PDB-9cp8: Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cp8

タイトル

Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus pinatubonensis in complex with product (R-sulfolactate) and NADH

要素

Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHPS-3-dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfopropanediol 3-dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Lee, M.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic insights into the stereospecific oxidation of R -2,3-dihydroxypropanesulfonate by DHPS-3-dehydrogenase from Cupriavidus pinatubonensis.
著者: Burchill, L. / Kaur, A. / Nastasovici, A. / Lee, M. / Williams, S.J.

履歴

登録	2024年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cp8.cif.gz	205.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cp8.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v35C 8v36C 8v37C 9cp7C 9cp9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

B: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.078, 75.592, 84.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.279, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sulfopropanediol 3-dehydrogenase 分子量: 46991.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア) 遺伝子: hpsN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46N53
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-3SL / (2R)-3-SULFOLACTIC ACID / (R)-2-HYDROXY-3-SULFOPROPANOIC ACID / (2R)-3-スルホ乳酸分子量: 170.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, BIS-TRIS, lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→41.51 Å / Num. obs: 129685 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6020 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→37.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.281 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1758	6496	5.01 %
R_work	0.1495	123167	-
all	0.151	-	-
obs	-	129663	99.402 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.699 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.811 Å²	-0 Å²	-0.525 Å²
2-	-	1.071 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→37.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6595	0	110	798	7503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.819	9408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.553	1.75	14871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.37	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.013	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.453	10	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.292	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	5933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.056	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.387	1.979	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.387	1.979	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.974	3.557	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.974	3.557	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.248	2.243	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.249	2.244	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.53	3.998	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.53	3.997	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.592	20.869	7870
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.398	19.172	7636

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.611	0.211	488	0.198	8752	0.199	9630	0.972	0.974	95.9502	0.182
1.611-1.655	0.201	411	0.184	8946	0.185	9360	0.973	0.977	99.9679	0.167
1.655-1.703	0.212	422	0.179	8682	0.181	9107	0.97	0.979	99.9671	0.16
1.703-1.755	0.193	375	0.167	8441	0.168	8819	0.976	0.982	99.966	0.148
1.755-1.812	0.185	405	0.156	8157	0.157	8565	0.978	0.985	99.965	0.137
1.812-1.876	0.189	368	0.148	7891	0.15	8263	0.978	0.986	99.9516	0.131
1.876-1.946	0.188	352	0.149	7652	0.151	8007	0.979	0.986	99.9625	0.134
1.946-2.026	0.192	401	0.146	7313	0.149	7732	0.977	0.987	99.7672	0.134
2.026-2.115	0.179	446	0.148	6924	0.15	7380	0.981	0.987	99.8645	0.138
2.115-2.218	0.175	396	0.147	6647	0.148	7061	0.981	0.987	99.7451	0.139
2.218-2.338	0.17	385	0.139	6281	0.141	6700	0.982	0.988	99.4925	0.133
2.338-2.479	0.173	331	0.141	6053	0.143	6411	0.982	0.988	99.5788	0.138
2.479-2.649	0.166	291	0.133	5659	0.134	5998	0.983	0.989	99.1997	0.134
2.649-2.86	0.183	293	0.144	5256	0.146	5579	0.982	0.988	99.4623	0.148
2.86-3.132	0.171	253	0.156	4865	0.157	5159	0.981	0.985	99.2053	0.164
3.132-3.498	0.167	244	0.159	4403	0.16	4674	0.983	0.986	99.4223	0.172
3.498-4.034	0.151	204	0.145	3891	0.146	4132	0.987	0.988	99.1045	0.165
4.034-4.926	0.154	178	0.127	3298	0.128	3517	0.987	0.992	98.8342	0.152
4.926-6.909	0.203	157	0.164	2570	0.166	2745	0.984	0.989	99.3443	0.19
6.909-37.88	0.184	96	0.152	1487	0.154	1596	0.984	0.987	99.1855	0.192

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)