[日本語] English
万見
- PDB-9e7o: Pfs230 D13D14 in complex with nanobody W2810 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e7o
タイトルPfs230 D13D14 in complex with nanobody W2810
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • Nanobody W2810
キーワードPROTEIN BINDING / 6-cysteine protein / Plasmodium falciparum / malaria transmission / nanobody
機能・相同性: / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Tan, L.L. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2001385 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2016908 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of endogenous Pfs230 and Pfs48/45 fertilization complex.
著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya ...著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya Gupta / Mohd Kamil / Ashley M Vaughan / Rattanaporn Rojrung / Anju Abraham / Ramin Mazhari / Rhea J Longley / Kathleen Zeglinski / Quentin Gouil / Ivo Mueller / Stewart A Fabb / Rekha Shandre-Mugan / Colin W Pouton / Alisa Glukhova / Shabih Shakeel / Wai-Hong Tham /
要旨: Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 are critical for male ...Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 are critical for male fertility and transmission of the malaria parasite. They form a core fertilization complex, but it is unknown how they interact. We determined a cryo-electron microscopy structure of endogenous Pfs230-Pfs48/45 complex showing that Pfs48/45 interacts with Pfs230 domains 13 and 14. Transgenic parasite lines with these domains removed were defective in Pfs230 gamete localization and showed reduced oocyst formation. Nanobodies against domains 13 and 14 inhibited Pfs230-Pfs48/45 complex formation, reduced transmission and structural analyses revealed their epitopes. These Pfs230 domains were targets of naturally acquired immunity and immune sera from mRNA-lipid nanoparticle immunizations blocked parasite transmission.
履歴
登録2024年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nanobody W2810
B: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1589
ポリマ－47,0432
非ポリマー1,1157
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.494, 62.824, 56.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Nanobody W2810


分子量: 13666.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 33375.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P68874

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 132分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4 M sodium malonate dibasic monohydrate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953647 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953647 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→39.92 Å / Num. obs: 35422 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 43.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.93-2.050.64256080.7041.3641
2.05-2.190.34253950.8310.8681
2.19-2.360.22749660.9230.5211
2.36-2.590.16146210.9680.3331
2.59-2.890.09641680.9870.1831
2.89-3.330.05336930.9970.0921
3.33-4.080.0331230.9990.0521
4.08-5.750.01924580.9990.0371

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→39.92 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1767 4.99 %
Rwork0.2138 --
obs0.2158 35377 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 72 128 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0284475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0081208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.40361340.35282567X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.040.34061320.29282543X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.110.33081370.27192589X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.34161360.2672592X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.270.31351350.25292561X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.370.31831350.23832565X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.50.28091360.24422582X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.650.32511350.24152571X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.860.31841360.23992582X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.150.29581370.23382605X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.60.2381360.21032581X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.20391370.18312605X-RAY DIFFRACTION100
4.54-39.920.20391410.17852667X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る