PDB-9dge: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase product complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dge

タイトル

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase product complex with dextromethorphan and SAM

要素

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid

機能・相同性

(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Glaucium flavum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lang, D.E. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dge.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dge.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dge_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dge_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9dge_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	9dge_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dg6C 9dg7C 9dg8C 9dg9C 9dgaC 9dgbC 9dgcC 9dgdC 9dgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.992, 103.992, 82.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-741- HOH
2	1	A-746- HOH

#1: タンパク質	Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase 分子量: 43801.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-4NQ / 3-methoxy-17-methyl-9alpha,13alpha,14alpha-morphinan 分子量: 271.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.1 M Tris-Cl, 10 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 0.5 mM dextromethorphan, 0.5 mM SAM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.53 Å / Num. obs: 68044 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.011 / Net I/σ(I): 19.52
反射シェル	解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 2684 / CC_1/2: 0.791 / R_sym value: 0.312 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→39.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.316 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	3480	5.114 %
R_work	0.1707	64563	-
all	0.172	-	-
obs	-	68043	99.877 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.517 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.088 Å²	0.044 Å²	0 Å²
2-	-	0.088 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.285 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2721	0	52	343	3116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.117	1.836	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.763	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.817	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.37	10	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.703	10	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.578	4.495	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.059	7.494	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.771	5.234	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.356	8.733	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.291	41.234	4944

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.279	239	0.244	4714	0.246	4961	0.945	0.959	99.8387	0.244
1.642-1.686	0.258	247	0.226	4604	0.228	4853	0.956	0.966	99.9588	0.226
1.686-1.735	0.233	246	0.207	4466	0.208	4724	0.963	0.972	99.746	0.207
1.735-1.788	0.202	248	0.194	4346	0.194	4594	0.974	0.977	100	0.194
1.788-1.847	0.217	247	0.188	4203	0.19	4454	0.97	0.978	99.9102	0.188
1.847-1.912	0.216	216	0.19	4095	0.192	4311	0.972	0.978	100	0.19
1.912-1.984	0.195	213	0.187	3962	0.188	4177	0.975	0.978	99.9521	0.187
1.984-2.064	0.208	212	0.185	3804	0.186	4016	0.974	0.979	100	0.185
2.064-2.156	0.198	211	0.186	3635	0.187	3847	0.973	0.978	99.974	0.186
2.156-2.261	0.18	187	0.177	3519	0.177	3714	0.981	0.981	99.7846	0.177
2.261-2.383	0.199	176	0.175	3310	0.177	3486	0.976	0.98	100	0.175
2.383-2.527	0.213	189	0.184	3157	0.185	3346	0.97	0.979	100	0.184
2.527-2.7	0.203	132	0.175	2999	0.176	3131	0.975	0.981	100	0.175
2.7-2.916	0.208	170	0.176	2768	0.177	2946	0.974	0.981	99.7284	0.176
2.916-3.192	0.191	127	0.166	2577	0.168	2704	0.978	0.983	100	0.166
3.192-3.566	0.164	114	0.152	2336	0.152	2450	0.985	0.986	100	0.152
3.566-4.112	0.153	104	0.139	2071	0.139	2190	0.983	0.988	99.3151	0.139
4.112-5.023	0.156	85	0.138	1767	0.138	1855	0.986	0.988	99.8383	0.138
5.023-7.047	0.206	80	0.186	1398	0.187	1478	0.976	0.978	100	0.186
7.047-39.53	0.174	37	0.179	832	0.179	884	0.98	0.977	98.3032	0.179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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