PDB-9cd2: Structure of E. coli ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cd2

タイトル

Structure of E. coli ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein

要素

(ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein) x 2

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

Multi-ubiquitin domain / Multiubiquitin / Multi-ubiquitin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Ye, Q. / Gong, M. / Corbett, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of E. coli ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein
著者: Gong, M. / Ye, Q. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2024年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cd2.cif.gz	336.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cd2.ent.gz	230.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cd2_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cd2_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	9cd2_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	9cd2_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1115 / データの種類: diffraction image data / 詳細: SBGrid Data Bank Dataset Number 1115

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein

B: ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein

ヘテロ分子

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.538, 117.538, 104.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein 分子量: 25504.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GQE86_25035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAE5BEA3
#2: タンパク質	ZDHYS365 multi-ubiquitin domain protein 分子量: 25531.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GQE86_25035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAE5BEA3
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1 M LiCl, 0.1 M sodium acetate, and 30% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→46.46 Å / Num. obs: 69110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.27 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 2.232 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4378 / CC_1/2: 0.359 / R_pim(I) all: 0.978 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→46.46 Å / SU ML: 0.2379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 22.9025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	3500	5.07 %
R_work	0.1816	65564	-
obs	0.1832	69064	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3526	0	28	537	4091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0169	3614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3978	4872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0729	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0127	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3625	1358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.9	0.3813	139	0.3459	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.92	0.3491	145	0.3253	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.3335	149	0.3065	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-1.98	0.3013	160	0.282	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.01	0.2959	142	0.2641	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2704	149	0.2439	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2223	132	0.2262	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2552	153	0.2092	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.13-2.17	0.2426	152	0.2029	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2421	155	0.2054	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.27	0.2539	123	0.2056	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2416	131	0.1948	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.237	142	0.1886	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.2467	144	0.1838	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.2558	132	0.1804	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.2279	134	0.1775	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.73	0.2101	136	0.1756	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.2354	127	0.1832	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.2054	142	0.1892	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.2	0.2294	117	0.1875	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.1863	146	0.16	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.1886	120	0.1577	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.34	0.1647	144	0.1421	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.46	0.172	147	0.1427	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-46.46	0.1934	139	0.1886	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.753298550987	-0.859167200999	0.274642231186	3.28533472748	-1.02879416424	1.00032173772	-0.136939836486	-0.175898679893	0.0412712209146	0.259577728943	0.0893787052479	0.0480786651282	-0.239905573529	-0.0479772145886	-0.00303929985907	0.339225402579	3.99389866278E-5	-0.0279558392017	0.261999986726	-0.0373052062234	0.275748280199	63.3407019047	-9.53954460937	10.8552468071
2	-0.15941331452	0.273695026773	-0.451959549645	2.41229579763	-2.01583247088	2.34265802113	0.0361901347757	0.0893951176474	-0.0358240826879	-0.0169145580524	0.100105845896	0.159559985893	0.156918469286	-0.0653082001615	0.00628155680854	0.310776746296	0.0214312873799	-0.0329695402789	0.318421199607	0.00688055949491	0.357674070614	58.6924204461	13.5468382663	-28.3011683227

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	chain A	A	A - B	3 - 301
2	2	chain B	B	C - D	2 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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