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- PDB-8u38: Structure of a bacterial multi-ubiquitin domain protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u38
タイトルStructure of a bacterial multi-ubiquitin domain protein
要素Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
キーワードPROTEIN BINDING / antiviral / anti-phage / ubiquitin
機能・相同性PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Methylobacterium brachiatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Ye, Q. / Gong, M. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144121 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Bacteria encode eukaryotic-like ubiquitination pathways that function in antiviral defense
著者: Chambers, L.R. / Ye, Q. / Gong, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,76515
ポリマ－108,0494
非ポリマー71511
水95553
1
A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子

A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子

A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子

A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子

A: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
B: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
C: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
D: Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,82375
ポリマ－540,24620
非ポリマー3,57755
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z+1/31
crystal symmetry operation2_564-y,x-y+1,z-2/31
crystal symmetry operation3_454-x+y-1,-x,z-1/31
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z+2/31
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.024, 136.024, 105.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 10 through 154 or (resid 155...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 10 through 154 or (resid 155...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 10 and (name N or name...
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 10 - 156 / Label seq-ID: 10 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.96534400337, 0.260980081133, -0.000593641077868), (0.260917178747, 0.965056133499, -0.0242669534756), (-0.00576029452364, -0.023580849173, -0.999705337867)-143.871001909, 18.0067914075, -87.1406030364
2given(0.507026519023, 0.861862161742, -0.0108500306134), (-0.861928578015, 0.507011511421, -0.00429577549976), (0.00179872406167, 0.0115300235561, 0.999931909256)-67.9933658631, -39.3126837726, -17.7627620064
3given(-0.714946319787, -0.699140982506, 0.00732437053109), (-0.699134619155, 0.714742864085, -0.0187995356046), (0.00790848422227, -0.018561379796, -0.999796444811)-88.4698505414, -36.8318890257, -68.778883735

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要素

#1: タンパク質
Methylobacterium brachiatum Ubl-BilA


分子量: 27012.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium brachiatum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN
配列の詳細The sequence was obtained from NCBI WP_230366735.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM CAPS pH 10.5, 0.2 M Li2SO4, 1.2 M NaH2PO4, and 0.8 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→117.8 Å / Num. obs: 22162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 110.85 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.04→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 3.416 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3521 / CC1/2: 0.433

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→117.8 Å / SU ML: 0.5013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 35.29
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1056 4.8 %
Rwork0.2356 20958 -
obs0.2376 22014 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→117.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4695 0 31 53 4779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56176589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.64791743
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.46805567802
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.432039738495
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.408567181728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.04-3.180.41081120.34862532X-RAY DIFFRACTION96.89
3.18-3.340.35371130.30892597X-RAY DIFFRACTION99.71
3.34-3.550.3191420.31792595X-RAY DIFFRACTION99.82
3.55-3.830.28681550.25752589X-RAY DIFFRACTION99.75
3.83-4.210.29391200.23122638X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.820.2561440.19782603X-RAY DIFFRACTION99.85
4.82-6.080.25431160.24442668X-RAY DIFFRACTION99.82
6.08-117.80.25921540.20992736X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.924144425883.402660144311.738281774934.636272563591.597195351794.450973907310.112883061202-0.118982271555-0.0141679983724-0.0676437965111-0.001859704767330.05796273779380.1299390810680.0974628256017-0.08149131284310.9438211971470.0722093249343-0.03950440528880.7081752179630.02466280777740.925154536976-64.42428629018.35335720041-27.4898511236
24.97836460959-2.90541008091.090786819126.4032557964-2.338888111543.956535608670.2478978029820.432774157509-0.1891049043170.0328326665062-0.221034118688-0.1443977697020.2106773120050.219445686817-0.1127864429961.10521591592-0.0367448102455-0.05301116216690.900880121997-0.1103165068690.821714987699-79.58985517449.92596722982-59.4249830829
35.03622690498-1.601947894051.626028140083.36389771385-0.2643842914644.17992356063-0.327005413775-0.0830162500506-0.03751466060270.3291559706270.3924281210760.3286438632070.126548241061-0.293065061885-0.1525917157221.153268553590.1010872402540.06444853547280.8149686915370.09305737210770.919550549042-93.226729617420.7125604635-45.0982939401
46.453583029390.2162387698192.705977273742.343905976-0.7792877449882.51143120247-0.2504162421810.6100996916820.17350261311-0.4178010351280.278378738857-0.2753740934560.006576452058190.354986637256-0.04220595648221.30174573812-0.07905532331090.1105432538871.12780541264-0.05467949397531.02010966352-48.615361199514.5989827754-41.8936092896
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA9 - 1571 - 149
22chain BBB10 - 1561 - 147
33chain CCC9 - 1591 - 151
44chain DDD10 - 1561 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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