PDB-8v36: Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v36

タイトル

Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus pinatubonensis in complex with NADH

要素

Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHPS / sulfolactate / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfopropanediol 3-dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.235 Å

データ登録者

Lee, M.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic insights into the stereospecific oxidation of R -2,3-dihydroxypropanesulfonate by DHPS-3-dehydrogenase from Cupriavidus pinatubonensis.
著者: Burchill, L. / Kaur, A. / Nastasovici, A. / Lee, M. / Williams, S.J.

履歴

登録	2023年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v36.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v36.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v35C 8v37C 9cp7C 9cp8C 9cp9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

B: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

95.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.307, 87.556, 134.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfopropanediol 3-dehydrogenase 分子量: 46991.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア) 遺伝子: hpsN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46N53
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.235→44.73 Å / Num. obs: 44738 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.24→2.31 Å / R_merge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3950 / CC_1/2: 0.752 / R_pim(I) all: 0.512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.235→43.896 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 12.074 / SU ML: 0.27 / Average fsc free: 0.9214 / Average fsc work: 0.9427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2805	2261	5.061 %
R_work	0.2226	42413	-
all	0.226	-	-
obs	-	44674	99.639 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.424 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.048 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.377 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.235→43.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6268	0	90	82	6440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.92	1.656	8826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.315	1.576	14004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.132	5	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.439	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.05	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.322	10	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.707	10	270
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	5617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.064	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.802	7.271	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.802	7.271	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.15	13.052	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.149	13.053	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.544	7.612	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.543	7.612	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.891	13.873	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.89	13.873	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.967	68.422	7091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.967	68.463	7083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.235-2.293	0.374	156	0.363	2979	0.364	3272	0.843	0.864	95.813	0.352
2.293-2.356	0.346	157	0.354	3007	0.353	3164	0.883	0.876	100	0.337
2.356-2.424	0.383	149	0.335	2960	0.337	3109	0.875	0.899	100	0.313
2.424-2.498	0.387	179	0.312	2845	0.316	3024	0.901	0.922	100	0.285
2.498-2.58	0.326	131	0.274	2775	0.276	2907	0.926	0.944	99.9656	0.242
2.58-2.67	0.348	139	0.281	2684	0.284	2824	0.903	0.943	99.9646	0.246
2.67-2.771	0.323	125	0.257	2596	0.26	2723	0.932	0.957	99.9266	0.223
2.771-2.883	0.346	145	0.253	2485	0.258	2630	0.929	0.958	100	0.217
2.883-3.011	0.297	122	0.244	2406	0.246	2528	0.934	0.961	100	0.213
3.011-3.157	0.274	113	0.252	2304	0.253	2417	0.946	0.96	100	0.22
3.157-3.327	0.325	122	0.247	2191	0.251	2313	0.924	0.963	100	0.225
3.327-3.528	0.307	110	0.233	2099	0.236	2209	0.941	0.967	100	0.215
3.528-3.769	0.321	99	0.225	1957	0.229	2057	0.936	0.969	99.9514	0.213
3.769-4.069	0.251	108	0.205	1819	0.208	1929	0.957	0.974	99.8963	0.197
4.069-4.453	0.233	98	0.177	1693	0.18	1791	0.963	0.98	100	0.181
4.453-4.973	0.216	97	0.176	1515	0.179	1612	0.969	0.981	100	0.186
4.973-5.73	0.255	63	0.191	1400	0.194	1463	0.965	0.981	100	0.197
5.73-6.988	0.28	68	0.201	1168	0.205	1236	0.958	0.977	100	0.213
6.988-9.759	0.196	45	0.16	961	0.162	1007	0.975	0.985	99.9007	0.187
9.759-43.896	0.314	35	0.249	569	0.253	607	0.922	0.952	99.5058	0.294

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関連情報:EMDBヘッダ

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