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- PDB-9cp9: Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN H319A variant fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cp9
タイトルCrystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN H319A variant from Cupriavidus pinatubonensis in complex with substrate (R-DHPS) and NADH
要素Sulfopropanediol 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHPS-3-dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfopropanediol 3-dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulfopropanediol 3-dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase, conserved site / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase, monofunctional / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase signature. / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Sulfopropanediol 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.013 Å
データ登録者Lee, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic insights into the stereospecific oxidation of R -2,3-dihydroxypropanesulfonate by DHPS-3-dehydrogenase from Cupriavidus pinatubonensis.
著者: Burchill, L. / Kaur, A. / Nastasovici, A. / Lee, M. / Williams, S.J.
履歴
登録2024年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase
B: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,91011
ポリマ－93,8482
非ポリマー2,0629
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Mass photometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13780 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area29050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.324, 75.809, 84.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.099, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sulfopropanediol 3-dehydrogenase / 2 / 3-dihydroxypropane-1-sulfonate 3-dehydrogenase (sulfolactate forming) / DHPS 3-dehydrogenase ...2 / 3-dihydroxypropane-1-sulfonate 3-dehydrogenase (sulfolactate forming) / DHPS 3-dehydrogenase (sulfolactate forming)


分子量: 46924.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HpsN H319A mutant
由来: (組換発現) Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)
遺伝子: hpsN, Reut_C6092 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46N53, sulfopropanediol 3-dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 468分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1AZH / (2R)-2,3-dihydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 156.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, BIS-TRIS, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→43.82 Å / Num. obs: 62003 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4296 / CC1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.013→42.299 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.541 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 2921 4.713 %
Rwork0.1665 59063 -
all0.168 --
obs-61984 99.397 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.088 Å2-0 Å2-0.403 Å2
2--0.143 Å20 Å2
3---0.119 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.013→42.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6572 0 123 459 7154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0126832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.8179310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4431.74914730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.596556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.01452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.696101062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.70110282
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.25757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.23379
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.23383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1250.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1020.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5322.9223478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5312.9223478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3255.2514344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3255.2514345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2983.2543354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2793.243340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7325.8424966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7245.8184949
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.91128.6517667
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.84128.4577562
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.013-2.0650.2542090.26141190.26146120.9550.95193.84210.256
2.065-2.1220.242180.23942100.23944310.9630.96199.93230.23
2.122-2.1830.2472130.21841430.2243600.960.96899.90830.205
2.183-2.250.2392380.21539780.21642170.9620.9799.97630.199
2.25-2.3240.241760.20238940.20340750.9650.97499.87730.183
2.324-2.4050.2021480.19337770.19339250.9740.9771000.173
2.405-2.4950.2321880.17736480.1838380.9690.9899.94790.156
2.495-2.5970.2251830.15934990.16236830.970.98599.97280.139
2.597-2.7120.1771250.16334010.16335300.9790.98599.88670.142
2.712-2.8440.2031400.1532330.15233740.980.98799.97040.131
2.844-2.9970.191410.15230790.15332220.9770.98699.93790.135
2.997-3.1780.1931440.1628920.16230370.9780.98499.96710.144
3.178-3.3960.1811330.1627370.16128750.9780.98599.82610.147
3.396-3.6660.1991450.15925420.16126930.9760.98699.77720.152
3.666-4.0130.1791050.14823500.14924590.9820.98899.83730.143
4.013-4.4810.141040.12721220.12822290.9890.99199.86540.126
4.481-5.1650.1561000.13618820.13719870.9890.99199.74840.137
5.165-6.3020.222860.17315890.17616840.9810.98899.46560.168
6.302-8.8150.152810.14412420.14513250.9880.9999.84910.147
8.815-42.2990.179440.1847260.1847830.9830.98598.33970.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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