PDB-9cp7: Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cp7

タイトル

Crystal structure of DHPS-3-dehydrogenase, HpsN from Cupriavidus pinatubonensis in complex with product analogue (L-cysteate) and NADH

要素

Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHPS-3-dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfopropanediol 3-dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Lee, M.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic insights into the stereospecific oxidation of R -2,3-dihydroxypropanesulfonate by DHPS-3-dehydrogenase from Cupriavidus pinatubonensis.
著者: Burchill, L. / Kaur, A. / Nastasovici, A. / Lee, M. / Williams, S.J.

履歴

登録	2024年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cp7.cif.gz	200.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cp7.ent.gz	151.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v35C 8v36C 8v37C 9cp8C 9cp9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

B: Sulfopropanediol 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.931, 76.339, 85.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.038, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sulfopropanediol 3-dehydrogenase 分子量: 46991.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus pinatubonensis JMP134 (バクテリア) 遺伝子: hpsN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46N53
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OCS / CYSTEINESULFONIC ACID / L-システイン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 169.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, BIS-TRIS, lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→43.898 Å / Num. obs: 94390 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4448 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.751→43.898 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.117 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	4773	5.058 %
R_work	0.1477	89595	-
all	0.149	-	-
obs	-	94368	99.088 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0 Å²	-0.115 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→43.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6590	0	110	627	7327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.82	9443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.541	1.752	14962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.064	5	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.38	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.012	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.876	10	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.232	10	290
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.569	2.195	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.568	2.195	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.19	3.941	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.19	3.942	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.695	2.555	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.696	2.556	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.306	4.527	5046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.306	4.527	5047
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.242	22.102	7777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.12	21.104	7613

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.751-1.796	0.257	322	0.219	6422	0.22	6995	0.956	0.968	96.4117	0.207
1.796-1.845	0.241	334	0.201	6554	0.203	6903	0.962	0.974	99.7827	0.186
1.845-1.899	0.197	356	0.179	6208	0.18	6575	0.976	0.979	99.8327	0.161
1.899-1.957	0.2	385	0.171	6077	0.173	6473	0.974	0.981	99.8301	0.153
1.957-2.021	0.195	343	0.162	5847	0.164	6218	0.976	0.983	99.5497	0.143
2.021-2.092	0.195	296	0.154	5720	0.156	6060	0.976	0.985	99.2739	0.136
2.092-2.171	0.185	332	0.144	5518	0.147	5863	0.98	0.988	99.7783	0.129
2.171-2.259	0.183	307	0.137	5279	0.14	5596	0.981	0.989	99.8213	0.122
2.259-2.359	0.175	301	0.133	5110	0.135	5425	0.982	0.989	99.7419	0.119
2.359-2.474	0.182	290	0.136	4835	0.139	5139	0.98	0.989	99.7276	0.122
2.474-2.608	0.179	252	0.133	4632	0.136	4924	0.981	0.99	99.1877	0.122
2.608-2.765	0.179	193	0.14	4414	0.142	4658	0.98	0.989	98.9051	0.131
2.765-2.955	0.184	177	0.143	4166	0.145	4382	0.98	0.987	99.11	0.136
2.955-3.191	0.211	136	0.162	3892	0.163	4063	0.974	0.984	99.1386	0.157
3.191-3.493	0.19	168	0.154	3580	0.155	3775	0.979	0.987	99.2848	0.155
3.493-3.903	0.145	161	0.14	3214	0.14	3411	0.987	0.99	98.9446	0.146
3.903-4.5	0.147	155	0.12	2821	0.122	3027	0.988	0.992	98.3152	0.132
4.5-5.498	0.144	98	0.133	2400	0.133	2573	0.992	0.992	97.0851	0.148
5.498-7.714	0.17	108	0.153	1844	0.154	2003	0.987	0.989	97.4538	0.166
7.714-43.898	0.122	59	0.158	1062	0.156	1168	0.992	0.988	95.976	0.19

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