PDB-9dgd: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with bold...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dgd

タイトル

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with boldine and SAH

要素

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid

機能・相同性

(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Boldine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Glaucium flavum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lang, D.E. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dgd.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dgd.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dgd_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dgd_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9dgd_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9dgd_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dg6C 9dg7C 9dg8C 9dg9C 9dgaC 9dgbC 9dgcC 9dgeC 9dgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.020, 104.020, 82.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-686- HOH

#1: タンパク質	Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase 分子量: 43801.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GHT / Boldine 分子量: 325.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 26% pentaerythritol ethoxylate, 15 mM ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl, 0.5 mM boldine, 0.5 mM SAM, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.544 Å / Num. obs: 48088 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.016 / Net I/σ(I): 14.84
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2661 / CC_1/2: 0.697 / R_sym value: 0.437 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→39.544 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.845 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1869	2460	5.116 %	RANDOM
R_work	0.1681	45628	-	-
all	0.169	-	-	-
obs	-	48088	99.917 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.251 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.114 Å²	0.057 Å²	-0 Å²
2-	-	0.114 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.544 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2697	0	50	358	3105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.852	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.959	5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.153	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.665	10	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.321	10	141
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.742	4.18	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.582	6.961	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.139	4.991	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.544	8.264	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.19	39.498	4997

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.221	164	0.21	3357	0.211	3521	0.969	0.973	100	0.21
1.847-1.897	0.228	156	0.205	3264	0.206	3421	0.964	0.973	99.9708	0.205
1.897-1.952	0.221	188	0.189	3137	0.191	3326	0.968	0.976	99.9699	0.189
1.952-2.012	0.19	176	0.186	3072	0.186	3250	0.976	0.978	99.9385	0.186
2.012-2.078	0.205	169	0.19	2972	0.191	3144	0.973	0.977	99.9046	0.19
2.078-2.15	0.224	169	0.183	2864	0.186	3034	0.968	0.979	99.967	0.183
2.15-2.231	0.203	156	0.173	2779	0.175	2936	0.975	0.982	99.9659	0.173
2.231-2.322	0.174	160	0.172	2664	0.172	2825	0.98	0.982	99.9646	0.172
2.322-2.425	0.204	137	0.174	2596	0.175	2736	0.971	0.981	99.8904	0.174
2.425-2.543	0.203	124	0.165	2487	0.167	2614	0.976	0.983	99.8852	0.165
2.543-2.68	0.182	115	0.168	2351	0.169	2466	0.98	0.982	100	0.168
2.68-2.842	0.218	130	0.17	2232	0.172	2363	0.97	0.982	99.9577	0.17
2.842-3.037	0.184	100	0.161	2108	0.162	2211	0.979	0.984	99.8643	0.161
3.037-3.278	0.204	116	0.161	1944	0.164	2065	0.975	0.984	99.7579	0.161
3.278-3.589	0.152	93	0.157	1836	0.156	1929	0.986	0.985	100	0.157
3.589-4.008	0.157	91	0.143	1642	0.144	1734	0.986	0.987	99.9423	0.143
4.008-4.621	0.152	72	0.137	1465	0.138	1542	0.986	0.989	99.6757	0.137
4.621-5.64	0.155	66	0.163	1248	0.163	1316	0.983	0.984	99.848	0.163
5.64-7.896	0.197	46	0.2	1008	0.2	1054	0.967	0.974	100	0.2
7.896-39.544	0.234	32	0.199	600	0.2	633	0.96	0.974	99.842	0.199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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