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- PDB-9e71: Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9.0E+71
タイトルCryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 31
  • (SSU ribosomal protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 23
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 50S ribosomal protein L15e
  • 5S rRNA
  • DJ-1/PfpI domain-containing protein
  • LSU ribosomal protein L38E
  • PaREP1 domain containing protein
  • Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
  • aS35
  • eL42
  • eS28
キーワードRIBOSOME / Translation / Hibernation / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / Class I glutamine amidotransferase-like / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS17 ...SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / SSU ribosomal protein S30E / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / DJ-1/PfpI domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL13 / LSU ribosomal protein L38E / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL15 / SSU ribosomal protein S25E / SSU ribosomal protein S26E / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L15e / PaREP1 domain containing protein / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Nissley, A.J. / Cate, J.H.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002182 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of an archaeal ribosome reveals a divergent active site and hibernation factor.
著者: Amos J Nissley / Yekaterina Shulgina / Roan W Kivimae / Blake E Downing / Petar I Penev / Jillian F Banfield / Dipti D Nayak / Jamie H D Cate /
要旨: Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be ...Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be nearly universally conserved. Here we identify clades of archaea that have highly divergent ribosomal RNA sequences in the PTC. To understand how these PTC sequences fold, we determined cryo-EM structures of the 70S and 50S ribosomes to 2.4 Å and 2 Å, respectively, from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis. PTC sequence variation leads to the rearrangement of key base triples, and differences between archaeal and bacterial ribosomal proteins enable sequence variation in archaeal PTCs. Finally, we identify an archaeal ribosome hibernation factor, Dri, that differs from known bacterial and eukaryotic hibernation factors and is found in multiple archaeal phyla. Overall, this work identifies factors that regulate ribosome function in archaea and reveals a larger diversity of the most ancient sequences in the ribosome.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 5S rRNA
1: 23S rRNA
4: 16S rRNA
AA: Large ribosomal subunit protein uL2
AB: Large ribosomal subunit protein uL3
AC: Large ribosomal subunit protein uL4
AD: Large ribosomal subunit protein uL5
AE: Large ribosomal subunit protein uL6
AF: Large ribosomal subunit protein eL8
AG: Large ribosomal subunit protein uL13
AH: Large ribosomal subunit protein eL13
AI: Large ribosomal subunit protein uL14
AJ: Large ribosomal subunit protein eL14
AK: Large ribosomal subunit protein eL14
AL: Large ribosomal subunit protein uL15
AM: 50S ribosomal protein L15e
AN: Large ribosomal subunit protein uL16
AO: Large ribosomal subunit protein uL18
AP: Large ribosomal subunit protein eL18
AQ: Large ribosomal subunit protein eL19
AR: Large ribosomal subunit protein eL20
AS: Large ribosomal subunit protein eL21
AT: Large ribosomal subunit protein uL22
AU: Large ribosomal subunit protein uL23
AV: Large ribosomal subunit protein uL24
AW: Large ribosomal subunit protein eL24
AX: Large ribosomal subunit protein uL29
AY: Large ribosomal subunit protein uL30
AZ: Large ribosomal subunit protein eL30
Aa: Large ribosomal subunit protein eL31
Ab: Large ribosomal subunit protein eL32
Ac: Large ribosomal subunit protein eL34
Ad: Large ribosomal subunit protein eL37
Ae: LSU ribosomal protein L38E
Af: Large ribosomal subunit protein eL39
Ag: Large ribosomal subunit protein eL40
Ah: eL42
Ai: Large ribosomal subunit protein eL43
Aj: DJ-1/PfpI domain-containing protein
Ak: PaREP1 domain containing protein
BA: Small ribosomal subunit protein eS1
BB: Small ribosomal subunit protein uS2
BC: Small ribosomal subunit protein uS3
BD: Small ribosomal subunit protein uS4
BE: Small ribosomal subunit protein eS4
BF: Small ribosomal subunit protein uS5
BG: Small ribosomal subunit protein eS6
BH: Small ribosomal subunit protein uS7
BI: Small ribosomal subunit protein uS8
BJ: Small ribosomal subunit protein eS8
BK: Small ribosomal subunit protein uS9
BL: Small ribosomal subunit protein uS10
BM: Small ribosomal subunit protein uS11
BN: Small ribosomal subunit protein uS12
BO: Small ribosomal subunit protein uS13
BP: Small ribosomal subunit protein uS14
BQ: Small ribosomal subunit protein uS15
BR: Small ribosomal subunit protein uS17
BS: Small ribosomal subunit protein eS17
BT: Small ribosomal subunit protein uS19
BU: Small ribosomal subunit protein eS19
BV: Small ribosomal subunit protein eS24
BW: SSU ribosomal protein S25E
BX: SSU ribosomal protein S26E
BY: Small ribosomal subunit protein eS27
BZ: eS28
Ba: SSU ribosomal protein S30E
Bb: aS35
Bc: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,559,271396
ポリマ－2,539,47769
非ポリマー19,794327
水140,7337812
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 214

#1: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 41803.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: GenBank: 126248349
#2: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 984007.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#3: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 487519.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: GenBank: 343200235

+
Large ribosomal subunit protein ... , 31種, 32分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAfAgAi

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 26240.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS41
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 37240.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI4
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 31602.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI5
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20156.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXP8
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWV5
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 16013.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTA9
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 21736.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ7
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 17939.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTP8
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 15768.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX34
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14 / 50S ribosomal protein L14e


分子量: 11470.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS76
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 17525.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUZ1
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L10e


分子量: 19893.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXP3
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 23424.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ3
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 13224.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ6
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 17414.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ4
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 8929.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX77
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21 / 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11319.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWX9
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 21309.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTL6
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 9307.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI6
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 14588.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWZ8
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24 / 50S ribosomal protein L24e


分子量: 7102.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTA8
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 9158.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTL2
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 20287.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MU87
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10886.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ2
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31 / 50S ribosomal protein L31e


分子量: 10668.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX75
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 18172.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ5
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 50S ribosomal protein L34e


分子量: 9373.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MV68
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 6174.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MY38
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6030.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUU4
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 50S ribosomal protein L40e


分子量: 6356.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX99
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 11387.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUM7

-
タンパク質 , 8種, 8分子 AMAeAhAjAkBZBbBc

#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22623.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWR6
#33: タンパク質 LSU ribosomal protein L38E


分子量: 7954.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTT1
#36: タンパク質 eL42


分子量: 10603.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#38: タンパク質 DJ-1/PfpI domain-containing protein


分子量: 20956.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTM7
#39: タンパク質 PaREP1 domain containing protein


分子量: 10938.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWU0
#65: タンパク質 eS28


分子量: 8575.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#67: タンパク質 aS35


分子量: 7856.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#68: タンパク質 Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein


分子量: 6956.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MY11

+
Small ribosomal subunit protein ... , 23種, 23分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBY

#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 24740.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MVE0
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 23829.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS50
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 24688.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTL3
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 18516.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUS9
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4 / 30S ribosomal protein S4e


分子量: 26774.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWZ7
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 22153.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MU88
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 30S ribosomal protein S6e


分子量: 16248.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUD0
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 25515.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS29
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14836.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ6
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14446.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWY2
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16146.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ8
#51: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 12221.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MT22
#52: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14984.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX63
#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16477.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ4
#54: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 16758.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUT0
#55: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6429.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ7
#56: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 17587.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MVD1
#57: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 16986.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTT7
#58: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 30S ribosomal protein S17e


分子量: 8082.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS42
#59: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 18182.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTT6
#60: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 17770.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUU6
#61: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 14855.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSX4
#64: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 30S ribosomal protein S27e


分子量: 7446.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUV2

-
SSU ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BWBXBa

#62: タンパク質 SSU ribosomal protein S25E


分子量: 12477.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MV37
#63: タンパク質 SSU ribosomal protein S26E


分子量: 11571.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MV49
#66: タンパク質 SSU ribosomal protein S30E


分子量: 6113.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSW3

-
非ポリマー , 4種, 8139分子

#69: 化合物...
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#70: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#71: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#72: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
170S ribosomeRIBOSOME#1-#680NATURAL
250S SubunitCOMPLEX#1-#2, #4-#391NATURAL
330S subunitCOMPLEX#3, #40-#681NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
31
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)410359
32Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)410359
43Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)410359
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
210 mMPotassium ChlorideKCl1
320 mMMagnesium AcetateMg(CH3COO)21
43 mMSpermineC10H26N41
52 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.4CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2360632
3次元再構成解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129829 / 詳細: Global resolution / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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