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- PDB-9dih: CBASS Pseudomonas syringae Cap5 tetramer with DNA duplex and 3'2'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dih
タイトルCBASS Pseudomonas syringae Cap5 tetramer with DNA duplex and 3'2'-c-diAMP cyclic dinucleotide ligand
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3')
  • HNH endonuclease
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bacterial immunity / CBASS / cyclic dinucleotide / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense / HNH endonuclease / DNA
機能・相同性HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / HNH endonuclease
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM131780 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA degradation by CBASS Cap5 endonuclease immune effector.
著者: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Ni, M. / Li, Y. / Kottur, J. / Fang, G. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNH endonuclease
B: HNH endonuclease
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7648
ポリマ－91,2243
非ポリマー1,5405
水7,260403
1
A: HNH endonuclease
B: HNH endonuclease
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

A: HNH endonuclease
B: HNH endonuclease
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,52816
ポリマ－182,4486
非ポリマー3,07910
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area22840 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area61380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.697, 191.527, 118.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-11-

DA

21A-694-

HOH

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 HNH endonuclease


分子量: 42702.168 Da / 分子数: 2 / 変異: H56A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This protein features a mutation at a catalytic residue; specifically, His56 in the wild-type protein has been replaced with Ala56 to prevent DNA degradation during crystallization.
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P0QGK5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5819.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 408分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-Y4F / Cyclic (adenosine-(2'-5')-monophosphate-adenosine-(3'-5')-monophosphate


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10 mM tri-sodium citrate titrated to pH 9.0 and 26-30% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920085 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→95.763 Å / Num. obs: 57760 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.94→2.181 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2890 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→47.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1963 3.4 %
Rwork0.1705 --
obs0.1722 57729 66.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5753 386 96 405 6640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0176859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5429516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6252636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731062
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.021120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.990.479440.308576X-RAY DIFFRACTION1
1.99-2.050.4562100.3095351X-RAY DIFFRACTION6
2.05-2.110.3016290.2585770X-RAY DIFFRACTION13
2.11-2.180.206520.24891460X-RAY DIFFRACTION25
2.18-2.250.2994670.22572160X-RAY DIFFRACTION36
2.25-2.340.27571150.21993468X-RAY DIFFRACTION59
2.34-2.450.28362000.22375421X-RAY DIFFRACTION91
2.45-2.580.27752030.20945934X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.22892080.19465942X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.25292160.19555956X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.250.21622130.18265972X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.720.2422110.15616000X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.690.16782140.136043X-RAY DIFFRACTION100
4.69-47.880.20052210.16496213X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3689 Å / Origin y: -37.3652 Å / Origin z: -24.9238 Å
111213212223313233
T0.168 Å20.0467 Å20.016 Å2-0.2076 Å2-0.0005 Å2--0.1939 Å2
L0.8806 °20.3109 °20.223 °2-0.8395 °20.2883 °2--1.2523 °2
S-0.0645 Å °-0.0649 Å °0.0825 Å °-0.0389 Å °0.0086 Å °0.0299 Å °-0.1953 Å °-0.1711 Å °0.0298 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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