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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dmf
タイトルCrystal structure of LJF-0085 Fab, a non-human primate antibody targets HIV-1 envelope protein
要素
  • LJF-0085 Fab heavy chain
  • LJF-0085 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 Envelope antibody / HIV CD4 binding site antibody / Non-Human Primate antibody
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Lin, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI157299 米国
引用ジャーナル: Immunity / : 2025
タイトル: Vaccination of nonhuman primates elicits a broadly neutralizing antibody lineage targeting a quaternary epitope on the HIV-1 Env trimer.
著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave ...著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave / Marco Mandolesi / Jocelyn Cluff / Esmeralda D Doyle / Leigh M Sewall / Wen-Hsin Lee / Shiyu Zhang / Sijy O'Dell / Brandon S Healy / Deuk Lim / Vanessa R Lewis / Elana Ben-Akiva / Darrell J Irvine / Nicole A Doria-Rose / Martin Corcoran / Diane Carnathan / Guido Silvestri / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Gunilla B Karlsson Hedestam / Richard T Wyatt /
要旨: The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with ...The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with a series of near-native trimers that possessed N-glycan deletions proximal to the conserved CD4 binding site (CD4bs) to focus B cells to this region. Following heterologous boosting with fully glycosylated trimers, we detected tier 2 cross-neutralizing activity in the serum of several animals. Isolation of 185 matched heavy- and light-chain sequences from Env-binding memory B cells from an early responder identified a broadly neutralizing antibody lineage, LJF-0034, which neutralized nearly 70% of an 84-member HIV-1 global panel. High-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures revealed a bifurcated binding mode that bridged the CD4bs to V3 across the gp120:120 interface on two adjacent protomers, evading the proximal N276 glycan impediment to the CD4bs, allowing neutralization breadth. This quaternary epitope defines a potential target for future HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2024年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: LJF-0085 Fab heavy chain
L: LJF-0085 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8262
ポリマ-47,8262
非ポリマー00
7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.457, 65.355, 133.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 LJF-0085 Fab heavy chain


分子量: 24276.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LJF-0085 Fab light chain


分子量: 23550.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 20% (v/v) glycerol, and 16% (w/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 78472 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 14.93 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 5458 / CC1/2: 0.92 / Rsym value: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.21rc1-5127精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→50 Å / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 1998 2.55 %
Rwork0.1884 76474 -
obs0.1887 78472 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 0 441 3775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01423422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37134660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1207518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75871228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.520.26741390.22425319X-RAY DIFFRACTION98.68
1.52-1.560.21911410.20935388X-RAY DIFFRACTION99.98
1.56-1.60.24031410.20115395X-RAY DIFFRACTION99.98
1.6-1.660.21291410.19155412X-RAY DIFFRACTION99.96
1.66-1.720.19691410.19295413X-RAY DIFFRACTION99.98
1.72-1.780.19091420.195422X-RAY DIFFRACTION99.98
1.78-1.860.21691410.19815417X-RAY DIFFRACTION99.98
1.86-1.960.22131430.18965443X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.090.21351430.19055445X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.250.22871430.19185472X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.470.19511430.19935481X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.830.1981450.19985522X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.570.18471440.18715559X-RAY DIFFRACTION100
3.57-29.680.17541510.16645786X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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