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- PDB-9d2c: Crystal Structure of Tungbindin Treated with Proteinase K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2c
タイトルCrystal Structure of Tungbindin Treated with Proteinase K
要素Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / tungstate binding / hexamer
機能・相同性Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / molybdate ion transport / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / MOLYBDATE ION / Molybdenum-pterin-binding protein
機能・相同性情報
生物種Eubacterium limosum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Zhou, D. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Storage of the vital metal tungsten in a dominant SCFA-producing human gut microbe Eubacterium limosum and implications for other gut microbes.
著者: Shao, N. / Zhou, D. / Schut, G.J. / Poole, F.L. / Coffey, S.B. / Donaghy, A.P. / Putumbaka, S. / Thorgersen, M.P. / Chen, L. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Adams, M.W.W.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
B: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
C: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
D: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
E: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
F: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
H: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
I: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
J: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
K: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
L: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
M: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,25228
ポリマ－98,69312
非ポリマー2,55916
水5,945330
1
A: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
B: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
C: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
D: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
E: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
F: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,62614
ポリマ－49,3466
非ポリマー1,2808
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
I: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
J: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
K: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
L: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
M: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,62614
ポリマ－49,3466
非ポリマー1,2808
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.901, 76.696, 103.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.318, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 1 and (name N or name...
d_5ens_1(chain "E" and ((resid 1 and (name N or name...
d_6ens_1(chain "F" and ((resid 1 and (name N or name...
d_7ens_1(chain "H" and ((resid 1 and (name N or name...
d_8ens_1(chain "I" and ((resid 1 and (name N or name...
d_9ens_1(chain "J" and ((resid 1 and (name N or name...
d_10ens_1(chain "K" and ((resid 1 and (name N or name...
d_11ens_1(chain "L" and ((resid 1 and (name N or name...
d_12ens_1(chain "M" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETASPASPAA1 - 691 - 69
d_12MOOMOOMOOMOOAM101
d_21METMETASPASPBB1 - 691 - 69
d_22MOOMOOMOOMOOBO102
d_31METMETASPASPCC1 - 691 - 69
d_32MOOMOOMOOMOOCQ102
d_41METMETASPASPDD1 - 691 - 69
d_42MOOMOOMOOMOODR101
d_51METMETASPASPEE1 - 691 - 69
d_52MOOMOOMOOMOOES101
d_61METMETASPASPFF1 - 691 - 69
d_62MOOMOOMOOMOOFT101
d_71METMETASPASPHG1 - 691 - 69
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d_81METMETASPASPIH1 - 691 - 69
d_82MOOMOOMOOMOOIW101
d_91METMETASPASPJI1 - 691 - 69
d_92MOOMOOMOOMOOJY101
d_101METMETASPASPKJ1 - 691 - 69
d_102MOOMOOMOOMOOIX102
d_111METMETASPASPLK1 - 691 - 69
d_112MOOMOOMOOMOOLAA101
d_121METMETASPASPML1 - 691 - 69
d_122MOOMOOMOOMOOHV102

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.497951610824, -0.235834774449, -0.83452151107), (-0.236292875093, -0.889002427343, 0.392224886206), (-0.834391916582, 0.392500501069, 0.38695411382)14.480463656, -16.8265540485, 13.6994110247
2given(-0.501635954417, -0.23379121213, -0.832888370892), (0.234032535742, 0.890211238923, -0.390835927608), (0.832820593796, -0.390980330996, -0.391847214261)14.6122045919, -4.40727921686, -13.7082551813
3given(-0.479812261228, 0.212980822124, 0.85112828844), (0.239946043684, -0.901252713187, 0.360790026321), (0.843923035647, 0.377336343836, 0.381328196603)19.3177914933, -23.0145267037, -5.85931794224
4given(0.999985544966, -0.00532599384866, -0.000737324698949), (-0.00532645811172, -0.999985616414, -0.000629133705795), (-0.000733963331329, 0.00063305194077, -0.999999530271)-0.0766934277013, -21.1781243159, -0.0242595008193
5given(-0.481051509037, 0.213198163175, 0.850374028808), (-0.239748213737, 0.901013539918, -0.361518180587), (-0.843273526006, -0.377784520731, -0.382320044247)19.3253686898, 1.83397326596, 5.8334463666
6given(0.901190716578, 0.000899904572504, 0.433421829776), (-0.00110413179819, -0.999989833117, 0.00437201963424), (0.433421357627, -0.00441857833136, -0.901180560664)11.0179343875, -2.30677690681, -50.4903451611
7given(-0.814226800952, -0.0450905404968, -0.578793192573), (0.221233254425, 0.897650890935, -0.381154463624), (0.536740685758, -0.438394481218, -0.720915886279)30.2117131191, 15.2286753701, -56.3012178304
8given(-0.0938680612375, -0.378240493095, -0.920935891614), (-0.219902102957, -0.894296692661, 0.389713344153), (-0.970995289481, 0.239097375309, 0.000770016856047)18.481878328, 1.42801098087, -31.6857900593
9given(-0.0849814964555, 0.376838967737, 0.922372233784), (-0.231974343344, 0.892799944098, -0.386129724119), (-0.96900260541, -0.246780575032, 0.0115454968022)26.4986630511, 19.9481328705, -36.8500352574
10given(0.900041219344, 0.00980413026536, -0.435694482994), (-0.0095234119204, 0.999950652049, 0.00282808991749), (0.435700709326, 0.00160390053524, 0.900090172925)11.1038801491, 19.13288912, -50.4315423394
11given(-0.806112751676, 0.0421679663748, 0.59025765069), (0.233869355709, -0.89355462957, 0.383230020267), (0.543587487021, 0.446969782631, 0.710443986088)31.2750030535, -3.32132496452, -46.8872683087

-
要素

#1: タンパク質
Molybdenum-pterin binding domain-containing protein / Molybdopterin-binding protein / Tungstate binding protein / Tungbindin


分子量: 8224.404 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium limosum (バクテリア)
遺伝子: C7955_103236, SAMN04515624_10415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FVB3
#2: 化合物
ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0 15% PEG 4000 0.1M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→43.95 Å / Num. obs: 53472 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 34.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.55
反射 シェル解像度: 2.38→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 403

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→43.95 Å / SU ML: 0.2985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 3625 6.78 %
Rwork0.1828 49847 -
obs0.1862 53472 81.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→43.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 80 330 6452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17668232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.70042220
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.72083880489
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.73920091775
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.685026563723
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.741649292684
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.709879316897
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.532060245249
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.58239514226
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.535983443341
ens_1d_10AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.71505646111
ens_1d_11AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.714480511511
ens_1d_12AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.76686279089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.410.3813410.2328426X-RAY DIFFRACTION18.76
2.41-2.450.3463460.2342677X-RAY DIFFRACTION28.55
2.45-2.480.3569700.2355819X-RAY DIFFRACTION34.39
2.48-2.520.279660.2467972X-RAY DIFFRACTION41.06
2.52-2.560.2845820.20471143X-RAY DIFFRACTION49
2.56-2.60.2783800.2181383X-RAY DIFFRACTION58.06
2.6-2.640.29541310.22851532X-RAY DIFFRACTION65.06
2.64-2.690.30431460.23141797X-RAY DIFFRACTION77.78
2.69-2.740.34251370.22432175X-RAY DIFFRACTION89.34
2.74-2.80.28951540.21492171X-RAY DIFFRACTION93.98
2.8-2.860.24291540.2022358X-RAY DIFFRACTION96.17
2.86-2.930.31231840.19462196X-RAY DIFFRACTION96.43
2.93-30.26351420.18692267X-RAY DIFFRACTION96.59
3-3.080.26891820.18422299X-RAY DIFFRACTION97.03
3.08-3.170.22831610.20512288X-RAY DIFFRACTION97.38
3.17-3.270.25641650.21322310X-RAY DIFFRACTION97.52
3.27-3.390.27591730.19742289X-RAY DIFFRACTION97.16
3.39-3.530.24881620.21642278X-RAY DIFFRACTION95.57
3.53-3.690.26491580.20412282X-RAY DIFFRACTION96.83
3.69-3.880.23971640.16462323X-RAY DIFFRACTION98.22
3.88-4.120.22131610.15962258X-RAY DIFFRACTION96.8
4.12-4.440.16351860.13512317X-RAY DIFFRACTION98.66
4.44-4.890.17281610.13512345X-RAY DIFFRACTION98.97
4.89-5.60.18491670.14942342X-RAY DIFFRACTION98.9
5.6-7.050.21051810.18552331X-RAY DIFFRACTION98.55
7.05-43.950.1951710.18512269X-RAY DIFFRACTION96.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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