephalosporinase-33 (ADC-33), a class C beta-lactamase present in ...タイトル: Resistance to oxyimino-cephalosporins conferred by an alternative mechanism of hydrolysis by the Acinetobacter -derived cephalosporinase-33 (ADC-33), a class C beta-lactamase present in carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CR Ab ).
著者: Powers, R.A. / Wallar, B.J. / Jarvis, H.R. / Ziegler, Z.X. / June, C.M. / Bethel, C.R. / Hujer, A.M. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Prati, F. / Caselli, E. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2024年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-lactamase
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0705
ポリマ－81,6292
非ポリマー1,4403
水7,296405
1
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7703
ポリマ－40,8151
非ポリマー9552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3002
ポリマ－40,8151
非ポリマー4851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.127, 84.055, 205.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 40814.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ampC, BAA1790NC_1053, EP550_05490, EP560_12590, EQH48_05445
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7Y407, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-A1BIM / (2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(2-carboxypropan-2-yl)oxy]imino}acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / hydrolyzed ceftazidime without pyridine ring


分子量: 485.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME


分子量: 469.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M succinate/phosphate/glycine, 25% w/v PEG-1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→102.799 Å / Num. obs: 79527 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.57→1.725 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3975 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.349 / % possible all: 58.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→43.85 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 3992 5.08 %
Rwork0.1918 --
obs0.1932 78548 74.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5451 0 79 405 5935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8897740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.602775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.313580.3099105X-RAY DIFFRACTION
1.59-1.610.464270.3095138X-RAY DIFFRACTION
1.61-1.630.4392150.3052217X-RAY DIFFRACTION
1.63-1.650.4028220.2928398X-RAY DIFFRACTION
1.65-1.670.3028330.275552X-RAY DIFFRACTION16
1.67-1.70.3233460.266801X-RAY DIFFRACTION24
1.7-1.720.2998690.29511328X-RAY DIFFRACTION38
1.72-1.750.3232870.29781809X-RAY DIFFRACTION
1.75-1.780.30741330.29412366X-RAY DIFFRACTION
1.78-1.810.29531600.2723047X-RAY DIFFRACTION
1.81-1.840.28191660.26073314X-RAY DIFFRACTION
1.84-1.880.29561630.28823493X-RAY DIFFRACTION
1.88-1.910.40081470.36972890X-RAY DIFFRACTION
1.91-1.960.49281520.42943023X-RAY DIFFRACTION
1.96-20.28791800.22583425X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.25971840.2183460X-RAY DIFFRACTION
2.05-2.110.28391770.22993397X-RAY DIFFRACTION
2.11-2.170.24421870.19853448X-RAY DIFFRACTION
2.17-2.230.23911700.19423222X-RAY DIFFRACTION
2.26-2.320.28191570.20012569X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.410.22172100.19493469X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.24091970.19353437X-RAY DIFFRACTION
2.52-2.650.22891780.19153473X-RAY DIFFRACTION
2.65-2.820.22711940.19443462X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.040.21381910.18943496X-RAY DIFFRACTION
3.04-3.340.22131820.1883534X-RAY DIFFRACTION
3.34-3.830.18421770.16233362X-RAY DIFFRACTION95
3.83-4.820.14992070.13443575X-RAY DIFFRACTION100
4.82-43.850.17791930.16813746X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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