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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9.0E+71 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Translation / Hibernation / RNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
![]() | Nissley, A.J. / Cate, J.H.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of an Archaeal Ribosome with a Divergent Active Site 著者: Nissley, A.J. / Shulgina, Y. / Kivimae, R.W. / Downing, B.E. / Penev, P.I. / Banfield, J.F. / Nayak, D.D. / Cate, J.H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 262.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 488.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 47628MC ![]() 9e6qC ![]() 9e7fC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 214
#1: RNA鎖 | 分子量: 41803.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 126248349 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 984007.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 487519.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 343200235 |
+Large ribosomal subunit protein ... , 31種, 32分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAfAgAi
-タンパク質 , 8種, 8分子 AMAeAhAjAkBZBbBc
#15: タンパク質 | 分子量: 22623.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MWR6 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 7954.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MTT1 |
#36: タンパク質 | 分子量: 10603.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 20956.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MTM7 |
#39: タンパク質 | 分子量: 10938.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MWU0 |
#65: タンパク質 | 分子量: 8575.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 7856.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#68: タンパク質 | 分子量: 6956.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MY11 |
+Small ribosomal subunit protein ... , 23種, 23分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBY
-SSU ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BWBXBa
#62: タンパク質 | 分子量: 12477.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MV37 |
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#63: タンパク質 | 分子量: 11571.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MV49 |
#66: タンパク質 | 分子量: 6113.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MSW3 |
-非ポリマー , 4種, 8139分子 






#69: 化合物 | ChemComp-SPM / #70: 化合物 | ChemComp-MG / #71: 化合物 | ChemComp-ZN / #72: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2360632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129829 / 詳細: Global resolution / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |