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万見
- PDB-9dl6: Structure of proline utilization A complexed with piperidine-3-ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dl6
タイトルStructure of proline utilization A complexed with piperidine-3-carboxylic acid
要素Bifunctional protein PutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE DEHYDROGENASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / : / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase ...Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / (3R)-piperidine-3-carboxylic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Meeks, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132640 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2024
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of a Bifunctional Proline Catabolic Enzyme Reveals New Inhibitor Templates for Proline Dehydrogenase and L-Glutamate-gamma-semialdehyde Dehydrogenase.
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Nix, J.C. / Tanner, J.J.
履歴
登録2024年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,87337
ポリマ－263,9232
非ポリマー5,95035
水43,6322422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area77090 Å2
手法PISA
2
A: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,08221
ポリマ－131,9621
非ポリマー3,12120
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,79016
ポリマ－131,9621
非ポリマー2,82915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.514, 101.828, 126.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 131961.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 11種, 2457分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-A1BDB / (3S)-piperidine-3-carboxylic acid


分子量: 129.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ID7 / (3R)-piperidine-3-carboxylic acid / (R)-nipecotic acid / (R)-ニペコチン酸


分子量: 129.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.15 M ammonium sulfate, and 18% (w/v) PEG 3350. Enzyme was incubated with 20 mM piperidine-3- ...詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.15 M ammonium sulfate, and 18% (w/v) PEG 3350. Enzyme was incubated with 20 mM piperidine-3-carboxylic acid and 5 mM NAD+. Crystal was soaked in cryobuffer containing 73 mM piperidine-3-carboxylic acid and 20% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→48.21 Å / Num. obs: 822821 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / % possible obs: 54.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.538 / Num. measured all: 58042 / Num. unique obs: 12404 / CC1/2: 0.335 / Rpim(I) all: 0.785 / Rrim(I) all: 1.733 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.42→45.85 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 40754 4.95 %
Rwork0.1674 --
obs0.1685 822821 90.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17968 0 387 2422 20777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00619136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88226127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5387137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.440.32117070.326715126X-RAY DIFFRACTION52
1.44-1.450.33768630.318816292X-RAY DIFFRACTION57
1.45-1.470.349510.305917624X-RAY DIFFRACTION61
1.47-1.490.332410310.297919217X-RAY DIFFRACTION67
1.49-1.510.30110880.282320689X-RAY DIFFRACTION72
1.51-1.530.291912020.26822563X-RAY DIFFRACTION78
1.53-1.550.28212870.25824909X-RAY DIFFRACTION87
1.55-1.570.271514400.240827110X-RAY DIFFRACTION94
1.57-1.60.244513510.231827804X-RAY DIFFRACTION96
1.6-1.630.241313700.223728258X-RAY DIFFRACTION98
1.63-1.650.248515330.208828134X-RAY DIFFRACTION98
1.65-1.680.232615520.206528304X-RAY DIFFRACTION98
1.68-1.720.238915030.199628189X-RAY DIFFRACTION98
1.72-1.750.230214880.192328273X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.790.214815220.195528405X-RAY DIFFRACTION98
1.79-1.830.21514300.194228397X-RAY DIFFRACTION99
1.83-1.880.218114930.201728257X-RAY DIFFRACTION99
1.88-1.930.206214460.179228420X-RAY DIFFRACTION99
1.93-1.980.198514370.175328348X-RAY DIFFRACTION98
1.98-2.050.195214440.170828324X-RAY DIFFRACTION98
2.05-2.120.203114070.169626442X-RAY DIFFRACTION92
2.12-2.210.182113880.166828016X-RAY DIFFRACTION97
2.21-2.310.199615410.162128410X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.430.184714970.163128410X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.580.187614290.164628553X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.780.199215060.166328233X-RAY DIFFRACTION98
2.78-3.060.179514520.160828306X-RAY DIFFRACTION98
3.06-3.50.17414380.15427878X-RAY DIFFRACTION97
3.5-4.410.144414260.128226501X-RAY DIFFRACTION92
4.41-45.850.151515320.140228675X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6063-0.03820.19580.1152-0.02410.1443-0.0416-0.09970.01120.04060.0430.0205-0.0237-0.039-0.00090.15950.01920.01680.13270.00750.1297-25.938266.282792.9483
20.2323-0.00620.09220.2503-0.0530.4850.0199-0.0205-0.01690.05290.0111-0.00710.0639-0.0906-0.03080.1286-0.0055-0.00070.1298-0.01540.13445.361131.784891.6955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and peptide
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and peptide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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