[日本語] English
万見
- PDB-9bel: Tungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bel
タイトルTungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum with five Tungstates bound
要素Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Tungsten / metal binding / metal oxyanion / hexamer
機能・相同性Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / molybdate ion transport / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / TUNGSTATE(VI)ION / Molybdenum-pterin-binding protein
機能・相同性情報
生物種Eubacterium limosum (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhou, D. / Rose, J.P. / Chen, L. / Wang, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 136885 米国
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Storage of the vital metal tungsten in a dominant SCFA-producing human gut microbe Eubacterium limosum and implications for other gut microbes.
著者: Shao, N. / Zhou, D. / Schut, G.J. / Poole, F.L. / Coffey, S.B. / Donaghy, A.P. / Putumbaka, S. / Thorgersen, M.P. / Chen, L. / Rose, J. / Wang, B.-.C. / Adams, M.W.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
B: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
C: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
D: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
E: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
F: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,97015
ポリマ－49,3466
非ポリマー1,6239
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.306, 74.306, 148.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 69)
d_2ens_1(chain "B" and resid 1 through 69)
d_3ens_1(chain "C" and resid 1 through 69)
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 1 - 69 / Label seq-ID: 1 - 69

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD
d_5EE
d_6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.864013701785, 0.00115847657775, 0.50346696124), (0.0077848205944, -0.999847062617, 0.0156603941666), (0.50340810452, 0.0174501951037, 0.863872543258)-25.120086172, 38.4171220711, 6.37002340609
2given(-0.131692489842, -0.354599150773, -0.925697861287), (-0.404365887267, -0.833388381574, 0.376765224872), (-0.905066471224, 0.423937787569, -0.0336368092513)-16.4640096954, 31.821383621, -29.0081368956
3given(-0.35427633082, 0.308306375407, -0.882856421115), (0.522702980947, 0.848122871688, 0.0864244654587), (0.775415936856, -0.430853540549, -0.461622520536)-32.5072588871, 11.5433628225, 10.2478742006
4given(-0.372269808657, 0.519733808893, 0.768955107569), (0.326510555603, 0.848880528689, -0.415683419313), (-0.868795745064, 0.0963255724371, -0.485711166695)-25.4774116748, 4.86635595877, -25.1094412132
5given(0.721794515435, -0.4979623781, 0.480672599058), (-0.467632199983, -0.862883467352, -0.191708756474), (0.510228187213, -0.0864036559854, -0.855687796574)8.68343172318, 27.0824465821, -3.05718609161

-
要素

#1: タンパク質
Molybdenum-pterin binding domain-containing protein / Molybdopterin-binding protein / Tungstate binding protein / Tungbindin


分子量: 8224.404 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium limosum (バクテリア)
遺伝子: C7955_103236, SAMN04515624_10415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FVB3
#2: 化合物
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→42.88 Å / Num. obs: 21946 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 47.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 31.75
反射 シェル解像度: 2.683→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.018 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 1.049

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.68→42.88 Å / SU ML: 0.3657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.0235
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 2215 10.09 %
Rwork0.2025 19731 -
obs0.209 21946 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 45 126 3161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24984072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0699514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4071100
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.742918298855
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.935066287238
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.621684419473
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.775045529547
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.786183559217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.740.36271340.29481202X-RAY DIFFRACTION97.66
2.74-2.810.36711320.28431240X-RAY DIFFRACTION98.56
2.81-2.880.35361360.27251225X-RAY DIFFRACTION98.62
2.88-2.950.36981360.26111263X-RAY DIFFRACTION98.8
2.95-3.040.30361380.24041205X-RAY DIFFRACTION98.82
3.04-3.140.29181370.23831264X-RAY DIFFRACTION99.08
3.14-3.250.34751360.22631238X-RAY DIFFRACTION99.64
3.25-3.380.31141430.24381242X-RAY DIFFRACTION98.72
3.38-3.530.28871370.20961234X-RAY DIFFRACTION98.35
3.53-3.720.32251420.22751196X-RAY DIFFRACTION97.81
3.72-3.950.33221390.19761248X-RAY DIFFRACTION98.93
3.95-4.260.21581390.17561216X-RAY DIFFRACTION97.48
4.26-4.690.18911390.14961216X-RAY DIFFRACTION99.71
4.69-5.360.20131440.1721265X-RAY DIFFRACTION99.72
5.37-6.750.2241460.18031241X-RAY DIFFRACTION99.57
6.75-42.880.21370.1721236X-RAY DIFFRACTION99.42

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る