+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9e7n | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pfs230 D13D14 in complex with nanobody W2809 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / 6-cysteine protein / Plasmodium falciparum / malaria transmission / nanobody | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tan, L.L. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of endogenous Pfs230 and Pfs48/45 fertilization complex. 著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya ...著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya Gupta / Mohd Kamil / Ashley M Vaughan / Rattanaporn Rojrung / Anju Abraham / Ramin Mazhari / Rhea J Longley / Kathleen Zeglinski / Quentin Gouil / Ivo Mueller / Stewart A Fabb / Rekha Shandre-Mugan / Colin W Pouton / Alisa Glukhova / Shabih Shakeel / Wai-Hong Tham / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 are critical for male ...Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 are critical for male fertility and transmission of the malaria parasite. They form a core fertilization complex, but it is unknown how they interact. We determined a cryo-electron microscopy structure of endogenous Pfs230-Pfs48/45 complex showing that Pfs48/45 interacts with Pfs230 domains 13 and 14. Transgenic parasite lines with these domains removed were defective in Pfs230 gamete localization and showed reduced oocyst formation. Nanobodies against domains 13 and 14 inhibited Pfs230-Pfs48/45 complex formation, reduced transmission and structural analyses revealed their epitopes. These Pfs230 domains were targets of naturally acquired immunity and immune sera from mRNA-lipid nanoparticle immunizations blocked parasite transmission. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 BACD
#1: タンパク質 | 分子量: 33375.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P68874 #2: 抗体 | 分子量: 14682.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-糖 , 3種, 7分子 
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
---|---|---|---|
#4: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 65分子 




#5: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|---|
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 12% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 4% (v/v) glycerol 0.2 M sodium acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.953732 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→47.17 Å / Num. obs: 39958 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 68.299 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 16.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→47.17 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|