PDB-9dgb: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with (S)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dgb

タイトル

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with (S)-reticuline and SAM

要素

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid

機能・相同性

(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / (S)-reticuline / S-ADENOSYLMETHIONINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Glaucium flavum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lang, D.E. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dgb.cif.gz	100.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dgb.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dgb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dgb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9dgb_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	9dgb_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dg6C 9dg7C 9dg8C 9dg9C 9dgaC 9dgcC 9dgdC 9dgeC 9dgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.033, 104.033, 82.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-598- HOH
2	1	A-599- HOH

#1: タンパク質	Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase 分子量: 43801.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-REN / (S)-reticuline / (1S)-1-(3-hydroxy-4-methoxybenzyl)-6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-ol 分子量: 329.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 15 mM ammonium sulfate, 26% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.1 M Tris-Cl, 0.5 mM (S)-reticuline, 0.5 mM SAM, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.582 Å / Num. obs: 68219 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.013 / Net I/σ(I): 18.47
反射シェル	解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 2629 / CC_1/2: 0.451 / R_sym value: 0.724 / % possible all: 97.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→37.582 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	3492	5.119 %
R_work	0.1748	64727	-
all	0.176	-	-
obs	-	68219	99.845 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	0.013 Å²	0 Å²
2-	-	0.027 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.087 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2704	0	57	304	3065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.004	1.838	4060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.534	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.384	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.848	10	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.951	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.619	5.776	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.069	9.658	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.887	6.725	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.87	11.217	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.87	53.172	4848

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.309	284	0.306	4637	0.306	5004	0.929	0.93	98.3413	0.306
1.642-1.686	0.292	230	0.276	4601	0.276	4837	0.941	0.944	99.876	0.276
1.686-1.735	0.279	239	0.258	4514	0.259	4754	0.95	0.954	99.979	0.258
1.735-1.788	0.271	236	0.235	4347	0.237	4586	0.951	0.963	99.9346	0.235
1.788-1.847	0.256	206	0.22	4303	0.222	4509	0.96	0.968	100	0.22
1.847-1.912	0.237	209	0.202	4100	0.203	4309	0.966	0.974	100	0.202
1.912-1.984	0.197	212	0.193	3962	0.193	4174	0.973	0.977	100	0.193
1.984-2.064	0.225	216	0.191	3787	0.193	4003	0.97	0.978	100	0.191
2.064-2.156	0.215	191	0.193	3702	0.194	3893	0.971	0.976	100	0.193
2.156-2.261	0.214	184	0.183	3509	0.185	3693	0.969	0.979	100	0.183
2.261-2.383	0.217	197	0.178	3321	0.18	3518	0.971	0.98	100	0.178
2.383-2.526	0.224	169	0.183	3170	0.185	3340	0.97	0.979	99.9701	0.183
2.526-2.7	0.192	164	0.17	2980	0.171	3144	0.977	0.982	100	0.17
2.7-2.915	0.208	156	0.175	2798	0.177	2954	0.973	0.981	100	0.175
2.915-3.191	0.165	147	0.167	2556	0.167	2705	0.981	0.982	99.9261	0.167
3.191-3.565	0.176	107	0.152	2359	0.153	2467	0.982	0.985	99.9595	0.152
3.565-4.11	0.144	123	0.137	2063	0.137	2186	0.987	0.988	100	0.137
4.11-5.019	0.145	93	0.141	1780	0.141	1873	0.988	0.988	100	0.141
5.019-7.035	0.203	84	0.196	1398	0.196	1482	0.967	0.97	100	0.196
7.035-37.582	0.245	45	0.179	839	0.182	884	0.785	0.785	100	0.179

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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