PDB-8v37: Crystal structure of HpsN D352A mutant from Cupriavidus pinatubon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v37

タイトル

Crystal structure of HpsN D352A mutant from Cupriavidus pinatubonensis in complex with NAD+

要素

Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHPS / dehydrogenase / NAD-dependent / sulfolactate

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfopropanediol 3-dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.228 Å

データ登録者

Lee, M.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic insights into the stereospecific oxidation of R -2,3-dihydroxypropanesulfonate by DHPS-3-dehydrogenase from Cupriavidus pinatubonensis.
著者: Burchill, L. / Kaur, A. / Nastasovici, A. / Lee, M. / Williams, S.J.

履歴

登録	2023年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v37.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v37.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v35C 8v36C 9cp7C 9cp8C 9cp9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

B: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

94.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.784, 88.348, 134.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfopropanediol 3-dehydrogenase 分子量: 46947.164 Da / 分子数: 2 / 変異: D352A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア) 遺伝子: hpsN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46N53
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, magnesium chlroide, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.228→44.7 Å / Num. obs: 45320 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.23→2.3 Å / R_merge(I) obs: 1.1195 / Num. unique obs: 4057 / CC_1/2: 0.621 / R_pim(I) all: 0.533

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.228→44.213 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 9.555 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2302	5.087 %
R_work	0.2119	42953	-
all	0.214	-	-
obs	-	45255	99.793 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.634 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.191 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.444 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.228→44.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6317	0	46	175	6538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	6491
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.856	1.656	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.297	1.576	14125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.012	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.287	5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.667	10	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.919	10	273
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.069	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.332	5.327	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.331	5.327	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.921	9.562	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.92	9.563	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.404	5.703	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.403	5.704	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.122	10.36	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.121	10.36	4676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.216	49.691	7083
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.209	49.748	7048

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.228-2.286	0.308	178	0.33	3053	0.329	3304	0.893	0.898	97.7906	0.321
2.286-2.348	0.317	154	0.31	3060	0.31	3215	0.902	0.919	99.9689	0.295
2.348-2.416	0.341	159	0.297	2967	0.299	3126	0.915	0.93	100	0.275
2.416-2.49	0.326	164	0.284	2891	0.286	3056	0.926	0.939	99.9673	0.259
2.49-2.571	0.309	147	0.262	2798	0.265	2945	0.94	0.951	100	0.233
2.571-2.661	0.335	135	0.259	2728	0.262	2864	0.921	0.956	99.9651	0.228
2.661-2.761	0.303	122	0.251	2645	0.253	2768	0.931	0.959	99.9639	0.218
2.761-2.874	0.283	150	0.231	2513	0.234	2663	0.944	0.965	100	0.2
2.874-3.001	0.274	123	0.223	2414	0.226	2538	0.95	0.967	99.9606	0.193
3.001-3.147	0.271	118	0.239	2333	0.241	2451	0.947	0.965	100	0.213
3.147-3.316	0.294	125	0.219	2206	0.223	2331	0.941	0.969	100	0.198
3.316-3.516	0.256	102	0.211	2128	0.214	2230	0.958	0.973	100	0.198
3.516-3.757	0.254	102	0.199	1985	0.202	2088	0.962	0.976	99.9521	0.188
3.757-4.056	0.238	111	0.192	1849	0.195	1960	0.968	0.977	100	0.18
4.056-4.439	0.206	102	0.167	1710	0.169	1812	0.972	0.984	100	0.165
4.439-4.957	0.22	97	0.168	1541	0.172	1639	0.973	0.983	99.939	0.169
4.957-5.711	0.229	63	0.183	1408	0.185	1471	0.972	0.984	100	0.178
5.711-6.966	0.234	71	0.192	1189	0.194	1261	0.964	0.981	99.9207	0.188
6.966-9.732	0.179	44	0.152	959	0.153	1006	0.982	0.987	99.7018	0.16
9.732-44.213	0.302	35	0.226	576	0.23	614	0.948	0.964	99.5114	0.249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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