PDB-9dl4: Structure of proline utilization A complexed with 2-pyridinethiol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dl4

タイトル

Structure of proline utilization A complexed with 2-pyridinethiol

要素

Bifunctional protein PutA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE DEHYDROGENASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / : / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2024
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of a Bifunctional Proline Catabolic Enzyme Reveals New Inhibitor Templates for Proline Dehydrogenase and L-Glutamate-gamma-semialdehyde Dehydrogenase.
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Nix, J.C. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2024年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dl4.cif.gz	916.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dl4.ent.gz	744.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dl4_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dl4_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9dl4_validation.xml.gz	107 KB	表示
CIF形式データ	9dl4_validation.cif.gz	150.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/9dl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/9dl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dl2C 9dl3C 9dl5C 9dl6C 9dl7C 9dl8C 9dl9C 9e0aC 9e0bC 9e0cC 9e0dC 9e0eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Bifunctional protein PutA

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

268 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.155, 102.373, 127.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional protein PutA 分子量: 131961.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 1416分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PYS / 2-PYRIDINETHIOL / 2-ピリジンチオ-ル分子量: 111.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.2 M ammonium sulfate, and 20% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 25 mM 2- ...詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.2 M ammonium sulfate, and 20% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 25 mM 2-pyridinethiol and 20% PEG 200

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M magnesium chloride, 0.2 M ammonium sulfate, and 20% (w/v) PEG 3350. Crystal was soaked in cryobuffer containing 25 mM 2- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2023年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.55 Å / Num. obs: 426838 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 1.17 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.19 / Num. measured all: 79769 / Num. unique obs: 11331 / CC_1/2: 0.628 / R_pim(I) all: 0.483 / R_rim(I) all: 1.286 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→40.77 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	20891	4.89 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1955	426838	93.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17523	0	235	1393	19151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	24778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.59	6568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2913
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3402	682	0.2844	14361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.3128	722	0.2851	14524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.3508	760	0.3031	14246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.4202	774	0.3535	14237	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.91	0.7278	271	0.6891	4669	X-RAY DIFFRACTION	33
1.91-1.94	0.5555	476	0.504	8377	X-RAY DIFFRACTION	58
1.94-1.97	0.3146	746	0.2756	14429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2762	696	0.2505	14377	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2698	861	0.2324	14397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2716	784	0.2204	14366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2537	689	0.2095	14446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2477	720	0.1982	14445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2552	713	0.2092	14405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.3462	589	0.3072	12558	X-RAY DIFFRACTION	87
2.22-2.27	0.5755	413	0.4986	8070	X-RAY DIFFRACTION	56
2.27-2.32	0.2759	718	0.2309	13663	X-RAY DIFFRACTION	95
2.32-2.38	0.2384	677	0.1855	14450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2278	726	0.1873	14532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2299	795	0.1871	14288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2157	733	0.1897	14489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2336	777	0.187	14300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2348	742	0.1894	14369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.223	703	0.1874	14467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2138	761	0.191	14322	X-RAY DIFFRACTION	99
3.08-3.27	0.2132	762	0.1871	14332	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.52	0.1987	716	0.1736	14259	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.88	0.1824	740	0.1652	13659	X-RAY DIFFRACTION	95
3.88-4.44	0.1607	676	0.1382	14198	X-RAY DIFFRACTION	98
4.44-5.59	0.1646	758	0.1449	14344	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-40.77	0.1585	711	0.1526	14368	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9925	-0.0129	0.2831	0.1861	0.0233	0.3104	-0.0263	-0.1127	0.0367	0.065	0.0492	0.0223	-0.0032	-0.041	-0.024	0.2215	0.0119	0.022	0.1522	0.027	0.1588	-25.7839	66.4536	93.8907
2	0.488	-0.0416	0.2439	0.5247	-0.1326	0.6501	0.0468	-0.0264	-0.0826	0.0754	0.0321	-0.0501	0.116	-0.0798	-0.0788	0.1749	-0.0072	-0.0192	0.1839	-0.0324	0.1733	6.0519	31.4261	91.9948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and peptide
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and peptide

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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