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- PDB-9e7m: In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e7m
タイトルIn situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex
要素
  • (Tail tip assembly protein ...) x 2
  • (Tail tip protein ...) x 2
  • Tail fiber protein
  • Tail tube protein
  • Tape measure protein
  • Tip attachment protein J
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage / tail tip complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail, fiber / virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell ...virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail, fiber / virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lambda-like tail fibre protein, N-terminal / Prophage tail fibre N-terminal / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-1 / Phage tail fibre repeat / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-2 / Phage tail fibre repeat / Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein ...Lambda-like tail fibre protein, N-terminal / Prophage tail fibre N-terminal / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-1 / Phage tail fibre repeat / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-2 / Phage tail fibre repeat / Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein / Lambda phage tail tape-measure protein (Tape_meas_lam_C) / Bacteriophage lambda, Tail tip protein L / Bacteriophage lambda, Tail tip protein M / Bacteriophage lambda tail assembly I / Phage minor tail protein L / Phage minor tail protein / Bacteriophage lambda tail assembly protein I / Phage tail collar domain superfamily / Phage tail collar domain / : / Phage Tail Collar Domain / Domain of unknown function DUF3672 / : / Tip attachment protein J, C-terminal receptor binding domain / Tip attachment protein J, Ig-like domain / Tip attachment protein J second Ig-like domain / : / : / Tip attachment protein J,FNIII-A domain / Domain of unknown function DUF1983 / Bacteriophage tail tip fiber protein / Lambda phage tail tube protein / Lambda phage tail tube protein, TTP / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Beta-grasp domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Tail tip assembly protein I / Tail tube protein / Tape measure protein / Tail tip protein M / Tail tip protein L / Tip attachment protein J / Tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Yu, H. / Liu, J. / Molineux, I.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124378 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)110243 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of bacteriophage Ur-lambda infection initiation.
著者: Huaxin Yu / Chunyan Wang / Jian Yue / Wangbiao Guo / Ian J Molineux / Jun Liu /
要旨: Bacteriophages must recognize host receptors and penetrate the host cell envelope to initiate infection. How the classic phage λ initiates infection is not yet understood. Here, we combine cryo- ...Bacteriophages must recognize host receptors and penetrate the host cell envelope to initiate infection. How the classic phage λ initiates infection is not yet understood. Here, we combine cryo-electron microscopy and tomography to visualize infection initiation by Ur-λ, the original λ isolate that uses side fibers to adsorb rapidly to . We determine the structure of Ur-λ, resolving the full-length central and side fibers, thus providing a structural basis for host recognition. We show that Ur-λ contains six copies of its tape measure protein. We capture intermediates of the tail tip complex during infection initiation, revealing how extensive conformational changes enable adsorption, and visualize the trans-envelope channel required for genome ejection.
履歴
登録2024年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ha: Tape measure protein
Ia: Tail tip assembly protein I
Hb: Tape measure protein
Ib: Tail tip assembly protein I
Hc: Tape measure protein
Ic: Tail tip assembly protein I
Ja: Tip attachment protein J
Jb: Tip attachment protein J
Jc: Tip attachment protein J
Lc: Tail tip protein L
Lb: Tail tip protein L
La: Tail tip protein L
Ta: Tail fiber protein
Tb: Tail fiber protein
Tc: Tail fiber protein
Td: Tail fiber protein
Te: Tail fiber protein
Tf: Tail fiber protein
Tg: Tail fiber protein
Tl: Tail fiber protein
Th: Tail fiber protein
Ti: Tail fiber protein
Tj: Tail fiber protein
Tk: Tail fiber protein
Ma: Tail tip protein M
Mb: Tail tip protein M
Mc: Tail tip protein M
Md: Tail tip protein M
Me: Tail tip protein M
Mf: Tail tip protein M
Va: Tail tube protein
Vb: Tail tube protein
Vc: Tail tube protein
Vd: Tail tube protein
Ve: Tail tube protein
Vf: Tail tube protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)689,33639
ポリマ－688,28136
非ポリマー1,0553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Tail tip assembly protein ... , 2種, 3分子 IaIbIc

#2: タンパク質 Tail tip assembly protein I


分子量: 9322.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: I, lambdap20 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03730
#3: タンパク質 Tail tip assembly protein I


分子量: 9308.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: I, lambdap20 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03730

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タンパク質 , 3種, 21分子 JaJbJcTaTbTcTdTeTfTgTlThTiTjTkVaVbVcVdVeVf

#4: タンパク質 Tip attachment protein J / Central tail fiber / Host specificity protein J


分子量: 92362.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: J, lambdap21 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03749
#6: タンパク質
Tail fiber protein / stf / Gene product 27 / gp27


分子量: 10092.285 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: stf, lambdap27 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03764
#8: タンパク質
Tail tube protein / TTP / Gene product V / gpV / Major tail protein V


分子量: 16540.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: V, lambdap13 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03733

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Tail tip protein ... , 2種, 9分子 LcLbLaMaMbMcMdMeMf

#5: タンパク質 Tail tip protein L


分子量: 25730.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: L, lambdap18 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03738
#7: タンパク質
Tail tip protein M


分子量: 12547.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: M, lambdap17 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03737

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 6分子 HaHbHc

#1: タンパク質・ペプチド Tape measure protein / TMP / Gene product H / gpH / Minor tail protein H


分子量: 3471.985 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
遺伝子: H, lambdap16 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03736
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage Ur-lambda / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage Ur-lambda (λファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5190 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6517 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 94.58 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003549272
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.659867023
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04437493
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00448744
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.84466811

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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