+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9dna | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AN A-DNA FRAGMENT AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION. D(GCCCGGGC) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Heinemann, U. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987 | タイトル: Crystal structure analysis of an A-DNA fragment at 1.8 A resolution: d(GCCCGGGC). 著者: Heinemann, U. / Lauble, H. / Frank, R. / Blocker, H. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9dna.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb9dna.ent.gz | 7.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9dna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9dna_validation.pdf.gz | 351.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 9dna_full_validation.pdf.gz | 356.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9dna_validation.xml.gz | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9dna_validation.cif.gz | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dna | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: THE DEOXYRIBOSE PORTION OF RESIDUE C A 8 ADOPTS A SUGAR PUCKER IN THE C3(PRIME) -EXO DOMAIN. THIS IS UNUSUAL FOR THE A-DNA CONFORMATION. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE DEOXYRIBOSE PORTION OF RESIDUE C A 8 ADOPTS A SUGAR PUCKER IN THE C3(PRIME) -EXO DOMAIN. THIS ...THE DEOXYRIBOS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: microdialysis / 詳細: MICRODIALYSIS / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
---|---|
放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: STOE / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 2599 / Num. obs: 1553 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Num. measured all: 2599 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 3 /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 1359 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|