PDB-9dga: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with (R)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dga

タイトル

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase in complex with (R)-reticuline and SAM

要素

Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid

機能・相同性

(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Glaucium flavum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lang, D.E. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dga.cif.gz	102.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dga.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dga_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dga_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9dga_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	9dga_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/9dga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dg6C 9dg7C 9dg8C 9dg9C 9dgbC 9dgcC 9dgdC 9dgeC 9dgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.013, 104.013, 82.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase 分子量: 43801.926 Da / 分子数: 1 / 変異: E204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1A4H / (R)-reticuline / (1R)-1-[(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)methyl]-6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-ol 分子量: 329.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Tris-Cl, 15 mM ammonium sulfate, 29% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 5% glycerol, 0.5 mM SAM, 0.5 mM R-reticuline

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→37.641 Å / Num. obs: 34747 / % possible obs: 98.36 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 10.31
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.78 / Num. unique obs: 2673 / CC_1/2: 0.939 / R_sym value: 0.139 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→37.641 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.146 / SU B: 2.58 / SU ML: 0.072 / Average fsc free: 0.9751 / Average fsc work: 0.985 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1906	1783	5.131 %	RANDOM
R_work	0.1463	32964	-	-
all	0.149	-	-	-
obs	-	34747	98.344 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.061 Å²	0.031 Å²	0 Å²
2-	-	0.061 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.641 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2696	0	51	390	3137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.856	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.923	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.166	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.282	10	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.291	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.618	3.002	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.73	4.975	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.512	4.002	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.46	6.457	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.003	30.859	4999

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.23	110	0.187	2463	0.189	2578	0.964	0.977	99.8061	0.187
2.052-2.108	0.223	142	0.172	2365	0.175	2515	0.968	0.981	99.6819	0.172
2.108-2.169	0.209	129	0.172	2294	0.174	2442	0.972	0.98	99.222	0.172
2.169-2.236	0.193	119	0.156	2221	0.158	2353	0.977	0.985	99.4475	0.156
2.236-2.309	0.195	114	0.153	2218	0.155	2338	0.975	0.986	99.7434	0.153
2.309-2.389	0.194	107	0.15	2081	0.152	2207	0.977	0.986	99.1391	0.15
2.389-2.479	0.195	109	0.147	2044	0.149	2165	0.979	0.986	99.4457	0.147
2.479-2.58	0.203	115	0.143	1953	0.146	2071	0.973	0.987	99.8551	0.143
2.58-2.694	0.242	109	0.157	1886	0.161	1995	0.964	0.984	100	0.157
2.694-2.825	0.212	96	0.158	1812	0.16	1917	0.97	0.984	99.5305	0.158
2.825-2.977	0.206	89	0.144	1708	0.147	1811	0.977	0.987	99.2269	0.144
2.977-3.156	0.171	92	0.145	1599	0.146	1739	0.982	0.987	97.2398	0.145
3.156-3.372	0.159	80	0.141	1490	0.142	1622	0.983	0.988	96.7941	0.141
3.372-3.64	0.216	91	0.127	1363	0.131	1503	0.972	0.99	96.7399	0.127
3.64-3.984	0.151	68	0.122	1315	0.124	1424	0.988	0.991	97.1208	0.122
3.984-4.448	0.129	67	0.118	1158	0.118	1271	0.991	0.991	96.3808	0.118
4.448-5.124	0.157	47	0.123	1046	0.124	1148	0.983	0.991	95.2091	0.123
5.124-6.246	0.22	52	0.161	847	0.164	969	0.975	0.984	92.7761	0.161
6.246-8.715	0.168	28	0.165	694	0.165	779	0.985	0.983	92.6829	0.165
8.715-37.641	0.233	19	0.172	405	0.175	475	0.964	0.978	89.2632	0.172

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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