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万見
- PDB-9ebw: Chimeric fluorescence biosensor formed from a lactate-binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ebw
タイトルChimeric fluorescence biosensor formed from a lactate-binding protein and GFP, bound to lactate
要素Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Biosensor / Binding protein / Chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / chemotaxis / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC) / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Horwitz, S.M. / Ambarian, J.A. / Jones, R. / Waidmann, L. / Davis, K.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01GM124038 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)F31CA254162 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1937971 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: State-dependent motion of a genetically encoded fluorescent biosensor.
著者: Rosen, P.C. / Horwitz, S.M. / Brooks, D.J. / Kim, E. / Ambarian, J.A. / Waidmann, L. / Davis, K.M. / Yellen, G.
履歴
登録2024年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
B: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
C: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
D: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,1288
ポリマ－233,7644
非ポリマー3644
水2,144119
1
A: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
B: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1565
ポリマ－116,8822
非ポリマー2743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area41310 Å2
手法PISA
2
C: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)
ヘテロ分子

D: Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9723
ポリマ－116,8822
非ポリマー901
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area40040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.878, 109.803, 123.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein,Methyl-accepting chemotaxis transducer (TlpC)


分子量: 58440.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mTurquoise GFP (residues 10-153 and 428-515) attached to lactate binding protein TlpC (residues 159-421) by two separate linkers, one from residues 154-158 and another from residues 425-427
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: GFP, HP_0082 / 株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): OneShot / 参照: UniProt: P42212, UniProt: O24911
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: Green needles, 100 x 25 uM
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: citric acid, PEG 6000, 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920119 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→45.94 Å / Num. obs: 55034 / % possible obs: 95.44 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1481 / Rpim(I) all: 0.07007 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.6888 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 5330 / CC1/2: 0.826 / CC star: 0.951 / Rpim(I) all: 0.3447 / Rrim(I) all: 0.7748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS1.19データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→45.94 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 1996 3.63 %
Rwork0.2422 --
obs0.2437 54913 95.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14571 0 24 119 14714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01149001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35620240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6845170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0272628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.850.42051330.35523534X-RAY DIFFRACTION89
2.85-2.930.35481420.30183858X-RAY DIFFRACTION98
2.93-3.010.31431420.28313884X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.110.34351500.26373862X-RAY DIFFRACTION98
3.11-3.220.29481470.25253856X-RAY DIFFRACTION98
3.22-3.350.33761410.25443844X-RAY DIFFRACTION97
3.35-3.50.31581470.26023812X-RAY DIFFRACTION97
3.5-3.690.29171350.23783813X-RAY DIFFRACTION96
3.69-3.920.30551450.24243799X-RAY DIFFRACTION96
3.92-4.220.2831420.22343783X-RAY DIFFRACTION95
4.22-4.640.24151470.20443731X-RAY DIFFRACTION94
4.64-5.310.2231420.20613681X-RAY DIFFRACTION93
5.31-6.690.27521480.24973750X-RAY DIFFRACTION94
6.69-100.26391350.2453710X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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