PDB-9egb: AclA from Tenacibaculum discolor in complex with substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9egb

タイトル

AclA from Tenacibaculum discolor in complex with substrate

要素

THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / N-acyl-cyclolysine / biosynthesis / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Tenacibaculum discolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Shirkey, J.D. / Jeffrey, P.D. / Linares-Otoya, L. / Khatri Chhetri, B. / Donia, M.S. / Hughson, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Discovery of a widespread chemical signalling pathway in the Bacteroidota.
著者: Linares-Otoya, L. / Shirkey, J.D. / Chhetri, B.K. / Mira, A. / Biswas, A. / Neff, S.L. / Linares-Otoya, M.V. / Chen, Y. / Campos-Florian, J.V. / Ganoza-Yupanqui, M.L. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. / Donia, M.S.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	9egcC 9egdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

214 kDa, 7 ポリマー
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1

A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration
61.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	205.002, 84.395, 164.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.325, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 302))	A	A	2 - 249	17 - 264
1	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 301))	A	H	301
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	B	2 - 249	17 - 264
2	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	J	301
3	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	C	2 - 249	17 - 264
3	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	L	301
4	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301))	D	D	2 - 249	17 - 264
4	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301))	D	M	301
5	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	E	2 - 249	17 - 264
5	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	N	301
6	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	F	2 - 249	17 - 264
6	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	Q	301
7	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	G	2 - 249	17 - 264
7	2	A1BIH	A1BIH	A1BIH	A1BIH	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	R	301

#1: タンパク質	THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein 分子量: 30187.482 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tenacibaculum discolor (バクテリア) 遺伝子: CSC81_02270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G1BYE5
#2: 化合物	ChemComp-A1BIH / N~2~-octanoyl-L-lysine 分子量: 272.384 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: DL-Malic Acid, PEG-3350, MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→29.82 Å / Num. obs: 54050 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.267 / R_pim(I) all: 0.107 / R_rim(I) all: 0.289 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 3→3.09 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.771 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4404 / CC_1/2: 0.564 / R_pim(I) all: 0.406 / R_rim(I) all: 1.902 / Χ²: 0.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→29.82 Å / SU ML: 0.3494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9716
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	2777	5.14 %
R_work	0.1765	51253	-
obs	0.1787	54030	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14003	0	175	0	14178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	14473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1275	19508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0642	2119
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.5261	5454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.05	0.3034	151	0.2693	2513	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.05-3.11	0.3074	139	0.2606	2550	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.11-3.17	0.297	135	0.2665	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3.17-3.23	0.3083	134	0.2514	2554	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.23-3.3	0.3045	129	0.2356	2546	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.3-3.38	0.2782	137	0.223	2532	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.38-3.46	0.3276	131	0.2285	2573	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.46-3.56	0.2847	141	0.2197	2534	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.56-3.66	0.228	132	0.2	2554	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.66-3.78	0.2274	114	0.1883	2567	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.78-3.91	0.2527	140	0.1833	2522	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.91-4.07	0.2147	141	0.1749	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.07-4.25	0.2024	157	0.1512	2557	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.25-4.48	0.1889	153	0.1392	2545	X-RAY DIFFRACTION	98.97
4.48-4.76	0.1738	134	0.1323	2563	X-RAY DIFFRACTION	98.97
4.76-5.12	0.1801	130	0.148	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.09
5.12-5.64	0.2087	147	0.1588	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.64-6.44	0.2109	145	0.164	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.2
6.44-8.09	0.1793	141	0.1574	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.24
8.09-29.82	0.1489	146	0.1424	2658	X-RAY DIFFRACTION	98.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.15366115509	4.69933118123	-4.32345955427	3.42896847888	-4.61229270237	9.22915426939	0.127669503678	-0.123224400181	1.52915984902	2.00734201924	-0.520247945675	1.26332036863	-0.99140069258	-1.48436132407	0.364341993436	0.817534224521	0.11121185902	0.0460289331032	0.669310447064	-0.238888197611	0.912079878864	-59.5905898634	18.1818251693	63.4156757644
2	1.90451266616	0.701602037487	0.893719652917	4.06941497173	0.670284243386	3.13138331669	-0.316898415139	-0.239406342767	0.644064645574	0.501310224924	-0.220563318995	-0.31771476913	-0.733340672067	-0.0749615119551	0.426720034579	0.778141497956	0.0484908391944	-0.259968663455	0.320791295074	-0.0970803721973	0.646056064931	-39.6216314669	26.5757866818	61.4222053576
3	6.38952577011	-0.715679444968	-0.0120809776652	8.05175464644	5.3492231616	6.66117175538	0.214005450793	-0.787821319616	0.445513844046	0.810180386694	-0.128718239699	-1.32421135871	-0.441581937127	0.481640414073	-0.404952070186	1.00843359308	-0.076232444302	-0.448030385348	0.419366147572	-0.053420911507	0.757594300828	-28.4786338798	18.7389008635	70.4452434684
4	3.07249353593	-0.507924459891	0.374906529496	3.29020560323	-0.494724637885	5.07645273686	0.230203612424	0.0391796888975	-0.0581869814812	0.391605848033	-0.237816453465	-0.513343569948	0.349862681872	0.614363702227	0.0240883094449	0.579339774583	-0.00802895208263	-0.209815443127	0.310699665102	-0.0401332631899	0.494255180365	-31.5829854293	7.44367662496	56.9114853059
5	8.82108159014	-6.18034624326	-5.43167337748	5.87896259187	6.40043705366	8.44820936426	-0.186152647324	0.61737719618	1.56994267071	-1.87362460813	-0.214658984303	-1.31137765025	-2.10240060399	1.34802786938	0.407812451565	0.835334834935	-0.237271168237	-0.0891929392788	0.64332814652	0.116481628949	0.7025632815	-30.4190432267	20.0112316458	40.1180672049
6	2.32344742401	-0.404624311044	1.87347347821	2.88884221453	0.57076854872	2.81964399075	-0.445634931796	0.425753946939	0.788910283514	-0.790393215586	-0.168814607764	0.737465248514	-0.941907811195	-0.274045706215	0.477829478394	0.834328968617	0.0880334526603	-0.34075375761	0.415397395802	0.0166591167293	0.75119074047	-52.0840927461	24.1140083804	40.2271784348
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8	3.79151473656	0.973894824827	2.15266378678	2.9437413246	0.423606660167	6.52999009889	-0.0485340310136	0.269089587787	0.141194895832	-0.325368183294	-0.141359635929	0.691560211617	0.0976670858619	-0.890353047824	0.178342265537	0.494651874527	0.10128949398	-0.14781189198	0.439426701006	-0.0750798197209	0.516075334787	-59.3631190716	6.00366023758	40.4535720728
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33	2.05708697785	-0.612644244686	0.495383425973	2.18071599957	0.650434122898	1.70825855761	0.224360647837	0.199935427813	-0.571681548657	-0.650577171941	0.0952037296924	0.216051913199	0.419543408362	-0.175348078188	-0.236367093265	0.748297219269	-0.0327503460454	-0.297420792744	0.28489612568	-0.065732523208	0.689027879107	-30.2691411041	45.7184096013	69.5437505646
34	7.02507192873	2.39658674528	1.72827325161	2.08292943064	0.225279482764	1.42389217449	-0.230594990406	0.676019681027	0.130078623242	-0.792213051545	0.205281002485	0.379006881441	-0.0685318728386	-0.0587356271487	0.0255892756485	0.814423289481	-0.0210775847585	-0.253270477138	0.336104035977	-0.020159262095	0.554017920041	-29.7834598902	64.0778447631	61.38123314
35	7.37488920951	-3.33507082606	1.8748764949	2.45843894534	-1.76361102942	7.15947700273	-0.112898533143	1.06098871301	0.743442467078	-0.332718520083	0.232047148359	-0.763791305828	0.329538656417	1.04906767365	-0.0756429421783	0.524662923138	-0.0651433586531	-0.0267340225497	0.486237327012	0.0178204766615	0.470427414918	-12.8672364498	66.2010913421	63.2354521056
36	2.12634656451	-1.27687596778	-1.0594165659	3.64330325118	-2.05307543429	3.11097750962	-0.0554798891736	-0.0816487088249	0.441997217196	0.0202844786639	-0.0352258518413	0.228762101366	-0.287085581317	-0.239908748508	0.0907918116731	0.670716677236	-0.0285098123118	-0.247796313148	0.197357883921	-0.0461822004685	0.493323049407	-29.7465198663	63.9709470228	75.7277477656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 136 through 250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 14 through 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 117 through 134 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 135 through 172 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 173 through 213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 214 through 250 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 58 through 116 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 117 through 135 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 136 through 250 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 74 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 75 through 134 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 135 through 172 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 173 through 213 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 214 through 250 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 1 through 13 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 14 through 57 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 58 through 116 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 117 through 134 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 135 through 186 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 187 through 213 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 214 through 250 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 1 through 13 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 14 through 116 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 117 through 135 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 136 through 232 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 233 through 250 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 2 through 31 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 32 through 116 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 117 through 186 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 187 through 213 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 214 through 250 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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