PDB-9dl5: Structure of proline utilization A complexed with 5-chloro-1-indanone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dl5

タイトル

Structure of proline utilization A complexed with 5-chloro-1-indanone

要素

Bifunctional protein PutA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE DEHYDROGENASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / : / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2024
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of a Bifunctional Proline Catabolic Enzyme Reveals New Inhibitor Templates for Proline Dehydrogenase and L-Glutamate-gamma-semialdehyde Dehydrogenase.
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Nix, J.C. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2024年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dl5.cif.gz	916.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dl5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/9dl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/9dl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dl2C 9dl3C 9dl4C 9dl6C 9dl7C 9dl8C 9dl9C 9e0aC 9e0bC 9e0cC 9e0dC 9e0eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Bifunctional protein PutA

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

269 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
135 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
135 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.538, 101.077, 125.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional protein PutA 分子量: 131961.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1813分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-A1BDA / 5-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-1-one / 5-chloro-1-indanone 分子量: 166.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇ClO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium sulfate, and 16% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 10 mM 5- ...詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium sulfate, and 16% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 10 mM 5-Chloro-1-indanone (10% DMSO) and 20% PEG 200

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium sulfate, and 16% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 10 mM 5- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.000024 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000024 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48.25 Å / Num. obs: 436068 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.834 / Num. measured all: 41392 / Num. unique obs: 11546 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.511 / R_rim(I) all: 0.98 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5156	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.77→46.62 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	21720	4.98 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1747	436068	94.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→46.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17427	0	342	1772	19541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	24763
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.527	6526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2909
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.3536	692	0.3046	13821	X-RAY DIFFRACTION	94
1.79-1.81	0.3148	704	0.2845	13811	X-RAY DIFFRACTION	94
1.81-1.83	0.2801	765	0.2676	13881	X-RAY DIFFRACTION	94
1.83-1.86	0.2713	812	0.2612	13719	X-RAY DIFFRACTION	94
1.86-1.88	0.2899	721	0.2495	13751	X-RAY DIFFRACTION	94
1.88-1.91	0.2931	727	0.2418	13957	X-RAY DIFFRACTION	94
1.91-1.93	0.2691	763	0.2317	13804	X-RAY DIFFRACTION	95
1.93-1.96	0.2674	710	0.2254	13866	X-RAY DIFFRACTION	94
1.96-1.99	0.2548	800	0.2162	13666	X-RAY DIFFRACTION	94
1.99-2.03	0.2617	730	0.2139	13865	X-RAY DIFFRACTION	94
2.03-2.06	0.2197	700	0.2009	13896	X-RAY DIFFRACTION	94
2.06-2.1	0.2328	716	0.1863	13914	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1-2.14	0.2372	710	0.1859	13867	X-RAY DIFFRACTION	95
2.14-2.18	0.2205	683	0.1766	13974	X-RAY DIFFRACTION	95
2.18-2.23	0.2048	682	0.1766	13747	X-RAY DIFFRACTION	94
2.23-2.28	0.2128	655	0.1694	13483	X-RAY DIFFRACTION	91
2.28-2.34	0.2075	668	0.17	13224	X-RAY DIFFRACTION	90
2.34-2.4	0.2229	755	0.1699	13886	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4-2.47	0.2198	733	0.1683	13912	X-RAY DIFFRACTION	95
2.47-2.55	0.21	756	0.1686	13934	X-RAY DIFFRACTION	95
2.55-2.64	0.1988	693	0.1649	14117	X-RAY DIFFRACTION	95
2.64-2.75	0.2092	734	0.1699	13895	X-RAY DIFFRACTION	95
2.75-2.87	0.2259	760	0.1754	13904	X-RAY DIFFRACTION	95
2.87-3.03	0.208	756	0.1678	13801	X-RAY DIFFRACTION	95
3.03-3.22	0.1943	727	0.1665	13968	X-RAY DIFFRACTION	95
3.22-3.46	0.1813	728	0.1609	13812	X-RAY DIFFRACTION	94
3.46-3.81	0.1841	696	0.1465	13757	X-RAY DIFFRACTION	94
3.81-4.36	0.1536	694	0.1379	13293	X-RAY DIFFRACTION	90
4.36-5.5	0.1744	772	0.147	13796	X-RAY DIFFRACTION	95
5.5-46.62	0.1733	678	0.1602	14027	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4278	-0.0251	0.1499	0.1202	0.0402	0.2574	-0.0161	-0.0123	0.0018	0.0238	0.0238	0.0043	0.0078	0.0164	-0.0086	0.1995	0.0032	0.0165	0.1528	0.0137	0.1856	-25.4501	66.625	92.9808
2	0.2209	-0.0099	0.1297	0.2512	-0.0814	0.4621	0.0219	-0.0438	0.0007	0.0477	0.0197	-0.0152	0.0438	-0.0904	-0.0411	0.1228	-0.0005	-0.0008	0.1552	-0.0126	0.1443	5.994	31.7623	90.9365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and peptide
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and peptide

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 8種, 1813分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 8種, 1813分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 8種, 1813分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)