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万見
- PDB-9cym: Structure of LAG3 bound to the MHC class II molecule I-A(b) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cym
タイトルStructure of LAG3 bound to the MHC class II molecule I-A(b)
要素
  • Class-II-associated invariant chain peptide
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • Secreted lymphocyte activation gene 3 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / LAG3 / MHC class II / Immune checkpoint / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / T cell activation involved in immune response / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell selection / negative regulation of T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative thymic T cell selection / antigen processing and presentation of peptide antigen / protein antigen binding / negative regulation of viral entry into host cell / B cell affinity maturation / MHC class II protein binding / MHC class II antigen presentation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive thymic T cell selection / positive regulation of kinase activity / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / vacuole / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cytokine receptor activity / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of macrophage activation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / transport vesicle membrane / nitric-oxide synthase binding / cytokine binding / response to type II interferon / antigen processing and presentation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / chaperone cofactor-dependent protein refolding / regulation of immune response / toxic substance binding / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / multivesicular body / lysosomal lumen / T cell activation / trans-Golgi network membrane / negative regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of interleukin-6 production / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / transmembrane signaling receptor activity / late endosome / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / immune response / positive regulation of protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Interleukin-1 receptor family / Thyroglobulin type-1 repeat signature. ...MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Interleukin-1 receptor family / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen gamma chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Ming, Q. / Antfolk, D. / Tran, T.H. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other governmentBankhead-Coley grant from the Florida Department of Health, Grant # 22B07 米国
Rita Allen Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for mouse LAG3 interactions with the MHC class II molecule I-A b.
著者: Ming, Q. / Antfolk, D. / Price, D.A. / Manturova, A. / Medina, E. / Singh, S. / Mason, C. / Tran, T.H. / Smalley, K.S.M. / Leung, D.W. / Luca, V.C.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Secreted lymphocyte activation gene 3 protein
A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
P: Class-II-associated invariant chain peptide
B: H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9368
ポリマ－72,0514
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.652, 187.652, 124.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)

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要素

#1: タンパク質 Secreted lymphocyte activation gene 3 protein / sLAG-3


分子量: 25711.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lag3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q61790
#2: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 22026.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14434
#3: タンパク質・ペプチド Class-II-associated invariant chain peptide / CLIP


分子量: 1733.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD74, DHLAG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04233
#4: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量: 22580.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1, H2-iabeta / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14483
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris 8.0 and 15 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.84→38.61 Å / Num. obs: 12347 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 133 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3.84-3.942.6765150.9462.8671
3.94-4.055.5818940.0965.9371
4.05-4.174.1798810.1444.4091
4.17-4.293.1818400.3373.3471
4.29-4.431.9188280.5632.0181
4.43-4.591.4358110.6521.5121
4.59-4.761.0827610.7451.141
4.76-4.960.8657510.8130.9121
4.96-5.180.6877200.8630.7241
5.18-5.430.5796850.9250.6121
5.43-5.720.5326560.8930.5631
5.72-6.070.3866320.930.4121
6.07-6.490.3115950.9730.3281
6.49-7.010.2035470.9870.2141
7.01-7.680.1225150.9960.1291
7.68-8.590.074720.9980.0741
8.59-9.910.03742010.0391
9.91-12.140.02536110.0271
12.14-17.170.02130110.0221

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.84→38.61 Å / SU ML: 1.2004 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 50.5982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3068 609 5.02 %
Rwork0.2595 11534 -
obs0.2619 12143 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 234.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.84→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4723 0 56 0 4779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53296715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7191808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.84-4.230.5671260.53712364X-RAY DIFFRACTION80.3
4.23-4.840.39721570.34172981X-RAY DIFFRACTION99.97
4.84-6.090.30661590.29823021X-RAY DIFFRACTION100
6.09-38.610.25461670.19083168X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.22828682959 Å / Origin y: -73.0049892443 Å / Origin z: 5.13767024764 Å
111213212223313233
T1.66228804689 Å2-0.0581417559681 Å20.0698055288122 Å2-1.14851553555 Å2-0.0513280963676 Å2--1.52639491682 Å2
L2.75156266151 °20.0953108426036 °2-1.23539201263 °2-1.81761987596 °20.546222063647 °2--1.89798340015 °2
S-0.00467488682181 Å °0.339688444188 Å °-0.27040036242 Å °-0.422649662912 Å °0.128859116704 Å °-0.285030861902 Å °0.206114016416 Å °-0.216250777101 Å °-0.143431807543 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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