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Yorodumi- PDB-9beb: Tungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum w... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9beb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Tungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum with eight Tungstates bound | ||||||
Components | Molybdenum-pterin binding domain-containing protein | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Tungsten / metal binding / metal oxyanion / hexamer | ||||||
| Function / homology | Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / molybdate ion transport / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / TUNGSTATE(VI)ION / Molybdenum-pterin-binding protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Eubacterium limosum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Zhou, D. / Rose, J.P. / Chen, L. / Wang, B.C. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2025Title: Storage of the vital metal tungsten in a dominant SCFA-producing human gut microbe Eubacterium limosum and implications for other gut microbes. Authors: Shao, N. / Zhou, D. / Schut, G.J. / Poole, F.L. / Coffey, S.B. / Donaghy, A.P. / Putumbaka, S. / Thorgersen, M.P. / Chen, L. / Rose, J. / Wang, B.-.C. / Adams, M.W.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9beb.cif.gz | 288.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9beb.ent.gz | 195.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9beb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9beb_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9beb_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
| Data in XML | 9beb_validation.xml.gz | 27.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 9beb_validation.cif.gz | 36.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9bedC ![]() 9belC ![]() 9bemC ![]() 9bjfC ![]() 9d2cC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 1 - 68 / Label seq-ID: 1 - 68
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 8224.404 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Eubacterium limosum (bacteria) / Gene: C7955_103236, SAMN04515624_10415 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-WO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.5 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 15%(w/v) PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-002 / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.846→39.08 Å / Num. obs: 67407 / % possible obs: 92.48 % / Redundancy: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 16.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 42.92 |
| Reflection shell | Resolution: 1.846→1.88 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / Rpim(I) all: 0.149 / Rrim(I) all: 0.297 / % possible all: 66.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→39.08 Å / SU ML: 0.1734 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.4294 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 23.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→39.08 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi



Eubacterium limosum (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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