PDB-9d16: Tt Pah2 D155N calcium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d16

タイトル

Tt Pah2 D155N calcium

要素

Nuclear elongation and deformation protein

キーワード

HYDROLASE / lipin Pah phosphatidic acid phosphatase / lipid phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidate phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vitkovska, T. / Airola, M.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structures of a lipin/Pah phosphatidic acid phosphatase in distinct catalytic states reveal a signature motif for substrate recognition.
著者: Vitkovska, T. / Welcome, F.S. / Khayyo, V.I. / Gao, S. / Wymore, T. / Airola, M.V.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d16.cif.gz	425.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d16.ent.gz	296.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d16_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d16_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9d16_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	9d16_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lhkC 9d13C 9d14C 9d15C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear elongation and deformation protein

B: Nuclear elongation and deformation protein

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear elongation and deformation protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nuclear elongation and deformation protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.277, 90.042, 109.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Nuclear elongation and deformation protein / Phosphatidic acid phosphohydrolase / Pah2 分子量: 36733.176 Da / 分子数: 2 / 変異: D155N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tt Pah2 residues 1-321, D155N 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 遺伝子: TTHERM_00215970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: I7MFJ3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 8000, 0.1 MES pH 6, and 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→69.55 Å / Num. obs: 30560 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 53.44 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1912 / R_pim(I) all: 0.05417 / R_rim(I) all: 0.1989 / Net I/σ(I): 8.97
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 2.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 3035 / CC_1/2: 0.565 / CC star: 0.85 / R_pim(I) all: 0.6994 / R_rim(I) all: 2.531 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→69.55 Å / SU ML: 0.2938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	2841	4.92 %
R_work	0.2142	54845	-
obs	0.2157	30560	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→69.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4674	0	14	115	4803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	4786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6289	6446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0114	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3377	149	0.3444	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.44-2.49	0.3347	144	0.3204	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.49-2.53	0.3294	135	0.306	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.59	0.3124	134	0.3117	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.64	0.3098	151	0.3078	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.64-2.7	0.3965	151	0.2929	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.3243	152	0.2778	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-2.85	0.3581	120	0.2581	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.85-2.93	0.2503	168	0.2356	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.93-3.02	0.2346	116	0.2306	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.02-3.13	0.2729	174	0.2344	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.13-3.26	0.2586	117	0.2278	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.3046	162	0.223	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.41-3.59	0.2547	158	0.2058	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.59-3.81	0.1906	131	0.1873	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.81-4.1	0.2395	134	0.1814	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-4.52	0.1744	142	0.1625	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.52-5.17	0.179	126	0.1659	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-6.51	0.2402	160	0.2045	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.51-69.55	0.2151	117	0.2237	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.14

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -38.8351705614 Å / Origin y: -16.9624182185 Å / Origin z: 25.2376146279 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.408207597599 Å²	-0.0715099347928 Å²	0.00178363144623 Å²	-	0.295798518853 Å²	0.0105884099041 Å²	-	-	0.280947590544 Å²
L	2.31775786535 °²	-0.596490840755 °²	0.131594801273 °²	-	0.798736057672 °²	0.0308890148699 °²	-	-	0.397075966744 °²
S	0.0651159293195 Å °	-0.112751466008 Å °	-0.0395980085983 Å °	-0.0155140079286 Å °	-0.0492241994434 Å °	-0.00311288662552 Å °	0.00931453785651 Å °	0.00340738542119 Å °	-0.0146133435583 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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