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- PDB-9d6c: Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir and Bevirimat ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d6c
タイトルGag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir and Bevirimat from enveloped virus like particles
要素Gag
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / HIV-1 / Gag / CA-SP1 / Inhibitor / virion assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2I4 / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Chem-QNG / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, C. / Meuser, M.E. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI170791 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI178846 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into inhibitor mechanisms on immature HIV-1 Gag lattice revealed by high-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Chunxiang Wu / Megan E Meuser / Juan S Rey / Hamed Meshkin / Rachel Yang / Swapnil Chandrakant Devarkar / Christian Freniere / Jiong Shi / Christopher Aiken / Juan R Perilla / Yong Xiong /
要旨: HIV-1 inhibitors, such as Bevirimat (BVM) and Lenacapavir (LEN), block the production and maturation of infectious virions. However, their mechanisms remain unclear due to the absence of high- ...HIV-1 inhibitors, such as Bevirimat (BVM) and Lenacapavir (LEN), block the production and maturation of infectious virions. However, their mechanisms remain unclear due to the absence of high-resolution structures for BVM complexes and LEN's structural data being limited to the mature capsid. Utilizing perforated virus-like particles (VLPs) produced from mammalian cells, we developed an approach to determine cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HIV-1 with inhibitors. This allowed for the first structural determination of the native immature HIV-1 particle with BVM and LEN bound inside the VLPs at high resolutions. Our findings offer a more accurate model of BVM engaging the Gag lattice and, importantly, demonstrate that LEN not only binds the mature capsid but also targets the immature lattice in a distinct manner. The binding of LEN induces a conformational change in the capsid protein (CA) region and alters the architecture of the Gag lattice, which may affect the maturation process. These insights expand our understanding of the inhibitory mechanisms of BVM and LEN on HIV-1 and provide valuable clues for the design of future inhibitors.
履歴
登録2024年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / em_admin ...chem_comp / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag
B: Gag
C: Gag
D: Gag
E: Gag
F: Gag
G: Gag
H: Gag
I: Gag
J: Gag
K: Gag
L: Gag
M: Gag
N: Gag
O: Gag
P: Gag
Q: Gag
R: Gag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,75250
ポリマ－462,60918
非ポリマー26,14332
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Gag


分子量: 25700.475 Da / 分子数: 18 / 断片: CA-SP1 domains (UNP residues 141-372) / 変異: T239I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag / プラスミド: pCMV-Gag-opt / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04591
#2: 化合物
ChemComp-QNG / Lenacapavir / Sunlenca / GS-CA1 / GS-6207


分子量: 968.282 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H32ClF10N7O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-2I4 / 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid / Bevirimat / ベビリマット


分子量: 584.826 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)
タイプ: VIRUS
詳細: A codon-optimized Gag plasmid with T8I mutation in the SP1 domain (pCMV-Gag-opt) was expressed in HEK293T cells. The enveloped virion like particles were purified by filtration and ...詳細: A codon-optimized Gag plasmid with T8I mutation in the SP1 domain (pCMV-Gag-opt) was expressed in HEK293T cells. The enveloped virion like particles were purified by filtration and ultracentrifugation, and directly used as cryo-EM sample.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Clone pNL4-3
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T / プラスミド: pCMV-Gag-opt
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Gag
緩衝液pH: 7.4
詳細: This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-hydrocloride1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEthylenediaminetetraacetic acid1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: A codon-optimized Gag plasmid with T8I mutation in the SP1 domain (pCMV-Gag-opt) was expressed in HEK293T cells. The enveloped virion like particles were purified by filtration and ...詳細: A codon-optimized Gag plasmid with T8I mutation in the SP1 domain (pCMV-Gag-opt) was expressed in HEK293T cells. The enveloped virion like particles were purified by filtration and ultracentrifugation, and directly used as cryo-EM sample.
試料支持詳細: 15 mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正patch CTF estimation
5cryoSPARCCTF補正global CTF refinement
6cryoSPARCCTF補正local CTF refinement
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11cryoSPARC初期オイラー角割当heterogenous refinement
12cryoSPARC最終オイラー角割当local refinement
13cryoSPARC分類heterogenous refinement
14cryoSPARC分類3D classification
15cryoSPARC３次元再構成local refinement
16cryoSPARC３次元再構成homogenous reconstruction only
17PHENIX1.21_5207モデル精密化
18Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1323040 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9CWV

9cwv


Accession code: 9CWV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 68.45 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004235110
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.708348276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04345218
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00466064
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.71455049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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