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万見
- PDB-9cda: Structure of type I-2 alpha-synuclein filament from multiple syst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cda
タイトルStructure of type I-2 alpha-synuclein filament from multiple system atrophy
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / fibril / synuclein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / response to desipramine / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / response to desipramine / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / response to iron(II) ion / negative regulation of dopamine metabolic process / transporter regulator activity / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / nuclear outer membrane / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of endocytosis / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / enzyme inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / phospholipase binding / behavioral response to cocaine / supramolecular fiber organization / cellular response to copper ion / phospholipid metabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / phosphoprotein binding / fatty acid metabolic process / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / ferrous iron binding / synapse organization / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cellular response to oxidative stress / cell cortex / neuron apoptotic process / microtubule binding / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / response to lipopolysaccharide / histone binding / amyloid fibril formation / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / lysosome
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yan, N.L. / Candido, F. / Tse, E. / Melo, A.A. / Southworth, D.R. / Merz, G.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privateHU0001-21-2-065, subaward 5802 米国
Other private 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of a novel α-synuclein filament subtype from multiple system atrophy.
著者: Nicholas L Yan / Francisco Candido / Eric Tse / Arthur A Melo / Stanley B Prusiner / Daniel A Mordes / Daniel R Southworth / Nick A Paras / Gregory E Merz /
要旨: Multiple system atrophy (MSA) is a progressive neurodegenerative disease characterized by accumulation of α-synuclein cross-β amyloid filaments in the brain. Previous structural studies of these ...Multiple system atrophy (MSA) is a progressive neurodegenerative disease characterized by accumulation of α-synuclein cross-β amyloid filaments in the brain. Previous structural studies of these filaments by cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed three discrete folds distinct from α-synuclein filaments associated with other neurodegenerative diseases. Here, we use cryo-EM to identify a novel, low-populated MSA filament subtype (designated Type I) in addition to a predominant class comprising MSA Type II filaments. The 3.3-Å resolution structure of the Type I filament reveals a fold consisting of two asymmetric protofilaments, one of which adopts a novel structure that is chimeric between two previously reported protofilaments. These results further define MSA-specific folds of α-synuclein filaments and have implications for designing MSA diagnostics and therapeutics.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Alpha-synuclein
L: Alpha-synuclein
M: Alpha-synuclein
N: Alpha-synuclein
Q: Alpha-synuclein
R: Alpha-synuclein
S: Alpha-synuclein
T: Alpha-synuclein
U: Alpha-synuclein
V: Alpha-synuclein
W: Alpha-synuclein
X: Alpha-synuclein
Y: Alpha-synuclein
Z: Alpha-synuclein
a: Alpha-synuclein
b: Alpha-synuclein
O: Alpha-synuclein
P: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,57018
ポリマ－260,57018
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Cerebellum / 参照: UniProt: P37840
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I-2 alpha-synuclein filament from multiple system atrophy
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Cerebellum
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 30 mM / 名称: Tris-HCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Wait time 30s, blot time 7.5s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 2.024 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 42224

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9RELION4.0.1初期オイラー角割当
10RELION4.0.1最終オイラー角割当
11RELION4.0.1分類
12RELION4.0.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -1.42 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.76 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 257982
詳細: Manual picking followed by particle extraction (box size 900px binned to 300px) resulted in 257982 segments, which were subject to reference-free 2D classification to give 255032 remaining ...詳細: Manual picking followed by particle extraction (box size 900px binned to 300px) resulted in 257982 segments, which were subject to reference-free 2D classification to give 255032 remaining segments. These were re-extracted (box size 288px) without binning.
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12802
詳細: 3D auto-refinement was performed using the type I-2 map from the first round of 3D classification low-pass filtered to 10 angstroms, allowing rise and twist parameters to vary. The refined ...詳細: 3D auto-refinement was performed using the type I-2 map from the first round of 3D classification low-pass filtered to 10 angstroms, allowing rise and twist parameters to vary. The refined map was subject to standard post-processing in RELION.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053294
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5374440
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.407480
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05573
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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