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- EMDB-46047: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46047
タイトルHIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal Fab (gp120 interface, gp41-FP, gp41-base epitopes)
マップデータmain map
試料
  • 複合体: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal Fab (gp120 interface, gp41-FP, gp41-base epitopes)
キーワードNHP / rhesus macaque / gp120 interface / polyclonal / HIV / NFL / EMPEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Sewall LM / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI157299 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Vaccination of nonhuman primates elicits a broadly neutralizing antibody lineage targeting a quaternary epitope on the HIV-1 Env trimer.
著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave ...著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave / Marco Mandolesi / Jocelyn Cluff / Esmeralda D Doyle / Leigh M Sewall / Wen-Hsin Lee / Shiyu Zhang / Sijy O'Dell / Brandon S Healy / Deuk Lim / Vanessa R Lewis / Elana Ben-Akiva / Darrell J Irvine / Nicole A Doria-Rose / Martin Corcoran / Diane Carnathan / Guido Silvestri / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Gunilla B Karlsson Hedestam / Richard T Wyatt /
要旨: The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with ...The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with a series of near-native trimers that possessed N-glycan deletions proximal to the conserved CD4 binding site (CD4bs) to focus B cells to this region. Following heterologous boosting with fully glycosylated trimers, we detected tier 2 cross-neutralizing activity in the serum of several animals. Isolation of 185 matched heavy- and light-chain sequences from Env-binding memory B cells from an early responder identified a broadly neutralizing antibody lineage, LJF-0034, which neutralized nearly 70% of an 84-member HIV-1 global panel. High-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures revealed a bifurcated binding mode that bridged the CD4bs to V3 across the gp120:120 interface on two adjacent protomers, evading the proximal N276 glycan impediment to the CD4bs, allowing neutralization breadth. This quaternary epitope defines a potential target for future HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2024年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.035922766 - 0.09044231
平均 (標準偏差)0.00008635218 (±0.004495426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_46047_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_46047_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal...

全体名称: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal Fab (gp120 interface, gp41-FP, gp41-base epitopes)
要素
  • 複合体: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal Fab (gp120 interface, gp41-FP, gp41-base epitopes)

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超分子 #1: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal...

超分子名称: HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer in complex with NHP #1 polyclonal Fab (gp120 interface, gp41-FP, gp41-base epitopes)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Tris-buffered saline
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: PARLODION / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: coordinates converted to map using Chimera molmap
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 3088
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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