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- PDB-9df0: PDCoV S RBD bound to PD41 Fab (local refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9df0
タイトルPDCoV S RBD bound to PD41 Fab (local refinement)
要素
  • PD41 Fab variable heavy-chain
  • PD41 Fab variable light-chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / coronavirus / spike / antibody / Fab / antigen / PDCoV / PD41 / complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. ...Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Asarnow, D. / Rexhepaj, M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI167966 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP1AI158186 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD032290 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Isolation and escape mapping of broadly neutralizing antibodies against emerging delta-coronaviruses.
著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / ...著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / Miles S Dickinson / Joel Quispe / Jack T Brown / M Alejandra Tortorici / Kaitlin R Sprouse / Ashley L Taylor / Davide Corti / Tyler N Starr / Fabio Benigni / David Veesler /
要旨: Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are ...Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are approved for use in humans against PDCoV. To prepare for possible future PDCoV epidemics, we isolated PDCoV spike (S)-directed monoclonal antibodies (mAbs) from humanized mice and found that two, designated PD33 and PD41, broadly neutralized a panel of PDCoV variants. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of PD33 and PD41 in complex with the S receptor-binding domain (RBD) and ectodomain trimer revealed the epitopes recognized by these mAbs, rationalizing their broad inhibitory activity. We show that both mAbs competitively interfere with host aminopeptidase N binding to neutralize PDCoV and used deep-mutational scanning epitope mapping to associate RBD antigenic sites with mAb-mediated neutralization potency. Our results indicate a PD33-PD41 mAb cocktail may heighten the barrier to escape. PD33 and PD41 are candidates for clinical advancement against future PDCoV outbreaks.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年11月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月30日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_SG_project ...em_admin / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.12025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / struct_keywords / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
H: PD41 Fab variable heavy-chain
L: PD41 Fab variable light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3675
ポリマ－153,5593
非ポリマー8082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein


分子量: 128934.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
Variant: SD2018/300 / 細胞株 (発現宿主): expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6M5ICE2
#2: 抗体 PD41 Fab variable heavy-chain


分子量: 13020.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ATX / 細胞株 (発現宿主): expiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 PD41 Fab variable light-chain


分子量: 11603.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ATX / 細胞株 (発現宿主): expiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PDCoV S RBD complex with PD41 Fab (local refinement)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.04 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Deltacoronavirus PDCoV/USA/Illinois121/2014 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: expi293F
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting time 6 seconds, force -1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19556
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12RELION5分類
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
15PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
16ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5732849
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 438204 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ詳細
16bfu

6bfu

A6bfuA1PDBexperimental model
2IOtherin silico modelABodyBuilder2
3MOtherin silico modelABodyBuilder2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 45.25 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00652568
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69253509
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0489405
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057445
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.67904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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