PDB-9dyw: racemic mixture of peptide VVGGVV forms rippled sheets

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dyw

タイトル

racemic mixture of peptide VVGGVV forms rippled sheets

要素

VVGGVV

キーワード

PROTEIN FIBRIL / rippled sheet / racemic mixture

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG070895	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG048120	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG074954	米国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Formation of rippled beta-sheets from mixed chirality linear and cyclic peptides-new structural motifs based on the pauling-corey rippled beta-sheet.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Lee, H. / Sajimon, M. / Kim, H. / Goddard Iii, W.A. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dyw.cif.gz	16.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dyw.ent.gz	10.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dyw_validation.pdf.gz	365.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dyw_full_validation.pdf.gz	365.5 KB	表示
XML形式データ	9dyw_validation.xml.gz	2.4 KB	表示
CIF形式データ	9dyw_validation.cif.gz	2.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dyxC 9dyyC 9dyzC 9dz0C 9dz1C 9n31C 9n35C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VVGGVV

B: VVGGVV

1.06 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VVGGVV

登録者が定義した集合体
2.11 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VVGGVV

登録者が定義した集合体
2.11 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.950, 15.490, 9.520
Angle α, β, γ (deg.)	88.665, 92.764, 103.947
Int Tables number	2
Space group name H-M	P-1

#1: タンパク質・ペプチド	VVGGVV 分子量: 528.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.72 % / 解説: needle
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 3 / 詳細: 20% hexafluoroisopropanol in water

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→15.03 Å / Num. obs: 4615 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 3.96

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.1-1.13	0.28	211	0.853	0.362	1
1.13-1.16	0.262	303	0.927	0.332	1
1.16-1.19	0.228	300	0.961	0.286	1
1.19-1.23	0.256	312	0.906	0.318	1
1.23-1.27	0.23	308	0.926	0.288	1
1.27-1.32	0.243	304	0.877	0.3	1
1.32-1.36	0.236	307	0.916	0.29	1
1.36-1.42	0.22	275	0.92	0.271	1
1.42-1.48	0.197	276	0.936	0.245	1
1.48-1.56	0.202	269	0.945	0.248	1
1.56-1.64	0.211	257	0.894	0.259	1
1.64-1.74	0.171	231	0.965	0.212	1
1.74-1.86	0.172	233	0.958	0.21	1
1.86-2.01	0.161	209	0.949	0.197	1
2.01-2.2	0.16	196	0.963	0.194	1
2.2-2.46	0.143	171	0.955	0.173	1
2.46-2.84	0.137	153	0.98	0.173	1
2.84-3.48	0.144	137	0.977	0.173	1
3.48-4.92	0.116	110	0.986	0.144	1
4.92-15.03	0.112	53	0.992	0.14	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE	20230630	データスケーリング
XDS	20230630	データ削減
SHELXD	2013/2	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→15.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.632 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1672	462	10.011 %
R_work	0.1508	4153	-
all	0.152	-	-
obs	-	4615	89.438 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.533 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	-0.111 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.524 Å²	0.157 Å²
3-	-	-	-0.533 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→15.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	74	0	0	10	84

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	77
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	96
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.958	1.611	107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.364	1.628	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.558	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	93
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.072	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.141	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.134	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.062	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.096	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.492	0.588	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.497	0.586	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.654	0.891	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.648	0.892	58
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.618	0.689	29
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.615	0.693	29
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.806	1.009	49
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.806	1.011	49
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.236	8.729	78
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.24	8.637	77
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.336	3	173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.229	0.174	112	0.201	1002	X-RAY DIFFRACTION	76.4585
1.229-1.418	0.201	120	0.178	1080	X-RAY DIFFRACTION	92.6641
1.418-1.733	0.162	101	0.138	915	X-RAY DIFFRACTION	94.4238
1.733-2.434	0.157	82	0.127	740	X-RAY DIFFRACTION	95.8042
2.434-15.03	0.158	47	0.147	416	X-RAY DIFFRACTION	97.8858

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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