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- PDB-9egc: AclA from Tenacibaculum discolor in complex with the C8-N-acyl cy... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9egc

タイトル

AclA from Tenacibaculum discolor in complex with the C8-N-acyl cyclolysine reaction product (C8-ACL)

要素

THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / N-acyl-cyclolysine / biosynthesis / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Tenacibaculum discolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Shirkey, J.D. / Jeffrey, P.D. / Linares-Otoya, L. / Khatri Chhetri, B. / Donia, M.S. / Hughson, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Discovery of a widespread chemical signalling pathway in the Bacteroidota.
著者: Linares-Otoya, L. / Shirkey, J.D. / Chhetri, B.K. / Mira, A. / Biswas, A. / Neff, S.L. / Linares-Otoya, M.V. / Chen, Y. / Campos-Florian, J.V. / Ganoza-Yupanqui, M.L. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. / Donia, M.S.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2025年10月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9egc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9egc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9egc_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9egc_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9egc_validation.xml.gz	74.9 KB	表示
CIF形式データ	9egc_validation.cif.gz	91.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/9egc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/9egc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9egbC 9egdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3)

-
集合体

登録構造単位

A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

214 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.3 kDa, 2 ポリマー
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C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61 kDa, 2 ポリマー
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G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	204.374, 84.360, 164.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	A	A	2 - 249	16 - 263
1	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	A	H - I	301 - 302
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	B	2 - 249	16 - 263
2	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	M - N	301 - 302
3	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	C	2 - 249	16 - 263
3	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	P - Q	301 - 302
4	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	D	D	2 - 249	16 - 263
4	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	D	R - S	301 - 302
5	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	E	2 - 249	16 - 263
5	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	T - U	301 - 302
6	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	F	2 - 249	16 - 263
6	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	W - X	301 - 302
7	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	G	2 - 249	16 - 263
7	2	A1CA3	A1CA3	MAE	MAE	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	Y - Z	301 - 302

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要素

#1: タンパク質	THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein 分子量: 30056.287 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tenacibaculum discolor (バクテリア) 遺伝子: CSC81_02270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G1BYE5
#2: 化合物	ChemComp-A1CA3 / N-[(3R)-2-oxoazepan-3-yl]octanamide 分子量: 254.368 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MAE / MALEIC ACID 分子量: 116.072 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: DL-Malic Acid, PEG-3350, MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→29.46 Å / Num. obs: 88108 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.55→2.6 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 4482 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.766 / R_rim(I) all: 1.789 / Χ²: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→29.46 Å / SU ML: 0.3703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.0792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2221	4538	5.15 %
R_work	0.1793	83517	-
obs	0.1815	88055	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13987	0	217	113	14317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14500
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0194	19546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0745	2117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	2521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.517	5478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.58	0.4102	163	0.3393	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.58-2.61	0.3263	165	0.32	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.61-2.64	0.3264	144	0.2961	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.67	0.3462	145	0.2878	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.67-2.71	0.3087	148	0.2866	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.71-2.75	0.3376	133	0.2881	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.75-2.79	0.3082	155	0.2774	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.79-2.83	0.2937	149	0.2682	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.83-2.87	0.337	130	0.2503	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-2.92	0.2868	143	0.2425	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.92-2.97	0.2652	157	0.2383	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.97-3.02	0.268	170	0.2261	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.08	0.2532	167	0.2118	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.08-3.14	0.2447	150	0.2118	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.14-3.21	0.2374	140	0.2057	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.29	0.2595	158	0.1906	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.29-3.37	0.2434	163	0.1891	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.37-3.46	0.2466	183	0.1861	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.46-3.56	0.2553	150	0.1893	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.56-3.68	0.2001	147	0.1709	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.68-3.81	0.2362	145	0.1646	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.81-3.96	0.2172	143	0.1632	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.14	0.1943	152	0.1482	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.14-4.36	0.181	156	0.1323	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.36-4.63	0.1634	160	0.1283	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.63-4.98	0.1898	140	0.1337	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.98-5.48	0.1748	164	0.155	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.48-6.27	0.223	118	0.1635	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.83
6.27-7.87	0.202	125	0.1635	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.93
7.87-29.46	0.1682	175	0.1463	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.01931286232	3.43066218523	-1.23297144723	5.28142170467	0.154538058242	4.64900476488	-0.111157935509	-0.295134925809	0.761591685493	0.496199235049	-0.225345910505	0.161680936875	-0.426975423353	-0.492448085811	0.31356692425	0.720237725485	0.0743060942756	-0.19552680761	0.378961177154	-0.171861644205	0.630422835117	-47.3224218278	21.4482513925	63.9252859906
2	2.76394488746	1.37361696695	1.67790674574	2.57448282943	1.04286753306	3.12495677095	-0.477353615087	-0.134177069884	0.892951954099	0.606072428953	-0.128367654781	-0.4725295194	-0.6953040651	0.0359249531035	0.588160018809	0.874336941971	-0.0278412200804	-0.370828682136	0.394491537724	-0.0358008144739	0.891291491572	-36.0695791761	28.1963478888	61.7346962697
3	2.99050542985	0.219394579865	3.14363222285	3.24249761287	1.92568777819	8.48298877288	-0.03884241277	-0.0707200827384	0.185792102959	0.908523001973	-0.108769420938	-1.13268708498	0.0451468612045	0.70932407243	0.060926764156	0.7794948737	-0.0347983082473	-0.375026397621	0.406031865988	0.00741658116998	0.870292775265	-27.6265341728	11.9140384511	64.7736954158
4	3.07721443109	-1.17806864677	0.185034293714	5.4138723458	-0.777258742147	5.63478659215	0.182535413761	0.342854575989	0.170656237928	-0.296287864894	0.0407437719775	-0.79920999575	0.668220110331	0.824138482284	-0.00397508697699	0.544184044098	0.0823664478827	-0.164370107073	0.580732731007	0.0156964777179	0.725847129848	-26.5211991077	5.09942710633	48.6290541765
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47	2.67664067193	0.381684952478	0.784080448008	1.79485315448	-0.384379090229	1.38418137257	0.102043444152	0.348566405731	-0.267550607359	-0.450527999562	0.0851492650248	0.206515590829	0.199015166363	-0.000761367236885	-0.135605191447	0.702972766674	0.00149679231203	-0.255445336315	0.354856831811	-0.0690531961501	0.573766552363	-27.7399735019	56.2348232922	66.1177814994
48	0.516669022039	-0.41697753513	-0.385931700282	5.79656913318	-4.77125533117	5.54295034129	-0.103037804162	0.25225646008	1.10009266583	0.165471251289	0.0438940808533	0.240395288422	-0.40896306863	-0.281773794232	0.104930030266	0.665330027584	-0.0476230337019	-0.288400431186	0.285397894933	-0.0968133647077	0.636465818675	-30.9156281145	68.4742400895	74.0532524037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 172 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 213 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 214 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 74 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 75 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 134 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 135 through 154 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 155 through 172 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 173 through 186 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 187 through 213 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 214 through 232 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 233 through 250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 32 through 86 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 87 through 116 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 117 through 186 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 187 through 232 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 233 through 250 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 1 through 13 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 14 through 116 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 117 through 134 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 135 through 154 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 155 through 172 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 173 through 213 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 214 through 233 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 234 through 250 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 57 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 58 through 116 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 117 through 134 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 135 through 172 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 173 through 186 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 187 through 233 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 234 through 250 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 1 through 13 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 14 through 74 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 75 through 103 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 104 through 154 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 155 through 172 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 173 through 213 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 214 through 233 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 234 through 250 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 2 through 31 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 32 through 232 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 233 through 250 )

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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