PDB-9dz0: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG, a cyclic peptide with mixed chirality

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dz0

タイトル

FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG, a cyclic peptide with mixed chirality

要素

FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

キーワード

PROTEIN FIBRIL / peptide with mixed chirality

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG070895	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG048120	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG074954	米国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Formation of rippled beta-sheets from mixed chirality linear and cyclic peptides-new structural motifs based on the pauling-corey rippled beta-sheet.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Lee, H. / Sajimon, M. / Kim, H. / Goddard Iii, W.A. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dz0.cif.gz	18.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dz0.ent.gz	10.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dz0_validation.pdf.gz	383.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dz0_full_validation.pdf.gz	383.1 KB	表示
XML形式データ	9dz0_validation.xml.gz	2.8 KB	表示
CIF形式データ	9dz0_validation.cif.gz	3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dywC 9dyxC 9dyyC 9dyzC 9dz1C 9n31C 9n35C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

1.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

A: FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.86 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_545	x,y-1,z	1
crystal symmetry operation	1_565	x,y+1,z	1
crystal symmetry operation	1_535	x,y-2,z	1
crystal symmetry operation	1_575	x,y+2,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	14.130, 29.320, 9.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	FKFGG(DPN)(DGL)(DPN)GG 分子量: 1093.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: DMS is a solvent molecule. It is not covalently linked to the peptide. 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: dimethylsulfoxide and water / PH範囲: 3-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→14.66 Å / Num. obs: 2926 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.1-1.13	0.35	156	0.972	0.379	1
1.13-1.16	0.323	208	0.983	0.347	1
1.16-1.19	0.314	206	0.983	0.334	1
1.19-1.23	0.328	183	0.981	0.347	1
1.23-1.27	0.321	193	0.981	0.339	1
1.27-1.31	0.318	190	0.985	0.337	1
1.31-1.36	0.234	195	0.996	0.247	1
1.36-1.42	0.204	162	0.996	0.216	1
1.42-1.48	0.215	168	0.986	0.226	1
1.48-1.56	0.19	175	0.984	0.2	1
1.56-1.64	0.149	157	0.994	0.158	1
1.64-1.74	0.132	146	0.997	0.14	1
1.74-1.86	0.125	139	0.992	0.133	1
1.86-2.01	0.105	130	0.996	0.111	1
2.01-2.2	0.107	120	0.992	0.114	1
2.2-2.46	0.098	112	0.997	0.103	1
2.46-2.84	0.092	95	0.998	0.097	1
2.84-3.48	0.089	87	0.994	0.095	1
3.48-4.92	0.072	70	0.995	0.076	1
4.92-14.66	0.062	34	0.999	0.065	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE	20230630	データスケーリング
XDS	20230630	データ削減
SHELXD	2013/2	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→14.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.03
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1356	293	10.014 %
R_work	0.1292	2633	-
all	0.13	-	-
obs	-	2926	94.448 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.145 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.063 Å²	0 Å²	0.294 Å²
2-	-	0.956 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.038 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→14.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	78	0	4	13	95

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	85
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.18	0.018	73
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.998	1.694	110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	6.519	1.694	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.795	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.653	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	6.74	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.241	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.227	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.278	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.501	0.576	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.495	0.574	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.688	0.875	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.683	0.875	50
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.73	1.115	45
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.743	1.178	46
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.347	1.523	60
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.352	1.592	61
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.873	9.425	90
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.518	9.189	89
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.604	3	158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.229	0.15	75	0.149	675	0.149	868	0.956	0.96	86.4055	0.134
1.229-1.417	0.145	74	0.152	666	0.151	770	0.963	0.963	96.1039	0.143
1.417-1.732	0.167	63	0.129	571	0.132	650	0.962	0.974	97.5385	0.129
1.732-2.433	0.112	51	0.117	457	0.116	515	0.987	0.985	98.6408	0.134
2.433-14.66	0.129	30	0.121	264	0.122	295	0.979	0.986	99.661	0.153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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