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- PDB-9e9v: Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e9v
タイトルStructural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H
要素
  • Core-binding factor subunit beta
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
  • Virion infectivity factor
  • single-stranded DNA cytosine deaminase
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / APOBEC3H HIV-1 Vif / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / clearance of foreign intracellular DNA / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / cytidine deaminase activity / lymphocyte differentiation / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / transposable element silencing / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / target-directed miRNA degradation / elongin complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / negative regulation of viral genome replication / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / viral life cycle / cell maturation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / virion component / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / osteoblast differentiation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / protein-containing complex assembly / transcription by RNA polymerase II / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / defense response to virus / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / protein-macromolecule adaptor activity / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
APOBEC3H / APOBEC3H / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. ...APOBEC3H / APOBEC3H / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / single-stranded DNA cytosine deaminase / Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Pan troglodytes (チンパンジー)
Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Matsuo, H. / Skorupka, K.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 AI150478 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: HIV-1 vif mediates ubiquitination of the proximal protomer in the APOBEC3H dimer to induce degradation.
著者: Katarzyna A Skorupka / Kazuhiro Matsuoka / Bakar Hassan / Rodolfo Ghirlando / Vanivilasini Balachandran / Ting-Hua Chen / Kylie J Walters / Celia A Schiffer / Matthias Wolf / Yasumasa Iwatani ...著者: Katarzyna A Skorupka / Kazuhiro Matsuoka / Bakar Hassan / Rodolfo Ghirlando / Vanivilasini Balachandran / Ting-Hua Chen / Kylie J Walters / Celia A Schiffer / Matthias Wolf / Yasumasa Iwatani / Hiroshi Matsuo /
要旨: The APOBEC3 family of cytidine deaminases restricts retroviruses like HIV-1 by mutating viral DNA. HIV-1 evades this restriction by producing Vif, which recruits the Cullin-5 (CUL5) E3 ubiquitin ...The APOBEC3 family of cytidine deaminases restricts retroviruses like HIV-1 by mutating viral DNA. HIV-1 evades this restriction by producing Vif, which recruits the Cullin-5 (CUL5) E3 ubiquitin ligase complex to promote APOBEC3 degradation. Here we resolve key aspects of this counter-defense mechanism by determining a 3.6 Å cryo-EM structure of chimpanzee APOBEC3H (cpzA3H) in complex with HIV-1 Vif and three components of the CUL5 E3 ligase-CBFβ, EloB, and EloC (VCBC). The structure captures cpzA3H as an RNA-mediated dimer within the cpzA3H-VCBC complex, allowing us to examine the role of dimerization. We find that ubiquitination occurs specifically at two lysine residues on the Vif-proximal protomer, while the distal protomer remains unmodified. The structural model of the active cpzA3H-Vif-CUL5 E3 ligase holoenzyme reveals spatial preferences for ubiquitin transfer to the targeted lysine residues. These findings enhance our understanding of A3H degradation and suggest new antiviral strategies targeting this host-virus interface.
履歴
登録2024年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single-stranded DNA cytosine deaminase
B: single-stranded DNA cytosine deaminase
D: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
E: single-stranded DNA cytosine deaminase
H: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
G: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
n: Elongin-C
m: Elongin-B
p: Virion infectivity factor
o: Core-binding factor subunit beta
t: Virion infectivity factor
s: Core-binding factor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,50317
ポリマ－182,24113
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 9分子 ABEnmptos

#1: タンパク質 single-stranded DNA cytosine deaminase


分子量: 21768.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pan troglodytes (チンパンジー) / 遺伝子: APOBEC3H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B7T0U6, single-stranded DNA cytosine deaminase
#4: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#5: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11488.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#6: タンパク質 Virion infectivity factor / Vif / SOR protein


分子量: 20982.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vif / Variant: NL4-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12504
#7: タンパク質 Core-binding factor subunit beta / CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 ...CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 enhancer factor 1 subunit beta / SL3/AKV core-binding factor beta subunit


分子量: 20272.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBFB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13951

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RNA鎖 , 2種, 4分子 DHCG

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 3159.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2887.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 1種, 4分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of APOBEC3H and Vif of HIV-1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Pan troglodytes (チンパンジー)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMTCEP1
40.25 %glycerol1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 44142

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU4画像取得
7UCSF Chimera1.6モデルフィッティング
9PHENIX1.21-5207モデル精密化
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215818 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 135 / プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
14N9Z

4n9z

m4N9Zm1
24N9Z

4n9z

n4N9Zn1
34N9Z

4n9z

o4N9Zo1
44N9Z

4n9z

p4N9Zp1
55Z98

5z98

A5Z98A2
65Z98

5z98

B5Z98B2
75Z98

5z98

C5Z98C2
85Z98

5z98

D5Z98D2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00111252
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.40415312
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.5914444
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361631
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0141857

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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