PDB-9dg6: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase complex with N-methy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dg6

タイトル

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase complex with N-methylcanadine and SAH

要素

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid

機能・相同性

(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / : / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Glaucium flavum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lang, D.E. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dg6.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dg6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dg6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dg6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9dg6_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	9dg6_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dg7C 9dg8C 9dg9C 9dgaC 9dgbC 9dgcC 9dgdC 9dgeC 9dgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.066, 103.066, 82.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-764- HOH

#1: タンパク質	Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase 分子量: 43801.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1A4I / (S)-cis-N-methylcanadine / (7S,13aS)-9,10-dimethoxy-7-methyl-5,8,13,13a-tetrahydro-2H,6H-[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolino[3,2-a]isoquinolin-7-ium 分子量: 354.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 33% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) 0.1 mM Tris-Cl, 15% glycerol, 0.5 mM SAM, 0.5 mM canadine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.3 Å / Num. obs: 50909 / % possible obs: 98.62 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 6.41
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2505 / CC_1/2: 0.749 / R_sym value: 0.388

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→39.299 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.137 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1869	2612	5.131 %
R_work	0.1642	48297	-
all	0.165	-	-
obs	-	50909	98.688 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.317 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.633 Å²	0.317 Å²	0 Å²
2-	-	0.633 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.054 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2787	0	57	396	3240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	1.839	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.289	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.856	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.662	10	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.721	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.309	3.871	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.068	6.458	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.871	4.414	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.567	7.279	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.452	33.886	5029

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.26	181	0.256	3378	0.256	3759	0.953	0.953	94.6794	0.256
1.795-1.845	0.272	174	0.252	3471	0.253	3705	0.943	0.956	98.3806	0.252
1.845-1.898	0.243	196	0.222	3317	0.223	3549	0.956	0.963	98.9856	0.222
1.898-1.956	0.265	187	0.223	3208	0.225	3436	0.93	0.959	98.8067	0.223
1.956-2.02	0.214	162	0.178	3233	0.18	3413	0.968	0.979	99.4726	0.178
2.02-2.091	0.211	163	0.2	3058	0.201	3247	0.945	0.968	99.1993	0.2
2.091-2.17	0.22	148	0.182	3003	0.184	3171	0.971	0.978	99.3693	0.182
2.17-2.258	0.222	152	0.174	2836	0.177	3008	0.962	0.976	99.3351	0.174
2.258-2.358	0.219	144	0.165	2768	0.168	2937	0.972	0.982	99.1488	0.165
2.358-2.472	0.219	145	0.16	2613	0.163	2782	0.971	0.983	99.1373	0.16
2.472-2.606	0.183	129	0.148	2507	0.15	2661	0.976	0.986	99.0605	0.148
2.606-2.763	0.162	129	0.153	2386	0.154	2529	0.984	0.986	99.4464	0.153
2.763-2.953	0.156	112	0.146	2246	0.147	2380	0.985	0.987	99.0756	0.146
2.953-3.188	0.176	121	0.147	2072	0.148	2213	0.98	0.987	99.0963	0.147
3.188-3.49	0.16	110	0.141	1916	0.142	2051	0.984	0.988	98.7811	0.141
3.49-3.898	0.152	104	0.136	1737	0.137	1875	0.986	0.988	98.1867	0.136
3.898-4.493	0.134	78	0.127	1547	0.127	1648	0.989	0.99	98.6044	0.127
4.493-5.485	0.157	78	0.144	1324	0.145	1413	0.984	0.987	99.2215	0.144
5.485-7.683	0.176	65	0.173	1033	0.173	1122	0.981	0.981	97.861	0.173
7.683-39.299	0.22	34	0.187	642	0.189	679	0.964	0.975	99.5582	0.187

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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