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- PDB-9dm0: Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/Califo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dm0
タイトルCryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / HA / antibody / anchor epitope / influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fernandez Quintero, M.L. / Ferguson, J.A. / Han, J. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structurally convergent antibodies derived from different vaccine strategies target the influenza virus HA anchor epitope with a subset of V3 and V3 genes.
著者: Ting-Hui Lin / Chang-Chun David Lee / Monica L Fernández-Quintero / James A Ferguson / Julianna Han / Xueyong Zhu / Wenli Yu / Jenna J Guthmiller / Florian Krammer / Patrick C Wilson / ...著者: Ting-Hui Lin / Chang-Chun David Lee / Monica L Fernández-Quintero / James A Ferguson / Julianna Han / Xueyong Zhu / Wenli Yu / Jenna J Guthmiller / Florian Krammer / Patrick C Wilson / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine ...H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Identification and characterization of bnAbs elicited in natural infection and immunization to influenza virus hemagglutinin (HA) can provide insights for development of a universal influenza vaccine. Here, we structurally and biophysically characterize four antibodies that bind to a conserved region on the HA membrane-proximal region known as the anchor epitope. Despite some diversity in their V and V genes, the antibodies interact with the HA through germline-encoded residues in HCDR2 and LCDR3. Somatic mutations on HCDR3 also contribute hydrophobic interactions with the conserved HA epitope. This convergent binding mode provides extensive neutralization breadth against H1N1 viruses and suggests possible countermeasures against H1N1 viruses.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Fab light chain
C: Fab heavy chain
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,31526
ポリマ－212,7248
非ポリマー4,59118
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 AEFBGI

#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35960.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R9RVT8
#4: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 26516.307 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1D5AK66

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抗体 , 2種, 2分子 DC

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 11803.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 13490.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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糖 , 2種, 18分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fabCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2FabCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Hemagglutinin HA1/2COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)641809
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
31Homo sapiens (ヒト)9606ExpiHEK293F
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44.94 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3150

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv4.1.2粒子像選択Template Picker
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARCv4.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90138 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
14m4y

4m4y

4m4yUsed for modelling HA1PDBexperimental model
2Fab initial model was built with Abodybuilder2Otherin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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