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- PDB-9dyx: racemic mixture of peptide VVGGVV forms rippled sheets -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dyx
タイトルracemic mixture of peptide VVGGVV forms rippled sheets
要素VVGGVV-amidated racemic mixture
キーワードPROTEIN FIBRIL / rippled beta sheet / racemic mixture
機能・相同性pentafluoropropanoic acid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG070895 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG048120 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG074954 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Formation of rippled beta-sheets from mixed chirality linear and cyclic peptides-new structural motifs based on the pauling-corey rippled beta-sheet.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Lee, H. / Sajimon, M. / Kim, H. / Goddard Iii, W.A. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: VVGGVV-amidated racemic mixture
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6912
ポリマ－5271
非ポリマー1641
水00
1
A: VVGGVV-amidated racemic mixture
ヘテロ分子

A: VVGGVV-amidated racemic mixture
ヘテロ分子

A: VVGGVV-amidated racemic mixture
ヘテロ分子

A: VVGGVV-amidated racemic mixture
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7638
ポリマ－2,1074
非ポリマー6564
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)12.290, 12.460, 11.780
Angle α, β, γ (deg.)76.000, 89.290, 88.490
Int Tables number2
Space group name H-MP-1
Space group name Hall-P1
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,-y,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VVGGVV-amidated racemic mixture


分子量: 526.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-YWK / pentafluoropropanoic acid / ペンタフルオロプロピオン酸


分子量: 164.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3HF5O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: hexafluoroisopropanol and water / PH範囲: 3-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→12.29 Å / Num. obs: 2331 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 46.91 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 3.82
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.1-1.130.4271020.7640.6041
1.13-1.160.1611170.9890.2281
1.16-1.190.2921620.9270.4131
1.19-1.230.221650.9440.3111
1.23-1.270.2051500.9550.2891
1.27-1.320.1821580.9590.2571
1.32-1.370.1811640.9560.2551
1.37-1.420.1331380.9810.1871
1.42-1.490.161430.9450.2261
1.49-1.560.0881430.9920.1241
1.56-1.640.1421190.9590.2011
1.64-1.740.0741350.980.1051
1.74-1.860.0941020.9770.1331
1.86-2.010.0711020.9920.11
2.01-2.20.0991020.9530.141
2.2-2.460.0951080.9560.1351
2.46-2.840.095690.9820.1341
2.84-3.480.099690.90.141
3.48-4.930.066530.9930.0931
4.93-12.290.033300.9980.0471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALE20230630データスケーリング
XDS20230630データ削減
SHELXD2013/2位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→12.29 Å / SU ML: 0.0639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4667
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1775 232 9.99 %
Rwork0.1789 2090 -
obs0.1788 2322 84.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→12.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29 0 18 0 47
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.933661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.03519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.390.26831060.2731958X-RAY DIFFRACTION77.33
1.39-12.290.15951260.15921132X-RAY DIFFRACTION91.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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