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- PDB-8fmg: Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fmg | ||||||
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Title | Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated tetramer with the cyclic dinucleotide 3'2'-c-diAMP ligand (3 tetramers in the AU) | ||||||
![]() | SAVED domain-containing protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / cyclic dinucleotide / bacterial immunity / CBASS / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense | ||||||
Function / homology | HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / metal ion binding / : / HNH endonuclease![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rechkoblit, O. / Kreitler, D.F. / Aggarwal, A.K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Activation of CBASS Cap5 endonuclease immune effector by cyclic nucleotides. Authors: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Kreitler, D.F. / Buku, A. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fm1C ![]() 8fmfSC ![]() 8fmhC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 42769.238 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-Y4F / Mass: 658.412 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Formula: C20H24N10O12P2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.0, 0.2 M magnesium chloride, 19-20% PEG3350 PH range: 5.5-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→203.4 Å / Num. obs: 267508 / % possible obs: 88.7 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 26.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7 |
Reflection shell | Resolution: 1.79→2.001 Å / Rmerge(I) obs: 0.645 / Num. unique obs: 13376 / CC1/2: 0.58 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 8FMF Resolution: 1.79→58.12 Å / SU ML: 0.2254 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.6414 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→58.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -48.63 Å / Origin y: 7.28 Å / Origin z: 101.641 Å
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Refinement TLS group |
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